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万見
- PDB-5zja: human D-amino acid oxidase complexed with 5-chlorothiophene-2-car... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zja
タイトルhuman D-amino acid oxidase complexed with 5-chlorothiophene-2-carboxylic acid
要素D-amino-acid oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / D-amino acid / flavoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / presynaptic active zone ...D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / presynaptic active zone / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / peroxisomal matrix / digestion / FAD binding / Peroxisomal protein import / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino-acid oxidase / D-amino acid oxidases signature. / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino-acid oxidase / D-amino acid oxidases signature. / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-chloro thiophene-2-carboxylic acid / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / D-amino-acid oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kato, Y. / Hin, N. / Maita, N. / Thomas, A.G. / Kurosawa, S. / Rojas, C. / Yorita, K. / Slusher, B.S. / Fukui, K. / Tsukamoto, T.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: Structural basis for potent inhibition of d-amino acid oxidase by thiophene carboxylic acids
著者: Kato, Y. / Hin, N. / Maita, N. / Thomas, A.G. / Kurosawa, S. / Rojas, C. / Yorita, K. / Slusher, B.S. / Fukui, K. / Tsukamoto, T.
履歴
登録2018年3月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-amino-acid oxidase
B: D-amino-acid oxidase
C: D-amino-acid oxidase
D: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,59212
ポリマ－154,8004
非ポリマー3,7938
水1,910106
1
A: D-amino-acid oxidase
B: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2966
ポリマ－77,4002
非ポリマー1,8964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area26250 Å2
手法PISA
2
C: D-amino-acid oxidase
D: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2966
ポリマ－77,4002
非ポリマー1,8964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area26280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.294, 182.641, 51.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
D-amino-acid oxidase / DAO


分子量: 38699.910 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAO, DAMOX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14920, D-amino-acid oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-9E9 / 5-chloro thiophene-2-carboxylic acid / 5-chloranylthiophene-2-carboxylic acid / 5-クロロチオフェン-2-カルボン酸


分子量: 162.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H3ClO2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15%(w/v) PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Na citrate at pH 8.0, and 10%(v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.23 Å / Num. obs: 44404 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rpim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 1.786 / Num. unique obs: 4593 / CC1/2: 0.517 / Rpim(I) all: 0.983

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2du8

2du8


解像度: 2.6→49.229 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 2089 4.72 %
Rwork0.2009 --
obs0.2038 44280 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.229 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11180 0 0 106 11286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411508
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88415700
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4116820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0851672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.66050.38241270.32692760X-RAY DIFFRACTION100
2.6605-2.7270.36461240.30942772X-RAY DIFFRACTION100
2.727-2.80070.35481320.28752777X-RAY DIFFRACTION100
2.8007-2.88320.33721300.2842800X-RAY DIFFRACTION100
2.8832-2.97620.35571380.27092774X-RAY DIFFRACTION100
2.9762-3.08260.34581280.26652758X-RAY DIFFRACTION100
3.0826-3.2060.29011210.25132831X-RAY DIFFRACTION100
3.206-3.35180.32641440.23222765X-RAY DIFFRACTION100
3.3518-3.52850.27731360.20332794X-RAY DIFFRACTION100
3.5285-3.74950.24381670.19212772X-RAY DIFFRACTION100
3.7495-4.03890.25141410.17232832X-RAY DIFFRACTION100
4.0389-4.44510.19731530.15362802X-RAY DIFFRACTION100
4.4451-5.08770.21561410.15192873X-RAY DIFFRACTION100
5.0877-6.40780.2171570.17872871X-RAY DIFFRACTION100
6.4078-49.23780.23091500.16643010X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 123.8747 Å / Origin y: 50.0923 Å / Origin z: 38.4576 Å
111213212223313233
T0.1654 Å20.0026 Å20.0024 Å2-0.1964 Å2-0.0054 Å2--0.1979 Å2
L0.0725 °2-0.0386 °20.0344 °2-0.291 °2-0.0137 °2--0.4777 °2
S0.0049 Å °-0.0037 Å °0.0172 Å °-0.0385 Å °-0.0265 Å °-0.0113 Å °0.0676 Å °0.0368 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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