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- PDB-5ze9: Crystal structure of AMP-PNP bound mutant A3B3 complex from Enter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ze9
タイトルCrystal structure of AMP-PNP bound mutant A3B3 complex from Enterococcus hirae V-ATPase
要素(V-type sodium ATPase ...) x 2
キーワードHYDROLASE / P-loop
機能・相同性
機能・相同性情報


Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism ...Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lysosomal membrane / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12240 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily ...Rossmann fold - #12240 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / V-type sodium ATPase catalytic subunit A / V-type sodium ATPase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus hirae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Maruyama, S. / Suzuki, K. / Sasaki, H. / Mizutani, K. / Saito, Y. / Imai, F.L. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Ichiro, Y. / Murata, T.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Metastable asymmetrical structure of a shaftless V1motor.
著者: Maruyama, S. / Suzuki, K. / Imamura, M. / Sasaki, H. / Matsunami, H. / Mizutani, K. / Saito, Y. / Imai, F.L. / Ishizuka-Katsura, Y. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Uchihashi, T. / Ando, ...著者: Maruyama, S. / Suzuki, K. / Imamura, M. / Sasaki, H. / Matsunami, H. / Mizutani, K. / Saito, Y. / Imai, F.L. / Ishizuka-Katsura, Y. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Uchihashi, T. / Ando, T. / Yamato, I. / Murata, T.
履歴
登録2018年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
B: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
C: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
D: V-type sodium ATPase subunit B
E: V-type sodium ATPase subunit B
F: V-type sodium ATPase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,73552
ポリマ－354,3566
非ポリマー5,37846
水23,4011299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39260 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area106760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.830, 151.370, 235.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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V-type sodium ATPase ... , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A


分子量: 66347.797 Da / 分子数: 3 / 断片: NtpA / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (バクテリア)
株: ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258
遺伝子: ntpA, EHR_08260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08636, EC: 3.6.3.15
#2: タンパク質 V-type sodium ATPase subunit B / Na(+)-translocating ATPase subunit B / V-type sodium pump subunit B


分子量: 51770.914 Da / 分子数: 3 / 断片: NtpB / Mutation: L65Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (バクテリア)
株: ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258
遺伝子: ntpB, EHR_08265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08637

-
非ポリマー , 5種, 1345分子

#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28% PEG 3350, 20 mM Bis-Tris propane pH 6.5, 0.1 M NaCl, 0.1 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月21日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→60 Å / Num. obs: 218240 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 30.64 Å2 / Net I/σ(I): 11.32
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.602
最高解像度最低解像度
Rotation49.75 Å2.29 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP11.2.05位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VR6

