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- PDB-5zhz: Crystal structure of the apurinic/apyrimidinic endonuclease IV fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zhz
タイトルCrystal structure of the apurinic/apyrimidinic endonuclease IV from Mycobacterium tuberculosis
要素Probable endonuclease 4
キーワードDNA BINDING PROTEIN / endonuclease IV / TIM fold / DNA repair / apurinic-apyrimidinic (AP)ndonuclease superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonuclease IV / deoxyribonuclease IV (phage-T4-induced) activity / phosphoric diester hydrolase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 2 signature 1. / AP endonucleases family 2 signature 2. / AP endonuclease 2, zinc binding site / AP endonucleases family 2 signature 3. / AP endonucleases family 2 profile. / AP endonuclease 2 / AP endonuclease family 2 / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable endonuclease 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Zhang, W. / Xu, Y. / Yan, M. / Li, S. / Wang, H. / Yang, H. / Zhou, W. / Rao, Z.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Key R&D Program of China2017YFC0840300 中国
MOST 973 ProjectNo. 2014CB542800 中国
MOST 973 ProjectNo. 2014CBA02003 中国
CAS SPR program BXDB08020200 中国
National Science Foundation of China81330036 and 81520108019 中国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the apurinic/apyrimidinic endonuclease IV from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Zhang, W. / Xu, Y. / Yan, M. / Li, S. / Wang, H. / Yang, H. / Zhou, W. / Rao, Z.
履歴
登録2018年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable endonuclease 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1937
ポリマ－27,7091
非ポリマー4846
水6,918384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area560 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area10830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.638, 55.269, 102.939
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable endonuclease 4 / Endodeoxyribonuclease IV / Endonuclease IV


分子量: 27709.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: end, nfo, Rv0670, MTCI376.04c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WQ13, deoxyribonuclease IV
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL17A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→50 Å / Num. obs: 96805 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル解像度: 1.18→1.22 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 732 / Rsym value: 0.821 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QTW

1qtw


解像度: 1.18→21.522 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1594 4529 4.94 %
Rwork0.1393 --
obs0.1403 91766 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.18→21.522 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1887 0 18 384 2289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4632631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.256692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009350
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1793-1.19270.2931570.29872698X-RAY DIFFRACTION94
1.1927-1.20680.25211520.24572898X-RAY DIFFRACTION100
1.2068-1.22150.2411530.2182844X-RAY DIFFRACTION100
1.2215-1.2370.20851650.18372866X-RAY DIFFRACTION100
1.237-1.25320.20451370.17652910X-RAY DIFFRACTION100
1.2532-1.27040.18981450.16062881X-RAY DIFFRACTION100
1.2704-1.28850.17421490.15882920X-RAY DIFFRACTION100
1.2885-1.30780.19261440.14562833X-RAY DIFFRACTION100
1.3078-1.32820.19371580.13412877X-RAY DIFFRACTION100
1.3282-1.350.14381680.12732906X-RAY DIFFRACTION100
1.35-1.37320.17551570.12512874X-RAY DIFFRACTION100
1.3732-1.39820.15731380.12612893X-RAY DIFFRACTION100
1.3982-1.42510.1471360.12662926X-RAY DIFFRACTION100
1.4251-1.45420.15691660.12392880X-RAY DIFFRACTION100
1.4542-1.48580.14721600.12452864X-RAY DIFFRACTION100
1.4858-1.52040.1441570.1172923X-RAY DIFFRACTION100
1.5204-1.55840.14981340.11582915X-RAY DIFFRACTION100
1.5584-1.60050.14871450.11622909X-RAY DIFFRACTION100
1.6005-1.64760.15381330.11082913X-RAY DIFFRACTION100
1.6476-1.70070.13861430.11652917X-RAY DIFFRACTION100
1.7007-1.76150.14051500.12072918X-RAY DIFFRACTION100
1.7615-1.8320.15441700.12332913X-RAY DIFFRACTION100
1.832-1.91530.13691570.12722909X-RAY DIFFRACTION100
1.9153-2.01620.14451530.12952922X-RAY DIFFRACTION100
2.0162-2.14240.14531550.13132937X-RAY DIFFRACTION100
2.1424-2.30770.16981480.13462962X-RAY DIFFRACTION100
2.3077-2.53960.1721430.14072977X-RAY DIFFRACTION100
2.5396-2.90630.17731410.15162978X-RAY DIFFRACTION100
2.9063-3.65870.16071600.14123007X-RAY DIFFRACTION100
3.6587-21.5260.14691550.15663067X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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