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万見
- PDB-5zk4: The structure of DSZS acyltransferase with carrier protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zk4
タイトルThe structure of DSZS acyltransferase with carrier protein
要素
  • DisA protein
  • DisD protein
キーワードTRANSFERASE / ACYL CARRIER PROTEIN / POLYKETIDE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / [Acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, inserted helical domain / PfaD family protein / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / PKS_PP_betabranch ...: / [Acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, inserted helical domain / PfaD family protein / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Aldolase-type TIM barrel / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9EF / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / DisA protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sorangium cellulosum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Miyanaga, A. / Ouchi, R. / Kudo, F. / Eguchi, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K07747 日本
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of protein-protein interactions between a trans-acting acyltransferase and acyl carrier protein in polyketide disorazole biosynthesis
著者: Miyanaga, A. / Ouchi, R. / Ishikawa, F. / Goto, E. / Tanabe, G. / Kudo, F. / Eguchi, T.
履歴
登録2018年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DisD protein
B: DisD protein
C: DisA protein
D: DisA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,67016
ポリマ－86,9434
非ポリマー1,72712
水4,882271
1
A: DisD protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8916
ポリマ－33,1231
非ポリマー7685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13070 Å2
手法PISA
2
B: DisD protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8916
ポリマ－33,1231
非ポリマー7685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12820 Å2
手法PISA
3
C: DisA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4452
ポリマ－10,3491
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5140 Å2
手法PISA
4
D: DisA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4452
ポリマ－10,3491
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.324, 96.629, 99.056
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DisD protein / DszD


分子量: 33122.930 Da / 分子数: 2 / 変異: S86C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sorangium cellulosum (バクテリア)
遺伝子: dszD, disD / プラスミド: PCold I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4U443
#2: タンパク質 DisA protein / DszA


分子量: 10348.558 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sorangium cellulosum (バクテリア)
遺伝子: dszA, disA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4U447
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-9EF / N-[2-(acetylamino)ethyl]-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide


分子量: 383.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26N3O8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2M ammonium sulfate and 5% isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月28日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 56711 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.942 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4114 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SBM

3sbm


解像度: 2.03→48.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 7.873 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.152 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22236 2801 4.9 %RANDOM
Rwork0.18291 ---
obs0.18483 53843 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.473 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.25 Å20 Å20 Å2
2--1.1 Å2-0 Å2
3---1.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.03→48.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5570 0 98 271 5939
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0195758
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.025542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.991.9887780
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0283.00312680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9225714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.32122.593270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.82415946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8751566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0216522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021348
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.083 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 222 -
Rwork0.244 3889 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47740.12870.25270.61120.04340.4639-0.0273-0.04150.02010.0338-0.00660.00640.0172-0.07760.03390.17980.00380.00710.0139-0.00610.003445.34359.146.994
20.71260.1611-0.05210.3464-0.25220.2277-0.04150.0620.0396-0.0514-0.0082-0.04620.0771-0.00290.04970.2109-0.0050.00650.01430.00250.015332.84375.111-31.771
32.3177-1.61181.23313.0351-1.41191.4325-0.2041-0.43430.22290.270.196-0.074-0.1471-0.37370.00820.22330.0601-0.03530.1698-0.04890.058629.46482.194-0.188
44.7201-2.11380.35783.671-1.63180.88820.18440.3876-0.0399-0.5808-0.2571-0.23870.30330.06410.07270.33920.04720.08640.03710.01760.094755.03558.214-24.453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 304
2X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 304
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4D7 - 102

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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