3vr6


解像度: 2.102→54.869 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1955 10953 5.02 %
Rwork0.1659 --
obs0.1675 218240 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 134.05 Å2 / Biso mean: 38.9367 Å2 / Biso min: 15.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.102→54.869 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24403 0 342 1299 26044
Biso mean--54.49 40.55 -
残基数----3131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00625204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77434063
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.79415320
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.102-2.12590.31933290.28836105643489
2.1259-2.15090.30093670.254268737240100
2.1509-2.17710.28823620.243968357197100
2.1771-2.20470.27273480.236169447292100
2.2047-2.23370.29493530.233768517204100
2.2337-2.26430.29493170.26669027219100
2.2643-2.29660.26223630.219769007263100
2.2966-2.33090.25983650.208868587223100
2.3309-2.36730.24333820.19768997281100
2.3673-2.40610.23273520.198669077259100
2.4061-2.44760.23213950.194868277222100
2.4476-2.49210.23023780.185568877265100
2.4921-2.54010.22933680.184868847252100
2.5401-2.59190.20913520.178269177269100
2.5919-2.64830.2223720.180269477319100
2.6483-2.70990.21483650.175168837248100
2.7099-2.77760.22723850.174568657250100
2.7776-2.85270.2053490.166869437292100
2.8527-2.93670.21813350.171869437278100
2.9367-3.03140.21473560.169269537309100
3.0314-3.13980.20173660.169369177283100
3.1398-3.26550.19293450.163669587303100
3.2655-3.41410.17273890.157169647353100
3.4141-3.5940.16693830.145869047287100
3.594-3.81920.16543540.136769867340100
3.8192-4.1140.16263820.137569937375100
4.114-4.52780.13443630.11970227385100
4.5278-5.18250.15663790.128170177396100
5.1825-6.52780.19843920.165670967488100
6.5278-54.88730.1624070.15317307771499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0971-0.1162-0.0452.6052-1.06442.26590.008-0.1503-0.08690.0847-0.04270.0628-0.10810.06390.07830.3592-0.0109-0.07120.30860.07550.367610.5911-5.966-5.2275
20.3196-0.00720.08910.78280.08630.13960.0875-0.21850.02080.2319-0.1665-0.143-0.07920.111-0.01940.4913-0.0518-0.06770.39240.00820.26673.651912.75399.6128
30.79410.05310.40130.60490.06230.68650.0569-0.20050.15810.2931-0.06160.0078-0.08040.02020.01980.4947-0.04570.03010.3258-0.01210.2821-10.806114.43779.0585
41.1764-0.1471-0.01280.8403-0.20030.82360.07690.0550.21410.0524-0.03580.2066-0.0911-0.1849-0.06050.3644-0.00630.04050.31960.03430.3493-28.320118.0492-6.8825
51.62040.65770.17070.40670.14980.6858-0.0356-0.0312-0.08670.01150.0443-0.0470.11710.1365-0.00290.24550.0278-0.02440.30010.07440.2658-15.3888-45.3631-13.1449
60.52370.08450.14071.02250.33521.41440.0157-0.0367-0.2290.0653-0.01290.03830.34410.0511-0.00430.3325-0.00120.00940.23640.06140.357-34.553-61.255-20.0703
70.5062-0.0862-0.0150.5489-0.0080.5855-0.0048-0.0603-0.02840.02060.00720.05890.0239-0.04420.00420.1959-0.00460.00480.21360.02940.214-35.3749-35.5924-27.0012
81.8214-0.76490.43751.5788-0.42661.2218-0.03860.04930.1844-0.1163-0.02590.1316-0.1713-0.11190.05040.2313-0.0048-0.0580.25610.02250.2705-51.4435-19.3339-39.8945
93.0479-2.15291.9593.7782-2.35233.3454-0.1508-0.2187-0.07560.1110.1590.3293-0.2425-0.6022-0.00290.23340.0532-0.04990.4519-0.01050.3808-67.3219-17.0555-40.4309
100.37970.3793-0.14430.9511-0.33410.60.01580.0601-0.1691-0.0105-0.0003-0.2386-0.00960.1737-0.00330.2390.00070.0290.2481-0.03130.319418.252-28.6779-55.6375
110.9-0.0882-0.28020.61540.03980.5264-0.02650.12490.0023-0.12030.0415-0.1628-0.05170.1385-0.01050.2551-0.0430.03040.2455-0.02960.26817.8089-8.9583-64.0225
122.28530.74910.15451.67181.05890.7931-0.12680.3530.1323-0.32790.12580.1243-0.093-0.0801-0.02630.314-0.00530.00190.252-0.00610.20881.9379-13.9321-69.3948
130.58770.0110.06321.0796-0.26530.4586-0.0131-0.04020.04230.06990.03430.0396-0.0699-0.0075-0.00220.2251-0.01060.01850.1774-0.01820.21881.7125-4.9253-52.9349
141.1909-0.44860.2862.1766-0.17240.8976-0.10870.11960.1344-0.39570.11690.5537-0.1197-0.12730.00490.3623-0.0305-0.10630.25940.06850.4685-18.303913.378-68.6287
151.3311-0.5570.18931.57731.48774.7792-0.0772-0.0231-0.31520.03550.0843-0.19520.17460.32530.02260.35980.0074-0.03720.35230.03080.371218.9944-6.3315-26.1387
162.5144-0.1913-0.02170.79270.90854.4883-0.03380.1374-0.2766-0.1885-0.026-0.3063-0.11340.28610.07820.4073-0.0002-0.01590.29330.01290.297719.0486-1.835-30.4452
170.7774-0.12540.11910.6722-0.31251.17750.0366-0.02880.0484-0.011-0.0391-0.1207-0.05010.1951-0.00520.3202-0.0594-0.00870.25490.04020.28679.468224.1422-25.7501
181.6981-0.1435-0.53440.7757-0.71120.97680.13330.10820.0957-0.0377-0.0505-0.0851-0.05230.0336-0.05930.3913-0.00260.00920.28490.05710.28812.205225.5485-35.8367
