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- PDB-5zlt: Crystal structure of UDP-GlcNAc 2-epimerase NeuC complexed with UDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zlt
タイトルCrystal structure of UDP-GlcNAc 2-epimerase NeuC complexed with UDP
要素GDP/UDP-N,N'-diacetylbacillosamine 2-epimerase (Hydrolyzing)
キーワードHYDROLASE / NeuC / UDP N-acetylglucosamine 2-epimerase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N,N'-diacetylbacillosamine 2-epimerase activity / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase,UDP-hydrolysing / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase WecB-like / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (Hydrolyzing)
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ko, T.P. / Hsieh, T.J. / Yang, C.S. / Chen, Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology105-2311-B-241-001 台湾
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: The tetrameric structure of sialic acid-synthesizing UDP-GlcNAc 2-epimerase fromAcinetobacter baumannii: A comparative study with human GNE.
著者: Ko, T.P. / Lai, S.J. / Hsieh, T.J. / Yang, C.S. / Chen, Y.
履歴
登録2018年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP/UDP-N,N'-diacetylbacillosamine 2-epimerase (Hydrolyzing)
B: GDP/UDP-N,N'-diacetylbacillosamine 2-epimerase (Hydrolyzing)
C: GDP/UDP-N,N'-diacetylbacillosamine 2-epimerase (Hydrolyzing)
D: GDP/UDP-N,N'-diacetylbacillosamine 2-epimerase (Hydrolyzing)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,7198
ポリマ－169,7184
非ポリマー1,0004
水8,899494
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13260 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area54130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.587, 126.144, 145.998
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
GDP/UDP-N,N'-diacetylbacillosamine 2-epimerase (Hydrolyzing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (Hydrolyzing)


分子量: 42429.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: legG, neuC, CAS83_20140, CUC62_14590, CV949_00455, LV38_02406
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A154EJU5, EC: 3.2.1.184
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M LiSO4, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 54200 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.478

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZHT

4zht


解像度: 2.5→29.591 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2567 2719 5.06 %
Rwork0.2042 --
obs0.2068 53703 96.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.591 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11567 0 56 498 12121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67916023
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9187166
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461852
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042048
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4955-2.54080.37661130.27392375X-RAY DIFFRACTION86
2.5408-2.58970.32291390.25642654X-RAY DIFFRACTION96
2.5897-2.64250.31571460.25262668X-RAY DIFFRACTION98
2.6425-2.69990.30021400.24662683X-RAY DIFFRACTION98
2.6999-2.76270.32641590.23692688X-RAY DIFFRACTION98
2.7627-2.83170.27811540.23672672X-RAY DIFFRACTION98
2.8317-2.90820.30241550.23862694X-RAY DIFFRACTION98
2.9082-2.99370.33521330.22472735X-RAY DIFFRACTION98
2.9937-3.09020.2671550.23192686X-RAY DIFFRACTION98
3.0902-3.20060.2841480.22422697X-RAY DIFFRACTION98
3.2006-3.32850.30291440.22812714X-RAY DIFFRACTION98
3.3285-3.47980.23511450.21872698X-RAY DIFFRACTION98
3.4798-3.6630.25461570.19212662X-RAY DIFFRACTION97
3.663-3.8920.22261480.18392668X-RAY DIFFRACTION95
3.892-4.19170.2091290.16552622X-RAY DIFFRACTION94
4.1917-4.61210.21431250.15962663X-RAY DIFFRACTION94
4.6121-5.27620.2111460.17612675X-RAY DIFFRACTION95
5.2762-6.63510.22371350.20582800X-RAY DIFFRACTION97
6.6351-29.59320.24171480.18842930X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.1397 Å / Origin y: 96.4556 Å / Origin z: 109.1732 Å
111213212223313233
T0.1325 Å20.0022 Å2-0.0017 Å2-0.1136 Å2-0.0286 Å2--0.118 Å2
L0.5178 °20.0837 °2-0.0044 °2-0.1612 °20.0437 °2--0.1806 °2
S0.0035 Å °0.0317 Å °-0.0409 Å °-0.0171 Å °0.0254 Å °0.0321 Å °0.01 Å °0.0392 Å °0.0046 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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