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- PDB-5zny: Structure of mDR3_DD-C363G with MBP tag -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zny
タイトルStructure of mDR3_DD-C363G with MBP tag
要素Maltose-binding periplasmic protein,Tumor necrosis factor receptor superfamily, member 25
キーワードAPOPTOSIS / TNFRSF25 / NF-kappa B / TRADD
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of multicellular organismal process / TNFs bind their physiological receptors / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing ...negative regulation of multicellular organismal process / TNFs bind their physiological receptors / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / apoptotic process / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 25 / Tumor necrosis factor receptor 25, N-terminal / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain ...Tumour necrosis factor receptor 25 / Tumor necrosis factor receptor 25, N-terminal / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily, member 25 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Yin, X. / Jin, T.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure and activation mechanism of DR3 death domain.
著者: Yin, X. / Li, W. / Ma, H. / Zeng, W. / Peng, C. / Li, Y. / Liu, M. / Chen, Q. / Zhou, R. / Jin, T.
履歴
登録2018年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein,Tumor necrosis factor receptor superfamily, member 25
B: Maltose-binding periplasmic protein,Tumor necrosis factor receptor superfamily, member 25
C: Maltose-binding periplasmic protein,Tumor necrosis factor receptor superfamily, member 25
D: Maltose-binding periplasmic protein,Tumor necrosis factor receptor superfamily, member 25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,89031
ポリマ－205,2974
非ポリマー2,59427
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13070 Å2
ΔGint-395 kcal/mol
Surface area71670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.320, 145.150, 178.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Maltose-binding periplasmic protein,Tumor necrosis factor receptor superfamily, member 25 / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / TNFRSF25 / Tumor necrosis factor receptor superfamily / ...MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / TNFRSF25 / Tumor necrosis factor receptor superfamily / member 25 / isoform CRA_b


分子量: 51324.188 Da / 分子数: 4
変異: D108A,K109A,E198A,N199A,K265A,E385A,K388A,D389A,I387V
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, Tnfrsf25, mCG_4090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: B1AWN9
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→47.79 Å / Num. obs: 62248 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.44 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.29
反射 シェル解像度: 2.74→2.91 Å / Num. unique obs: 62030 / CC1/2: 0.744

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12-2829精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OMP

1omp


解像度: 2.74→47.78 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2481 3112 5 %random selection
Rwork0.2097 ---
obs-62194 99.73 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→47.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13959 0 135 4 14098
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.838 Å
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 135.7524 Å / Origin y: 3.6678 Å / Origin z: 43.986 Å
111213212223313233
T0.5131 Å20.0095 Å2-0.0253 Å2-0.505 Å20.0035 Å2--0.4371 Å2
L0.1061 °20.0663 °2-0.0039 °2-0.4809 °20.0753 °2--0.3764 °2
S-0.0306 Å °-0.0032 Å °0.0293 Å °-0.0277 Å °-0.0087 Å °-0.0068 Å °0.0069 Å °-0.0745 Å °0.0254 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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