PDB-5zoc: Crystal structure of APRT from Y. pseudotuberculosis with bound a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zoc

タイトル

Crystal structure of APRT from Y. pseudotuberculosis with bound adenine (C2 space group).

要素

Adenine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / adenine phosphoribosyltransferase / Yersinia pseudotuberculosis / adenine

機能・相同性

機能・相同性情報

adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase activity / adenine phosphoribosyltransferase / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pseudotuberculosis IP 32953 (仮性結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of APRT from Y. pseudotuberculosis with bound adenine (C2 space group).
著者: Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A.

履歴

登録	2018年4月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zoc.cif.gz	85.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zoc.ent.gz	62.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zoc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zoc_validation.pdf.gz	736 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zoc_full_validation.pdf.gz	737.7 KB	表示
XML形式データ	5zoc_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	5zoc_validation.cif.gz	11.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/5zoc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/5zoc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mb6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5y07-d 5zc7-d 3mdq-d 1bx4-d 4g2o-d 2obk-1 4g4g-d 6fcl-d 1p18-d 5zmi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (4) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (4)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.714, 77.873, 54.074
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.610, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-332- HOH

#1: タンパク質	Adenine phosphoribosyltransferase / APRT 分子量: 20165.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis IP 32953 (仮性結核菌) 株: IP32953 / 遺伝子: apt, YPTB0991 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q66DQ2, adenine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.53 % / Mosaicity: 0.673 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG3350, 0.1M Tris-Hcl pH 8.5, 0.2M Sodium Acetate with 5mM adenine and 5% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5417 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年9月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5417 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 15046 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.034 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.039 / Χ²: 0.875 / Net I/σ(I): 42.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.98-2.01	3.4	0.149	512	0.992	0.085	0.173	0.797	63.9
2.01-2.05	3.8	0.145	591	0.991	0.078	0.165	0.798	76.7
2.05-2.09	4.3	0.116	665	0.994	0.059	0.131	0.801	86.3
2.09-2.13	5	0.115	785	0.995	0.055	0.127	0.911	98.7
2.13-2.18	5.3	0.109	771	0.995	0.051	0.121	0.944	100
2.18-2.23	5.3	0.096	782	0.995	0.045	0.107	0.965	100
2.23-2.29	5.3	0.086	778	0.997	0.04	0.095	0.966	100
2.29-2.35	5.4	0.071	789	0.997	0.033	0.078	0.976	100
2.35-2.42	5.4	0.066	771	0.997	0.031	0.073	0.999	100
2.42-2.49	5.4	0.056	773	0.998	0.026	0.062	0.996	100
2.49-2.58	5.4	0.047	790	0.998	0.021	0.051	0.953	100
2.58-2.69	5.3	0.043	786	0.998	0.02	0.047	0.938	100
2.69-2.81	5.4	0.04	764	0.999	0.018	0.044	0.928	100
2.81-2.96	5.3	0.035	786	0.998	0.016	0.039	0.871	99.7
2.96-3.14	5.3	0.031	789	0.999	0.014	0.034	0.778	99.6
3.14-3.39	5.2	0.031	786	0.998	0.015	0.034	0.762	99.4
3.39-3.73	5	0.033	782	0.996	0.016	0.036	0.766	99.1
3.73-4.26	4.8	0.033	772	0.995	0.017	0.038	0.748	98.6
4.26-5.37	4.6	0.033	779	0.995	0.018	0.038	0.738	97.4
5.371-50	4.7	0.03	795	0.997	0.015	0.034	0.665	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MB6

4mb6

解像度: 1.98→49.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 8.046 / SU ML: 0.108 / SU R Cruickshank DPI: 0.1693 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.151
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2303	704	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1984	-	-	-
obs	0.1999	13968	93.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.05 Å² / B_iso mean: 31.64 Å² / B_iso min: 10.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.08 Å²	-0 Å²	-0.37 Å²
2-	-	0.25 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.98→49.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1343	0	11	44	1398
B_iso mean	-	-	34.92	29.37	-
残基数	-	-	-	-	177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.179	1.997	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.591	3	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.884	5	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.331	24.286	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.362	15	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.84	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	275

LS精密化シェル

解像度: 1.981→2.032 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	32	-
R_work	0.261	553	-
all	-	585	-
obs	-	-	49.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.307 Å / Origin y: -0.884 Å / Origin z: 7.837 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1959 Å²	0.0036 Å²	0.0585 Å²	-	0.0686 Å²	0.0017 Å²	-	-	0.0329 Å²
L	2.2728 °²	0.0389 °²	-1.4398 °²	-	1.1449 °²	-0.479 °²	-	-	4.316 °²
S	0.1992 Å °	0.0081 Å °	0.1274 Å °	0.2443 Å °	-0.0031 Å °	0.1559 Å °	-0.1431 Å °	-0.3924 Å °	-0.1961 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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