190.9597-0.3044-0.10480.9232-0.4261.23180.04730.0287-0.0152-0.00170.00750.04720.0697-0.0866-0.03280.3627-0.00380.00010.27290.03390.2475-3.615318.0816-26.9235
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221.3914-0.23730.79022.4687-0.5540.59630.0965-0.04640.37080.269-0.04680.3488-0.4357-0.2573-0.03280.48440.12630.09730.32140.09750.4695-19.122143.2674-29.9191
231.73491.39610.34712.54920.77041.62120.1472-0.0637-0.13630.1999-0.1249-0.2975-0.0236-0.0704-0.11220.28250.0026-0.06680.3140.10810.357-2.285-25.62033.4931
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260.7178-0.05890.06090.9269-0.05690.43130.0382-0.14420.00910.15990.00480.1873-0.0566-0.04910.00370.2551-0.01620.0560.29780.0270.2602-39.8884-18.3955-0.5155
271.08820.2469-0.24371.1347-0.0580.60240.0599-0.13350.05090.1926-0.0251-0.0652-0.05550.0172-0.00980.2764-0.02280.00580.30720.04080.235-27.4054-17.66170.1402
280.9487-0.35910.11360.81390.04650.75220.0204-0.00750.0736-0.1378-0.0020.1889-0.0577-0.0843-0.01230.2416-0.00570.00110.24720.03060.2499-40.422-12.6754-11.2411
291.4451-0.02311.20991.3231-0.44032.712-0.0179-0.06240.2094-0.18130.04070.393-0.2918-0.344-0.05870.31940.08720.00940.39920.04710.5662-57.193-5.5024-17.1445
300.9461-0.164-0.38031.75370.25462.2702-0.0863-0.187-0.31060.02970.0168-0.07820.22490.09640.10810.22650.01770.0030.21920.03660.3032-1.4185-48.8867-34.5655
311.232-0.0487-0.10110.56620.18140.577-0.00090.1027-0.1651-0.07460.02510.05150.1194-0.0809-0.01210.2505-0.0073-0.0070.2185-0.02590.22-20.4206-37.3141-58.0871
320.6582-0.0580.15780.571-0.08920.75520.0080.02280.0141-0.06040.0247-0.0187-0.0591-0.0344-0.03130.2087-0.00480.02860.1817-0.01140.2003-15.5996-27.217-52.8036
331.4093-0.0233-0.34132.08890.15840.88260.08820.15210.398-0.1968-0.03610.3406-0.3307-0.303-0.02170.42190.1219-0.03630.41560.06280.4016-32.4989-7.0926-65.1598
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 63 )A0 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 64 through 134 )A64 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 135 through 284 )A135 - 284
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 285 through 587 )A285 - 587
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 0 through 90 )B0 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 91 through 192 )B91 - 192
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 193 through 426 )B193 - 426
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 427 through 514 )B427 - 514
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 515 through 591 )B515 - 591
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 134 )C1 - 134
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 135 through 248 )C135 - 248
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 249 through 284 )C249 - 284
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 285 through 477 )C285 - 477
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 478 through 587 )C478 - 587
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 3 through 28 )D3 - 28
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 29 through 77 )D29 - 77
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 78 through 138 )D78 - 138
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 139 through 217 )D139 - 217
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 218 through 364 )D218 - 364
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 365 through 389 )D365 - 389
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 390 through 411 )D390 - 411
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 412 through 455 )D412 - 455
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 1 through 38 )E1 - 38
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 39 through 77 )E39 - 77
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 78 through 106 )E78 - 106
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 107 through 187 )E107 - 187
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 188 through 296 )E188 - 296
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 297 through 364 )E297 - 364
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 365 through 455 )E365 - 455
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 0 through 77 )F0 - 77
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 78 through 217 )F78 - 217
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 218 through 364 )F218 - 364
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 365 through 455 )F365 - 455

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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