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- PDB-5zec: Crystal structure of Kluyveromyces polyspora ADH (KpADH) mutant (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zec
タイトルCrystal structure of Kluyveromyces polyspora ADH (KpADH) mutant (Q136N/F161V/S196G/E214G/S237C)
要素Uncharacterized protein ADH
キーワードISOMERASE / Alcohol dehydrogenase(KpADH) / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / ISOPROPYL ALCOHOL / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vanderwaltozyma polyspora DSM 70294 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.779 Å
データ登録者Wang, Y. / ZHou, J.Y. / Hou, X.D. / Xu, G.C. / Rao, Y.J. / Wu, L. / Zhou, J.H. / Ni, Y.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China grant number21506073 中国
National Natural Science Foundation of China grant number21776112 中国
Natural Science Foundation of Jiangsu ProvinceBK20150003 中国
Natural Science Foundation of Jiangsu ProvinceBK20171135 中国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Structural Insight into Enantioselective Inversion of an Alcohol Dehydrogenase Reveals a "Polar Gate" in Stereorecognition of Diaryl Ketones.
著者: Zhou, J.Y. / Wang, Y. / Xu, G.C. / Wu, L. / Han, R.Z. / Schwaneberg, U. / Rao, Y.J. / Zhao, Y.L. / Zhou, J.H. / Ni, Y.
履歴
登録2018年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein ADH
B: Uncharacterized protein ADH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,76614
ポリマ－77,6022
非ポリマー2,16412
水14,034779
1
A: Uncharacterized protein ADH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9598
ポリマ－38,8011
非ポリマー1,1587
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14880 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein ADH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8076
ポリマ－38,8011
非ポリマー1,0065
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.718, 102.718, 134.535
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 1 - 342 / Label seq-ID: 1 - 342

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uncharacterized protein ADH


分子量: 38801.051 Da / 分子数: 2 / 変異: Q136N, F161V, S196G, E214G, S237C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vanderwaltozyma polyspora DSM 70294 (菌類)
株: ATCC 22028 / DSM 70294 / 遺伝子: Kpol_529p27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7TM80

-
非ポリマー , 7種, 791分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 779 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: ammonium acetate, Bis-Tris, 27% PEG 3350 / PH範囲: 6.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.778→47.982 Å / Num. obs: 787769 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 17.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 29.158
反射 シェル解像度: 1.779→1.8003 Å / Rmerge(I) obs: 0.178 / Mean I/σ(I) obs: 10.5 / Num. unique obs: 787769 / CC1/2: 0.981 / Rsym value: 0.178

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Z2X

5z2x


解像度: 1.779→47.982 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.178 4018 5.23 %
Rwork0.1475 --
obs0.1491 76853 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.83 Å2 / Biso mean: 21.0689 Å2 / Biso min: 9.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.779→47.982 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5466 0 165 779 6410
Biso mean--19.82 30.61 -
残基数----684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.877750
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054866
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006986
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8393397
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3369X-RAY DIFFRACTION5.425TORSIONAL
12B3369X-RAY DIFFRACTION5.425TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7794-1.80030.20881330.162725482681100
1.8003-1.82230.21431420.157824322574100
1.8223-1.84530.1671270.147925222649100
1.8453-1.86960.21431390.146625362675100
1.8696-1.89520.17761260.152125112637100
1.8952-1.92230.19161540.149825042658100
1.9223-1.9510.19911340.151624892623100
1.951-1.98150.18551270.152525292656100
1.9815-2.0140.17841200.150825512671100
2.014-2.04870.18491580.147524632621100
2.0487-2.0860.19281570.145124822639100
2.086-2.12610.16371350.142424812616100
2.1261-2.16950.18831350.147125452680100
2.1695-2.21670.20021550.140824712626100
2.2167-2.26820.17331420.141625052647100
2.2682-2.32490.15291320.141725352667100
2.3249-2.38780.16051610.146624892650100
2.3878-2.45810.18851190.151825162635100
2.4581-2.53740.18031460.150924982644100
2.5374-2.62810.17691440.149325182662100
2.6281-2.73330.17521310.152125282659100
2.7333-2.85770.17151480.153925222670100
2.8577-3.00830.16371480.154125072655100
3.0083-3.19680.20251020.155325512653100
3.1968-3.44350.18851400.154625122652100
3.4435-3.78990.19391490.142725122661100
3.7899-4.3380.1581440.13625162660100
4.338-5.46420.16711320.132425432675100
5.4642-47.9990.15871380.15672519265798
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.1981 Å / Origin y: -44.6501 Å / Origin z: -0.9014 Å
111213212223313233
T0.1168 Å20.0088 Å20.0011 Å2-0.1106 Å20.0016 Å2--0.087 Å2
L0.5651 °20.137 °2-0.0023 °2-0.3693 °2-0.015 °2--0.094 °2
S0.0078 Å °-0.0814 Å °0.0004 Å °0.0106 Å °-0.0121 Å °0.0044 Å °-0.0003 Å °-0.0015 Å °0.0041 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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