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- PDB-5zgn: The crystal structure of KacTA-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zgn
タイトルThe crystal structure of KacTA-DNA complex
要素
  • (DNA (27-MER)) x 2
  • KacA
  • KacT
キーワードTOXIN / KacT / KacA / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Vibrio phage ICP1, Orf50 / Antitoxin TacA 1-like / Acetyltransferase (GNAT) domain / Ribbon-helix-helix / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DUF1778 domain-containing protein / GCN5-related N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Qian, H.L. / Yao, Q.Q. / Gan, J.H. / Ou, H.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology2015CB554202 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of KacTA-DNA complex
著者: Qian, H.L. / Yao, Q.Q. / Gan, J.H. / Ou, H.Y.
履歴
登録2018年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KacA
B: KacA
C: KacT
D: KacA
E: KacA
F: KacT
G: DNA (27-MER)
H: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,67211
ポリマ－97,3848
非ポリマー2883
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26380 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area35050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.046, 62.044, 61.994
Angle α, β, γ (deg.)93.83, 93.99, 93.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ABDECF

#1: タンパク質
KacA


分子量: 10152.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: KacA
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)
株: HS11286 / 遺伝子: KPHS_05880
発現宿主: Escherichia coli-Thermus thermophilus shuttle vector pTRH1T (その他)
参照: UniProt: A0A0H3GLZ1
#2: タンパク質 KacT


分子量: 20093.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)
株: HS11286 / 遺伝子: KPHS_05890
発現宿主: Escherichia coli-Thermus thermophilus shuttle vector pTRH1T (その他)
参照: UniProt: A0A0H3GMP0

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DNA鎖 , 2種, 2分子 GH

#3: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8323.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8265.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 54分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.06 % / 解説: rod
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05M ammonium sulfate, 0.05M BIS-TRIS pH 6.5, 30% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→30 Å / Num. obs: 38226 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.24→2.33 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.24→28.44 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 28.35
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 1862 4.87 %
Rwork0.214 --
obs0.216 38196 93.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→28.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4851 1101 15 51 6018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046183
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8328592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.353547
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068984
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004919
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2369-2.29740.34141350.31192641X-RAY DIFFRACTION88
2.2974-2.3650.33481510.29852734X-RAY DIFFRACTION93
2.365-2.44130.30471560.28962706X-RAY DIFFRACTION92
2.4413-2.52850.30961400.27792651X-RAY DIFFRACTION89
2.5285-2.62960.30591740.2652829X-RAY DIFFRACTION95
2.6296-2.74920.2761250.26692842X-RAY DIFFRACTION95
2.7492-2.8940.25391530.25492858X-RAY DIFFRACTION95
2.894-3.07510.30791390.25232821X-RAY DIFFRACTION95
3.0751-3.31220.29041690.25032737X-RAY DIFFRACTION92
3.3122-3.6450.30591620.22012922X-RAY DIFFRACTION98
3.645-4.1710.2461330.19532888X-RAY DIFFRACTION97
4.171-5.24960.18921150.18292833X-RAY DIFFRACTION94
5.2496-28.43770.23331100.18142872X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 56.1852 Å / Origin y: -10.6855 Å / Origin z: 65.3312 Å
111213212223313233
T0.2993 Å2-0.0402 Å2-0.0244 Å2-0.3885 Å2-0.09 Å2--0.3821 Å2
L1.2619 °2-0.3532 °2-0.4128 °2-0.5873 °2-0.0112 °2--0.5007 °2
S0.0559 Å °-0.0005 Å °0.0047 Å °0.0055 Å °-0.0247 Å °-0.0188 Å °-0.0093 Å °-0.033 Å °-0.0409 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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