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- PDB-5zi6: The RING domain structure of MEX-3C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zi6
タイトルThe RING domain structure of MEX-3C
要素RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
キーワードLIGASE / E3 liagase / Ubiquitination / MEX-3C / RING domain
機能・相同性
機能・相同性情報


chondrocyte hypertrophy / regulation of fat cell differentiation / energy homeostasis / RING-type E3 ubiquitin transferase / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. ...: / : / : / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Moududee, S.A. / Tang, Y.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional characterization of hMEX-3C Ring finger domain as an E3 ubiquitin ligase
著者: Moududee, S.A. / Jiang, Y. / Gilbert, N. / Xie, G. / Xu, Z. / Wu, J. / Gong, Q. / Tang, Y. / Shi, Y.
履歴
登録2018年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
B: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
C: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
D: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
E: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
F: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
G: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
H: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,48824
ポリマ－48,4418
非ポリマー1,04716
水18010
1
A: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
B: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3726
ポリマ－12,1102
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
D: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3726
ポリマ－12,1102
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
F: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3726
ポリマ－12,1102
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
H: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3726
ポリマ－12,1102
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.135, 44.567, 67.157
Angle α, β, γ (deg.)92.430, 90.500, 91.390
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))
21(chain B and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))
31(chain C and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))
41(chain D and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))
51(chain E and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))
61(chain F and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))
71(chain G and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))
81(chain H and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSPHEPHE(chain A and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))AA608 - 6124 - 8
12ASNASNASNASN(chain A and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))AA61410
13VALVALLYSLYS(chain A and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))AA616 - 63912 - 35
14THRTHRSERSER(chain A and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))AA641 - 65937 - 55
21CYSCYSPHEPHE(chain B and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))BB608 - 6124 - 8
22ASNASNASNASN(chain B and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))BB61410
23VALVALLYSLYS(chain B and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))BB616 - 63912 - 35
24THRTHRSERSER(chain B and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))BB641 - 65937 - 55
31CYSCYSPHEPHE(chain C and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))CC608 - 6124 - 8
32ASNASNASNASN(chain C and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))CC61410
33VALVALLYSLYS(chain C and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))CC616 - 63912 - 35
34THRTHRSERSER(chain C and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))CC641 - 65937 - 55
41CYSCYSPHEPHE(chain D and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))DD608 - 6124 - 8
42ASNASNASNASN(chain D and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))DD61410
43VALVALLYSLYS(chain D and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))DD616 - 63912 - 35
44THRTHRSERSER(chain D and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))DD641 - 65937 - 55
51CYSCYSPHEPHE(chain E and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))EE608 - 6124 - 8
52ASNASNASNASN(chain E and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))EE61410
53VALVALLYSLYS(chain E and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))EE616 - 63912 - 35
54THRTHRSERSER(chain E and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))EE641 - 65937 - 55
61CYSCYSPHEPHE(chain F and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))FF608 - 6124 - 8
62ASNASNASNASN(chain F and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))FF61410
63VALVALLYSLYS(chain F and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))FF616 - 63912 - 35
64THRTHRSERSER(chain F and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))FF641 - 65937 - 55
71CYSCYSPHEPHE(chain G and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))GG608 - 6124 - 8
72ASNASNASNASN(chain G and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))GG61410
73VALVALLYSLYS(chain G and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))GG616 - 63912 - 35
74THRTHRSERSER(chain G and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))GG641 - 65937 - 55
81CYSCYSPHEPHE(chain H and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))HH608 - 6124 - 8
82ASNASNASNASN(chain H and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))HH61410
83VALVALLYSLYS(chain H and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))HH616 - 63912 - 35
84THRTHRSERSER(chain H and (resseq 608:612 or resseq 614 or resseq 616:639 or resseq 641:659))HH641 - 65937 - 55

-
要素

#1: タンパク質
RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C / RING finger and KH domain-containing protein 2 / RING finger protein 194 / RING-type E3 ubiquitin ...RING finger and KH domain-containing protein 2 / RING finger protein 194 / RING-type E3 ubiquitin transferase MEX3C


分子量: 6055.123 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 605-659 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEX3C
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q5U5Q3, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 20938 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 42.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 0.635 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.243.10.8989730.6080.5621.0620.43290.1
2.24-2.283.30.75310310.7290.4630.8850.45393.3
2.28-2.323.40.70810750.8360.4320.8310.4294.6
2.32-2.373.50.58910360.8970.3530.6880.44295.2
2.37-2.423.60.50110510.9060.2990.5850.44495.2
2.42-2.483.60.48711000.90.2910.5680.45296.1
2.48-2.543.60.40610350.8950.2430.4730.43196
2.54-2.613.60.37310910.9160.2230.4360.45896
2.61-2.693.70.28210530.9530.1680.3290.46394.5
2.69-2.773.50.21910060.970.1330.2570.591.9
2.77-2.873.50.17610110.9780.1080.2080.52988.1
2.87-2.993.80.14410650.9880.0850.1680.55197.6
2.99-3.123.80.12410770.9890.0730.1440.55297
3.12-3.293.70.10110560.9910.060.1180.60396.1
3.29-3.493.70.08110970.9930.0480.0940.68397.2
3.49-3.763.70.06110540.9970.0360.0710.74994.4
3.76-4.143.50.0619840.9950.0370.0720.87388.1
4.14-4.743.80.04910450.9970.0290.0570.99496
4.74-5.973.80.05310730.9960.0310.0621.08396.2
5.97-403.70.05210250.9980.0310.061.46791.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→36.384 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.57 / 位相誤差: 27.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 959 4.58 %
Rwork0.2072 --
obs0.2088 20922 93.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.25 Å2 / Biso mean: 51.7163 Å2 / Biso min: 27.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→36.384 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3320 0 16 10 3346
Biso mean--43.58 39.47 -
残基数----440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2814576
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9612096
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1719X-RAY DIFFRACTION11.768TORSIONAL
12B1719X-RAY DIFFRACTION11.768TORSIONAL
13C1719X-RAY DIFFRACTION11.768TORSIONAL
14D1719X-RAY DIFFRACTION11.768TORSIONAL
15E1719X-RAY DIFFRACTION11.768TORSIONAL
16F1719X-RAY DIFFRACTION11.768TORSIONAL
17G1719X-RAY DIFFRACTION11.768TORSIONAL
18H1719X-RAY DIFFRACTION11.768TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.29760.31881040.3051269588
2.2976-2.44150.31961400.301291595
2.4415-2.62990.30311750.2714290896
2.6299-2.89450.2971480.2437274992
2.8945-3.31310.25341460.2362296097
3.3131-4.17320.22811100.1925285292
4.1732-36.3840.19871360.1558288495

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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