PDB-5znr: Crystal structure of PtSHL in complex with an H3K27me3 peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5znr

タイトル

Crystal structure of PtSHL in complex with an H3K27me3 peptide

要素

17-mer peptide from Histone H3.2
SHORT LIFE family protein

キーワード

GENE REGULATION / BAH / PHD / SHL / plant / H3K27me3 / epigenetics

機能・相同性

機能・相同性情報

chromocenter / plastid / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / extracellular region / nucleus / metal ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.202 Å

データ登録者

Lv, X. / Du, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Dual recognition of H3K4me3 and H3K27me3 by a plant histone reader SHL.
著者: Qian, S. / Lv, X. / Scheid, R.N. / Lu, L. / Yang, Z. / Chen, W. / Liu, R. / Boersma, M.D. / Denu, J.M. / Zhong, X. / Du, J.

履歴

登録	2018年4月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5znr.cif.gz	176.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5znr.ent.gz	140 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5znr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5znr_validation.pdf.gz	475.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5znr_full_validation.pdf.gz	484.4 KB	表示
XML形式データ	5znr_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	5znr_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/5znr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/5znr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5znpSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kog-d 2bhk-1 6u33-d 4iyt-d 4le8-2 6ecm-1 3lkf-d 1k24-d 3asw-d 4lee-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (5) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SHORT LIFE family protein

P: 17-mer peptide from Histone H3.2

B: SHORT LIFE family protein

Q: 17-mer peptide from Histone H3.2

ヘテロ分子

54.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SHORT LIFE family protein

P: 17-mer peptide from Histone H3.2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
27.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SHORT LIFE family protein

Q: 17-mer peptide from Histone H3.2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
27.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.717, 110.315, 58.643
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SHORT LIFE family protein 分子量: 24890.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）) 遺伝子: POPTR_0004s16700g, POPTR_004G159900v3 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: B9H0V2
#2: タンパク質・ペプチド	17-mer peptide from Histone H3.2 / H3(20-36)K27me3 peptide 分子量: 1673.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: P59226
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M CAPS, pH 10.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 9089 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.19 / R_sym value: 0.19 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.786 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 904 / R_sym value: 0.786 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZNP

5znp

解像度: 3.202→40.051 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2321	910	10.01 %
R_work	0.2063	-	-
obs	0.209	9089	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.202→40.051 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3116	0	49	0	3165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3228
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.156	4361
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.283	1202
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	438
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	569

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2015-3.3702	0.3231	126	0.3016	1140	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3702-3.5812	0.2751	129	0.2469	1155	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5812-3.8575	0.273	130	0.2299	1174	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8575-4.2454	0.2265	132	0.1921	1175	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2454-4.8588	0.1921	132	0.1726	1185	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8588-6.118	0.2039	129	0.1905	1164	X-RAY DIFFRACTION	100
6.118-40.0541	0.2183	132	0.1888	1186	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9939	-0.0038	-1.8552	4.4831	-0.2797	7.4577	0.4501	-0.0262	-0.655	-0.5885	0.55	1.345	-0.5173	-0.9824	0.627	0.8136	-0.0605	-0.255	0.6134	0.0746	1.1537	-20.67	12.8686	-26.2884
2	8.5358	-1.3903	-0.8511	3.9471	-0.5285	4.6773	-0.1102	0.0299	-0.0799	0.0177	0.178	0.5907	0.3619	-0.521	-0.2235	0.4345	-0.0962	-0.005	0.4767	0.11	0.4772	-10.7177	13.4891	-26.6056
3	4.1245	-1.2069	2.1549	4.9527	-1.2685	5.4172	0.0957	0.1903	-0.209	-0.0777	0.124	0.4021	-0.0172	-0.1474	-0.2142	0.2847	-0.0095	0.0429	0.3068	-0.0174	0.3991	-0.3141	16.4385	-20.5891
4	2.4711	-1.5479	1.894	6.3061	-0.633	4.887	0.0936	0.0366	-0.2222	0.7243	-0.1539	-0.3919	-0.0268	0.3754	-0.0059	0.307	-0.0661	0.069	0.367	-0.024	0.3611	3.7369	18.7958	-15.7672
5	1.7615	-1.1429	-0.7941	1.8634	-0.2275	0.8515	-0.4102	-0.6467	0.5046	0.6878	-0.3718	-1.5145	-0.3772	0.4342	-0.1006	0.8404	-0.1492	-0.326	0.4444	0.0407	0.6893	17.2939	16.8464	-3.9269
6	1.982	-2.5613	-0.1892	5.6545	0.8542	2.7421	-0.0313	-0.1729	-0.1389	2.3093	-0.3035	-1.1599	-0.4323	0.5895	0.3927	1.1678	-0.0652	-0.3618	0.5901	0.0724	0.8967	22.9491	8.8526	1.7179
7	1.0799	-1.7686	0.956	5.2986	-2.2581	4.184	-0.1533	0.4567	0.0956	-1.0565	-0.3438	0.8959	0.6717	0.325	0.3913	0.5416	-0.1093	-0.0212	0.4106	0.0961	0.4785	-5.0279	19.7225	-35.5686
8	1.3293	0.0607	0.7019	2.3773	-0.8707	4.6652	-0.0087	0.054	-0.0853	0.0741	-0.3356	0.4813	-1.432	-0.321	-0.3123	1.2501	0.2714	0.3551	1.1003	-0.1204	0.5546	10.3172	-14.3722	20.0943
9	5.0864	0.7872	-1.231	5.2781	-2.4337	5.7058	-0.0536	-0.3878	0.4075	0.9406	0.0671	0.2573	-0.1804	0.2253	-0.3817	0.3879	0.1558	0.1323	0.5407	-0.0058	0.2898	14.9015	-9.5777	6.9151
10	2.6929	-0.0881	0.1222	2.6641	0.2102	4.2013	-0.4952	-0.5542	-0.0988	0.8623	0.6194	0.1296	0.4091	-0.0464	-0.1208	0.8909	0.1951	-0.0566	0.4743	0.022	0.4646	15.86	-17.6303	8.7208
11	2.7432	-2.1613	1.4602	5.6418	-1.5539	3.7127	-0.0082	0.0271	0.003	-0.15	0.0829	-0.0974	-0.1918	0.1116	-0.0921	0.4546	0.0291	0.0264	0.364	-0.0179	0.3428	10.8882	-16.2783	-8.6202
12	2.5647	0.1891	0.378	9.0162	-2.1542	2.7249	0.0537	0.5487	-0.5196	-1.472	0.2175	1.1965	1.1039	0.1197	-0.3741	1.1366	0.102	-0.1501	0.4797	0.0678	0.576	1.4804	-9.0276	-31.0369
13	3.5595	0.5758	-0.1212	0.175	0.4348	2.5124	-0.2805	0.3387	0.538	1.5184	0.1878	-0.4573	-0.848	0.056	-0.2129	0.9806	0.0096	-0.1196	0.4538	-0.02	0.3591	25.4382	-18.4254	9.2861

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 56 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 57 through 111 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 112 through 136 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 137 through 161 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 162 through 187 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'P' and (resid 21 through 36 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 8 through 19 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 20 through 40 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 41 through 69 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 70 through 156 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 157 through 187 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'Q' and (resid 21 through 36 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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