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- PDB-5zo0: Neutron structure of xylanase at pD5.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zo0
タイトルNeutron structure of xylanase at pD5.4
要素Endo-1,4-beta-xylanase 2
キーワードHYDROLASE / family 11 GH / neutron crystallography / protonation state
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 ...Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Endo-1,4-beta-xylanase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.648 Å
データ登録者Wan, Q. / Li, Z.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31670790 中国
引用
ジャーナル: To be published
タイトル: Neutron structure of xylanase at pD5.4
著者: Wan, Q. / Li, Z.H.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2015
タイトル: Direct determination of protonation states and visualization of hydrogen bonding in a glycoside hydrolase with neutron crystallography.
著者: Wan, Q. / Parks, J.M. / Hanson, B.L. / Fisher, S.Z. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Graham, D.E. / Coates, L. / Langan, P. / Kovalevsky, A.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2014
タイトル: X-ray crystallographic studies of family 11 xylanase Michaelis and product complexes: implications for the catalytic mechanism.
著者: Wan, Q. / Zhang, Q. / Hamilton-Brehm, S. / Weiss, K. / Mustyakimov, M. / Coates, L. / Langan, P. / Graham, D. / Kovalevsky, A.
履歴
登録2018年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7271
ポリマ－20,7271
非ポリマー00
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, SDS-PAGE for the molecular weight of 20 KDa
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19060 Å2
ΔGint32 kcal/mol
Surface area7930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.700, 60.026, 70.592
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase 2 / Xylanase 2 / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase 2 / Alkaline endo-beta-1 / 4-xylanase


分子量: 20727.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (strain ATCC 56765 / BCRC 32924 / NRRL 11460 / Rut C-30) (菌類)
株: ATCC 56765 / BCRC 32924 / NRRL 11460 / Rut C-30 / 遺伝子: xyn2, M419DRAFT_124931 / プラスミド: pET-NTMST / 詳細 (発現宿主): pET-28(b) derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RosettaTM (DE3) / 参照: UniProt: P36217, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 295 K
詳細: The crystal was then sealed in a capillary with the D2O exchanged solution (2% PEG 3350, 0.2M NaI, 0.1M NaAc, pD5.4) for pH equilibration for two weeks before data collection (pD = pH + 0.4)
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M Tris, 0.1M NaCl, 1mM DTT, pH8.0, 2% PEG 3350, 0.2M NaI
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: FRM II / ビームライン: BIODIFF / 波長: 2.66 Å
検出器タイプ: BIODIFF / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年10月1日
放射モノクロメーター: pyrolytic graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 2.66 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 22574 / % possible obs: 86.1 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 7.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.103 / Rrim(I) all: 0.17 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 44926
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.65-1.71.60.55817280.4450.50.7521.04180.6
1.7-1.751.70.51817350.5070.460.6961.03281.8
1.75-1.821.70.45918400.5810.3960.6091.09984.1
1.82-1.891.70.3818320.6450.3250.5031.05986
1.89-1.971.70.33418830.7330.2820.441.14987.2
1.97-2.081.70.29519090.7970.2440.3861.1188.3
2.08-2.211.80.24719250.8230.1950.3181.26688.9
2.21-2.381.90.22816330.8470.1740.291.14174.9
2.38-2.622.10.19219870.8960.1430.2411.02190.7
2.62-32.30.13520270.9520.0990.1691.01892.4
3-3.782.60.08420530.9760.060.1040.85392
3.78-502.90.04720220.9780.0320.0570.72285.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2dfc

2dfc


解像度: 1.648→22.864 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2291 1138 5.04 %
Rwork0.1864 21426 -
obs0.1885 22564 86.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 71.15 Å2 / Biso mean: 21.9251 Å2 / Biso min: 3.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→22.86 Å
リガンド溶媒全体
原子数0 462 3415
Biso mean-39.05 -
残基数--189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0113548
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.0155885
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066208
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.004730
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.278967
LS精密化 シェル

Refine-ID: NEUTRON DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6476-1.72250.35451450.28672453259881
1.7225-1.81330.29681430.26492556269984
1.8133-1.92690.30891280.2332629275786
1.9269-2.07560.24111330.20132733286688
2.0756-2.28430.27941490.19012643279286
2.2843-2.61440.21591400.17652608274884
2.6144-3.29230.18151490.16732907305693
3.2923-22.86660.15311510.13062897304888

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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