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- PDB-5zkv: Solution structure of molten globule state of L94G mutant of hors... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zkv
タイトルSolution structure of molten globule state of L94G mutant of horse cytochrome-c
要素Cytochrome c
キーワードELECTRON TRANSPORT / Structure from MOLMOL
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / apoptotic signaling pathway / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / lipid binding / heme binding / metal ion binding ...cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / apoptotic signaling pathway / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / lipid binding / heme binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Naiyer, A. / Islam, A. / Hassan, M.I. / Sundd, M. / Ahmad, F.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of molten globule state of L94G mutant of horse cytochrome-c
著者: Naiyer, A. / Islam, A. / Hassan, M.I. / Sundd, M. / Ahmad, F.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.database_code / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2882
ポリマ－11,6691
非ポリマー6191
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1120 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area7040 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 2000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c


分子量: 11669.492 Da / 分子数: 1 / 変異: L94G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: CYCS, CYC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00004
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HNCA
161isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic13D C(CO)NH
191isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic13D 1H-15N TOCSY
1111isotropic13D 1H-15N NOESY
1121isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1141isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Molten globule of L94G mutant of horse cytochrome-c, 90% H2O/10% D2O
詳細: NMR sample comprised of 2 mM uniformly labelled (U-99% 13C; U-99% 15N) protein in 0.03 M cacodylate buffer containing 0.1 M NaCl (pH 6.0)
Label: U-99% 13C; U-99% 15N / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 2 mM
構成要素: Molten globule of L94G mutant of horse cytochrome-c
Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 0.03 M cacodylate buffer containing 0.1 M NaCl Not defined
Label: 2 mM uniformly labelled (U-99% 13C; U-99% 15N) protein in 0.03 M cacodylate buffer containing 0.1 M NaCl (pH 6.0)
pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

ソフトウェア名称: CNS / 分類: 精密化
NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 2000 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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