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万見
- PDB-5zhj: Crystal structure of TrmD from Mycobacterium tuberculosis in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zhj
タイトルCrystal structure of TrmD from Mycobacterium tuberculosis in complex with S-adenosyl homocysteine (SAH)
要素tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / tRNA methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases ...tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Zhong, W. / Pasunooti, K.K. / Balamkundu, S. / Wong, Y.W. / Nah, Q. / Liu, C.F. / Lescar, J. / Dedon, P.C.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Singapore SMART Innovation CentreING137070-BIO シンガポール
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Thienopyrimidinone Derivatives That Inhibit Bacterial tRNA (Guanine37-N1)-Methyltransferase (TrmD) by Restructuring the Active Site with a Tyrosine-Flipping Mechanism.
著者: Zhong, W. / Pasunooti, K.K. / Balamkundu, S. / Wong, Y.H. / Nah, Q. / Gadi, V. / Gnanakalai, S. / Chionh, Y.H. / McBee, M.E. / Gopal, P. / Lim, S.H. / Olivier, N. / Buurman, E.T. / Dick, T. / ...著者: Zhong, W. / Pasunooti, K.K. / Balamkundu, S. / Wong, Y.H. / Nah, Q. / Gadi, V. / Gnanakalai, S. / Chionh, Y.H. / McBee, M.E. / Gopal, P. / Lim, S.H. / Olivier, N. / Buurman, E.T. / Dick, T. / Liu, C.F. / Lescar, J. / Dedon, P.C.
履歴
登録2018年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6473
ポリマ－26,1701
非ポリマー4772
水2,612145
1
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2946
ポリマ－52,3412
非ポリマー9534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7250 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area17970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.960, 50.761, 53.309
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-473-

HOH

21A-540-

HOH

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要素

#1: タンパク質 tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase


分子量: 26170.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: trmD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P9WFY7, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bis-Tris at pH 6.5, 20%(w/v) PEG3350, 0.1M ammonium acetate; the crystal was soaked with 1mM SAH.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→53.1 Å / Num. obs: 18952 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.408 / Num. unique obs: 8132

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WYQ

5wyq


解像度: 1.75→53.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.127 / SU Rfree Blow DPI: 0.112 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.111
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 961 5.08 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.178 18930 96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8173 Å20 Å2-1.2598 Å2
2--0.9809 Å20 Å2
3----2.7981 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→53.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1595 0 32 145 1772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011706HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.992331HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d587SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes34HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes255HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1706HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.52
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion219SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2202SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.18 118 4.37 %
Rwork0.187 2583 -
all0.187 2701 -
obs--94.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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