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万見
- PDB-5ze3: Crystal structure of human lysyl oxidase-like 2 (hLOXL2) in a pre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ze3
タイトルCrystal structure of human lysyl oxidase-like 2 (hLOXL2) in a precursor state
要素Lysyl oxidase homolog 2
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-lysine 6-oxidase / protein-lysine 6-oxidase activity / peptidyl-lysine oxidation / Crosslinking of collagen fibrils / : / positive regulation of chondrocyte differentiation / oligosaccharide binding / protein modification process => GO:0036211 / scavenger receptor activity / negative regulation of stem cell population maintenance ...protein-lysine 6-oxidase / protein-lysine 6-oxidase activity / peptidyl-lysine oxidation / Crosslinking of collagen fibrils / : / positive regulation of chondrocyte differentiation / oligosaccharide binding / protein modification process => GO:0036211 / scavenger receptor activity / negative regulation of stem cell population maintenance / Elastic fibre formation / collagen fibril organization / response to copper ion / sprouting angiogenesis / endothelial cell proliferation / basement membrane / endothelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / heterochromatin organization / collagen-containing extracellular matrix / electron transfer activity / cell adhesion / response to hypoxia / copper ion binding / negative regulation of DNA-templated transcription / calcium ion binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / extracellular space / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Lysyl oxidase / Lysyl oxidase, conserved site / Lysyl oxidase / Lysyl oxidase putative copper-binding region signature. / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysyl oxidase homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhang, X. / Liu, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2014ZX09507003006 to Y.S. 中国
National Natural Science Foundation of China31130002 and 31321062 to Y.S. 中国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of human lysyl oxidase-like 2 (hLOXL2) in a precursor state.
著者: Zhang, X. / Wang, Q. / Wu, J. / Wang, J. / Shi, Y. / Liu, M.
履歴
登録2018年2月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysyl oxidase homolog 2
B: Lysyl oxidase homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0289
ポリマ－102,2782
非ポリマー7497
水3,639202
1
A: Lysyl oxidase homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4664
ポリマ－51,1391
非ポリマー3273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area20950 Å2
手法PISA
2
B: Lysyl oxidase homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5625
ポリマ－51,1391
非ポリマー4234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.095, 61.487, 137.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Lysyl oxidase homolog 2 / Lysyl oxidase-like protein 2 / Lysyl oxidase-related protein 2 / Lysyl oxidase-related protein WS9-14


分子量: 51139.059 Da / 分子数: 2 / 変異: N455Q,M570L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LOXL2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y4K0, protein-lysine 6-oxidase
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 207分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 28% PEG 2000, 100mM Li2SO4, 100mM HEPES, pH 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 45694 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 10.86
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2405: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化解像度: 2.4→36.497 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 2212 5.08 %
Rwork0.2171 --
obs0.2182 43539 85.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.497 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6914 0 37 202 7153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117128
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6319660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.0282634
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011282
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3372-2.3880.2818750.25031427X-RAY DIFFRACTION48
2.388-2.44360.2888720.27041667X-RAY DIFFRACTION55
2.4436-2.50460.29041060.26521841X-RAY DIFFRACTION62
2.5046-2.57230.3147990.2712041X-RAY DIFFRACTION68
2.5723-2.6480.28161180.25832227X-RAY DIFFRACTION74
2.648-2.73350.28741120.26492396X-RAY DIFFRACTION79
2.7335-2.83110.30821490.26372645X-RAY DIFFRACTION88
2.8311-2.94440.28361440.26952929X-RAY DIFFRACTION96
2.9444-3.07840.28731560.27993023X-RAY DIFFRACTION99
3.0784-3.24060.30481580.25262981X-RAY DIFFRACTION100
3.2406-3.44350.29251760.24153008X-RAY DIFFRACTION100
3.4435-3.70910.25011710.20842979X-RAY DIFFRACTION99
3.7091-4.08190.19921840.19293023X-RAY DIFFRACTION99
4.0819-4.67150.17461560.16862987X-RAY DIFFRACTION99
4.6715-5.88170.17991690.17163034X-RAY DIFFRACTION99
5.8817-36.50130.19591670.17963119X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3716-0.57980.0183.5318-1.1662.71340.08830.0711-0.0856-0.1373-0.1041-0.05530.15620.2945-0.00610.10470.0219-0.04030.21560.00260.287218.125-17.055659.268
23.11971.3357-0.71190.9437-0.25430.7938-0.05610.20090.4482-0.19620.11780.2283-0.1993-0.0147-0.07120.25810.0163-0.01530.14150.00550.21681.86966.395352.0552
32.88480.41820.50482.39890.55312.3686-0.04720.2181-0.0632-0.13520.06150.02080.20060.0339-0.01050.0957-0.010.0010.13350.04240.1349-8.3187-7.158657.381
42.3371-0.03640.85914.1863-0.70821.4047-0.0102-0.06830.3461-0.09560.0004-0.2882-0.23630.13920.08170.7899-0.11550.12430.4269-0.07030.361138.426531.29734.3966
50.63720.3383-0.55160.8427-1.59563.03020.04830.0986-0.059-0.62410.01580.02860.1353-0.01120.02831.0001-0.03610.08570.3852-0.0320.291326.14556.934821.6095
61.04140.4411-0.59561.0077-0.35362.90010.04870.28820.1646-0.48670.04260.2262-0.2586-0.4119-0.36041.3477-0.06170.19680.50020.07920.225528.552822.87948.3662
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 322 through 434 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 435 through 605 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 606 through 762 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 321 through 435 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 436 through 590 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 591 through 763 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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