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- PDB-5zma: Structural basis for an allosteric Eya2 phosphatase inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zma
タイトルStructural basis for an allosteric Eya2 phosphatase inhibitor
要素Eyes absent homolog 2
キーワードTRANSCRIPTION / eya2 / eyes absent protein / phosphatase / transcription coactivator
機能・相同性
機能・相同性情報


mesodermal cell fate specification / striated muscle tissue development / histone H2AXY142 phosphatase activity / mitochondrial outer membrane permeabilization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of DNA repair / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks ...mesodermal cell fate specification / striated muscle tissue development / histone H2AXY142 phosphatase activity / mitochondrial outer membrane permeabilization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of DNA repair / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / cell differentiation / DNA repair / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12350 / EYA domain / Eyes absent family / EYA domain superfamily / EYA domain, metazoan / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9FX / Protein phosphatase EYA2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.175 Å
データ登録者Anantharajan, J. / Jansson, A.E. / Kang, C.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
シンガポール
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2019
タイトル: Structural and Functional Analyses of an Allosteric EYA2 Phosphatase Inhibitor That Has On-Target Effects in Human Lung Cancer Cells.
著者: Anantharajan, J. / Zhou, H. / Zhang, L. / Hotz, T. / Vincent, M.Y. / Blevins, M.A. / Jansson, A.E. / Kuan, J.W.L. / Ng, E.Y. / Yeo, Y.K. / Baburajendran, N. / Lin, G. / Hung, A.W. / Joy, J. / ...著者: Anantharajan, J. / Zhou, H. / Zhang, L. / Hotz, T. / Vincent, M.Y. / Blevins, M.A. / Jansson, A.E. / Kuan, J.W.L. / Ng, E.Y. / Yeo, Y.K. / Baburajendran, N. / Lin, G. / Hung, A.W. / Joy, J. / Patnaik, S. / Marugan, J. / Rudra, P. / Ghosh, D. / Hill, J. / Keller, T.H. / Zhao, R. / Ford, H.L. / Kang, C.
履歴
登録2018年4月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Eyes absent homolog 2
A: Eyes absent homolog 2
C: Eyes absent homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1066
ポリマ－99,0793
非ポリマー1,0273
水00
1
B: Eyes absent homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3692
ポリマ－33,0261
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Eyes absent homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3692
ポリマ－33,0261
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Eyes absent homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3692
ポリマ－33,0261
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.985, 49.497, 144.957
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.210, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Eyes absent homolog 2


分子量: 33026.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EYA2, EAB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00167, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-9FX / 3-fluoro-N'-[(E)-{5-[(pyrimidin-2-yl)sulfanyl]furan-2-yl}methylidene]benzohydrazide


分子量: 342.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H11FN4O2S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Hepes 7.5, 200mM Nacl, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9538 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9538 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→47.83 Å / Num. obs: 17212 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 85.26 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.17-3.3940.64930160.8290.3640.74696.9
8.98-47.833.70.0258090.9990.0140.02897.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.25データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EGC

4egc


解像度: 3.175→47.826 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 1727 10.04 %
Rwork0.2287 --
obs0.2324 17202 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 165.41 Å2 / Biso mean: 85.4502 Å2 / Biso min: 31.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.175→47.826 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5891 0 72 0 5963
Biso mean--61.02 --
残基数----758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026098
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5518279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039945
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.534067
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.175-3.26840.36991360.3041241137795
3.2684-3.37390.37581420.294612551397100
3.3739-3.49440.30721410.27091291143299
3.4944-3.63430.29091430.26721265140899
3.6343-3.79960.29751440.25521311145599
3.7996-3.99990.29291400.2331246138699
3.9999-4.25030.30331460.225512941440100
4.2503-4.57830.25591440.20751292143699
4.5783-5.03850.23641440.211412951439100
5.0385-5.76650.2931480.240513061454100
5.7665-7.26120.26851500.25341324147499
7.2612-47.83130.18541490.18281355150499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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