[日本語] English
万見
- PDB-5znn: Crystal structure of ligand-free form of the Vps10 ectodomain of ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5znn
タイトルCrystal structure of ligand-free form of the Vps10 ectodomain of Sortilin
要素Sortilin
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Cytokine trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / myotube differentiation / Golgi to lysosome transport / plasma membrane to endosome transport / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / maintenance of synapse structure / nerve growth factor receptor activity / Golgi to endosome transport / retromer complex binding / endosome transport via multivesicular body sorting pathway ...neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / myotube differentiation / Golgi to lysosome transport / plasma membrane to endosome transport / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / maintenance of synapse structure / nerve growth factor receptor activity / Golgi to endosome transport / retromer complex binding / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / vesicle organization / nerve growth factor binding / trans-Golgi network transport vesicle / protein targeting to lysosome / Golgi cisterna membrane / endosome to lysosome transport / negative regulation of fat cell differentiation / D-glucose import / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / neuropeptide signaling pathway / clathrin-coated pit / cytoplasmic vesicle membrane / ossification / response to insulin / endocytosis / regulation of gene expression / nuclear membrane / early endosome / lysosome / endosome membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / : / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / VPS10 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Sortilin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.448 Å
データ登録者Yabe-Wada, T. / Unno, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science 日本
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the ligand-free form of the Vps10 ectodomain of dimerized Sortilin at acidic pH
著者: Yabe-Wada, T. / Matsuba, S. / Unno, M. / Onai, N.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sortilin
B: Sortilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,58119
ポリマ－151,7962
非ポリマー3,78517
水7,819434
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9700 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area53420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.264, 138.496, 146.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...
21(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A84 - 86
121(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A88 - 116
131(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A118 - 184
141(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A186 - 218
151(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A224 - 228
161(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A247 - 275
171(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A280 - 340
181(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A273 - 278
191(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A350 - 351
1101(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A359 - 367
1111(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A365
1121(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A83 - 738
1131(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A83 - 738
1141(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A83 - 738
1151(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A83 - 738
1161(chain A and (resid 84 through 86 or resid 88...A83 - 738
211(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B84 - 86
221(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B88 - 116
231(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B118 - 184
241(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B224 - 228
251(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B83 - 739
261(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B247 - 270
271(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B83 - 739
281(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B280 - 34
291(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B350 - 357
2101(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B359 - 441
2111(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B444
2121(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B45
2131(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B47 - 486
2141(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B488 - 535
2151(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B537 - 578
2161(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B0
2171(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B582 - 602
2181(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B603
2191(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B83 - 739
2201(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B83 - 739
2211(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B83 - 739
2221(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B83 - 739
2231(chain B and (resid 84 through 86 or resid 88...B83 - 739

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sortilin / Neurotensin receptor 3 / mNTR3


分子量: 75897.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sort1 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q6PHU5

-
糖 , 3種, 8分子

#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 443分子

#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 23% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 550 (Sigma), 0.4 M sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.448→50 Å / Num. obs: 60757 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2997 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PO7

4po7


解像度: 2.448→38.607 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2168 2950 4.86 %
Rwork0.1796 57743 -
obs0.1814 60693 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 186.26 Å2 / Biso mean: 57.0296 Å2 / Biso min: 18.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.448→38.607 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10026 0 247 434 10707
Biso mean--80.83 49.36 -
残基数----1293
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5397X-RAY DIFFRACTION12.176TORSIONAL
12B5397X-RAY DIFFRACTION12.176TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.448-2.48810.29271360.23452674281098
2.4881-2.5310.29671510.215527232874100
2.531-2.5770.24971320.210927172849100
2.577-2.62660.2671280.208127082836100
2.6266-2.68020.26041560.205827212877100
2.6802-2.73840.26641340.213727102844100
2.7384-2.80210.26211390.209527232862100
2.8021-2.87210.32771380.217527432881100
2.8721-2.94980.25551450.209527042849100
2.9498-3.03650.24481620.198827192881100
3.0365-3.13450.24521200.201327572877100
3.1345-3.24650.27211500.200427292879100
3.2465-3.37640.24091490.203527452894100
3.3764-3.530.20681390.187227432882100
3.53-3.71590.21331370.178827592896100
3.7159-3.94850.21521250.168327752900100
3.9485-4.25310.18391480.151127552903100
4.2531-4.68040.17181290.132127952924100
4.6804-5.35610.15911470.138728022949100
5.3561-6.74230.20791430.172928312974100
6.7423-38.61180.18481420.19132910305298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.4101-1.8575-0.33042.03780.0230.8786-0.03470.0757-0.148-0.22310.03750.16540.1594-0.1005-0.00440.59650.0793-0.0520.37910.05330.2253.1777-1.3496-43.1072
20.6509-0.2063-0.6212.1741.1931.45080.07030.08720.2991-0.21380.0138-0.3621-0.11960.3183-0.1060.50680.0422-0.00550.44460.11670.415426.188417.4123-39.2777
31.32390.92810.15023.16110.24370.88850.02560.05920.2987-0.0696-0.01560.0671-0.2449-0.0118-0.02330.46950.063-0.01880.29930.07290.37881.361626.87-32.626
42.86910.84470.60342.37360.56161.37570.0039-0.27950.22780.1821-0.0420.2642-0.0874-0.19320.01240.38040.06850.04290.3158-0.00720.2263.82996.14911.8468
56.2209-2.3393-2.13024.08631.44591.61750.03160.06130.5876-0.29710.0396-0.5001-0.53340.2245-0.05440.3641-0.1028-0.04640.36670.02260.33633.380711.1536-2.8585
65.25860.23541.01432.6826-0.28422.16930.12440.33090.2588-0.2795-0.1531-0.28580.15190.2740.00680.25710.02770.0370.28310.07040.25826.5346-12.5278-17.4091
73.4346-0.0141-0.76231.8959-0.03751.63360.0328-0.2689-0.61890.0454-0.10260.13470.13080.0553-0.04250.2722-0.0327-0.0120.25570.08150.28416.9105-17.09-8.6869
84.62550.7974-0.70520.7548-0.290.11750.1761-0.915-1.0078-0.0356-0.1872-0.06020.20460.3138-0.03740.42020.01440.01060.66790.27180.68228.6506-24.9074-5.7739
92.05231.07450.65383.25852.07072.59820.3635-0.63450.2443-0.24870.3146-1.6217-0.08710.5631-0.36930.33850.05870.0860.79780.03221.064451.0267-13.357-9.4085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 83 through 193 )A83 - 193
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 194 through 392 )A194 - 392
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 393 through 738 )A393 - 738
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 83 through 231 )B83 - 231
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 232 through 354 )B232 - 354
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 355 through 482 )B355 - 482
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 483 through 639 )B483 - 639
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 640 through 683 )B640 - 683
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 684 through 739 )B684 - 739

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る