PDB-5znq: Crystal structure of APRT from Y. pseudotuberculosis with bound a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5znq

タイトル

Crystal structure of APRT from Y. pseudotuberculosis with bound adenine (P21 space group).

要素

Adenine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / adenine phosphoribosyltransferase / adenine

機能・相同性

機能・相同性情報

adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase / adenine phosphoribosyltransferase activity / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pseudotuberculosis IP 32953 (仮性結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of APRT from Y. pseudotuberculosis with bound adenine (P21 space group).
著者: Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A.

履歴

登録	2018年4月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5znq.cif.gz	154.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5znq.ent.gz	121 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5znq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5znq_validation.pdf.gz	1018.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5znq_full_validation.pdf.gz	1020.3 KB	表示
XML形式データ	5znq_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	5znq_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/5znq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/5znq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mb6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5b6h-1 5zc7-d 5y07-d 5zmi-1 2dy0-d 7kbh-1 5y4a-d 6peu-3 5ywx-2 4co0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (4) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (4)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenine phosphoribosyltransferase

B: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

40.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.685, 86.770, 48.688
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.830, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Adenine phosphoribosyltransferase / APRT 分子量: 20165.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis IP 32953 (仮性結核菌) 株: IP32953 / 遺伝子: apt, YPTB0991 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q66DQ2, adenine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.1 % / Mosaicity: 0.728 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG3350, 0.1M Tris-Hcl pH 8.5, 0.2M Sodium Acetate with 5mM adenine and 5% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.58
1	1	-L, -K, -H	2	0.42

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 39740 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.058 / Χ²: 0.918 / Net I/σ(I): 12.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.75-1.78	4	0.42	1987	0.783	0.234	0.483	0.878	99.5
1.78-1.81	4	0.358	2020	0.854	0.199	0.411	0.935	99.5
1.81-1.85	4	0.299	1977	0.882	0.166	0.344	0.912	99.7
1.85-1.89	4.1	0.25	2023	0.915	0.138	0.287	0.915	98.9
1.89-1.93	4	0.209	1988	0.936	0.115	0.239	0.959	98.9
1.93-1.97	4	0.179	1975	0.938	0.099	0.206	0.965	99.1
1.97-2.02	4.1	0.148	1984	0.963	0.082	0.17	0.993	99.2
2.02-2.07	4	0.126	2005	0.973	0.071	0.145	0.978	99.2
2.07-2.14	4.1	0.107	1988	0.977	0.059	0.122	0.96	98.1
2.14-2.2	4.1	0.09	1947	0.984	0.049	0.103	0.976	97.7
2.2-2.28	4	0.08	1999	0.987	0.045	0.092	0.988	98.6
2.28-2.38	3.9	0.068	1992	0.989	0.038	0.079	0.949	98.7
2.38-2.48	3.9	0.063	2005	0.99	0.036	0.073	0.898	98.5
2.48-2.61	3.8	0.056	1968	0.989	0.032	0.064	0.935	97.1
2.61-2.78	3.6	0.051	1946	0.991	0.03	0.059	0.968	96.9
2.78-2.99	3.5	0.044	1822	0.989	0.027	0.052	0.925	89.7
2.99-3.29	4.2	0.041	2017	0.994	0.022	0.047	0.908	99
3.29-3.77	4.2	0.037	2032	0.996	0.02	0.042	0.86	99.7
3.77-4.75	4.2	0.032	2005	0.996	0.018	0.037	0.784	99.6
4.75-50	4.1	0.034	2060	0.996	0.019	0.039	0.713	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0189	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MB6

4mb6

解像度: 1.75→28.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 3.3 / SU ML: 0.057 / SU R Cruickshank DPI: 0.0213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.022
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2029	2003	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1641	-	-	-
obs	0.166	37523	96.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 47.94 Å² / B_iso mean: 19.019 Å² / B_iso min: 8.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.04 Å²	0 Å²	-2.97 Å²
2-	-	-0.58 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→28.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2786	0	24	147	2957
B_iso mean	-	-	19.67	23.2	-
残基数	-	-	-	-	366

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	2931
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2807
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.871	1.995	3990
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.821	3	6528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.297	5	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.859	24.159	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.073	15	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.504	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	467
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	569

LS精密化シェル

解像度: 1.728→1.773 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	119	-
R_work	0.266	2216	-
all	-	2335	-
obs	-	-	78.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6686	-0.3188	-0.0405	0.624	0.1132	0.5758	0.0095	0.0348	-0.0568	-0.0335	-0.0402	0.0471	0.0359	-0.077	0.0307	0.0121	-0.0118	0.0176	0.047	0.0013	0.0886	1.9075	0.4323	21.5798
2	0.5469	0.2718	-0.1245	0.586	-0.3372	0.5581	0.0328	-0.0991	0.0435	0.0364	-0.0675	-0.0144	-0.0436	0.049	0.0347	0.0135	0.0005	0.0156	0.0581	-0.0189	0.0616	11.692	16.3745	34.3951

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 203
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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