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- PDB-5zd4: Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 in complex with double-s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zd4
タイトルCrystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 in complex with double-stranded DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')
  • Maltose-binding periplasmic protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / Brassinosteroid / Plant
機能・相同性
機能・相同性情報


plant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / DNA-binding transcription factor activity ...plant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
BZR family / BES1/BZR1 plant transcription factor, N-terminal / BES1/BZR1 plant transcription factor, N-terminal / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / DNA / DNA (> 10) / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Nosaki, S. / Miyakawa, T. / Xu, Y. / Nakamura, A. / Hirabayashi, K. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2018
タイトル: Structural basis for brassinosteroid response by BIL1/BZR1.
著者: Nosaki, S. / Miyakawa, T. / Xu, Y. / Nakamura, A. / Hirabayashi, K. / Asami, T. / Nakano, T. / Tanokura, M.
履歴
登録2018年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Maltose-binding periplasmic protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
D: Maltose-binding periplasmic protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
G: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')
A: Maltose-binding periplasmic protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
B: Maltose-binding periplasmic protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
E: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,45319
ポリマ－217,6508
非ポリマー1,80411
水5,098283
1
C: Maltose-binding periplasmic protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
D: Maltose-binding periplasmic protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
G: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,6969
ポリマ－108,8254
非ポリマー8715
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9730 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area40230 Å2
手法PISA
2
A: Maltose-binding periplasmic protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
B: Maltose-binding periplasmic protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
E: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,75810
ポリマ－108,8254
非ポリマー9336
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9180 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area41360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.701, 92.603, 111.967
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Maltose-binding periplasmic protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1 / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Protein BIN2 SUBSTRATE 2


分子量: 49819.445 Da / 分子数: 4 / 変異: D108A,K109A,E198A,N199A,K265A,E385A,K388A,D389A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of residues 27-392 from Maltose-binding periplasmic protein (UNP P0AEY0), and residues 21-104 from Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1 (UNP Q8S307)
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, BZR1, BIS2, At1g75080, F9E10_7
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: Q8S307
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')


分子量: 4593.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50mM sodium cacodylate (pH 6.5), 200mM potassium chloride, 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→47.33 Å / Num. obs: 109100 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.17→2.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 5420 / CC1/2: 0.897 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 0.578 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IQZ

5iqz


解像度: 2.17→43.598 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 5449 5 %
Rwork0.2166 --
obs0.218 109005 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→43.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13381 1220 120 283 15004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00615178
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78620840
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7735668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042489
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.19470.31791810.27383479X-RAY DIFFRACTION100
2.1947-2.22050.33581760.27143410X-RAY DIFFRACTION100
2.2205-2.24760.29641950.27043430X-RAY DIFFRACTION100
2.2476-2.2760.30621920.27233444X-RAY DIFFRACTION100
2.276-2.3060.30851770.26113468X-RAY DIFFRACTION100
2.306-2.33750.29111760.25993419X-RAY DIFFRACTION100
2.3375-2.37090.28711960.25233445X-RAY DIFFRACTION100
2.3709-2.40630.28721830.24973404X-RAY DIFFRACTION100
2.4063-2.44390.26061810.24793442X-RAY DIFFRACTION100
2.4439-2.4840.30521910.25533423X-RAY DIFFRACTION100
2.484-2.52680.26431930.25373430X-RAY DIFFRACTION100
2.5268-2.57280.2711740.2463461X-RAY DIFFRACTION100
2.5728-2.62220.27061770.24393453X-RAY DIFFRACTION100
2.6222-2.67570.27871900.24333448X-RAY DIFFRACTION100
2.6757-2.73390.2951900.25413424X-RAY DIFFRACTION100
2.7339-2.79750.281770.26333483X-RAY DIFFRACTION100
2.7975-2.86750.251850.25393443X-RAY DIFFRACTION100
2.8675-2.9450.28131900.25433439X-RAY DIFFRACTION100
2.945-3.03160.2821830.25093453X-RAY DIFFRACTION100
3.0316-3.12940.27881860.2563451X-RAY DIFFRACTION100
3.1294-3.24120.26571910.24453394X-RAY DIFFRACTION100
3.2412-3.3710.23751860.23293479X-RAY DIFFRACTION100
3.371-3.52430.2571820.21493472X-RAY DIFFRACTION100
3.5243-3.710.26791480.21133495X-RAY DIFFRACTION100
3.71-3.94230.22481810.19783460X-RAY DIFFRACTION100
3.9423-4.24650.18471820.17753453X-RAY DIFFRACTION100
4.2465-4.67340.18411940.16223458X-RAY DIFFRACTION99
4.6734-5.34860.19691590.16723511X-RAY DIFFRACTION100
5.3486-6.73470.21871630.19463484X-RAY DIFFRACTION99
6.7347-43.60710.19391700.17213501X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5591-0.6555-1.98653.08030.66713.08870.1401-0.40020.27420.06640.0312-0.0238-0.23640.2627-0.14550.3202-0.0650.0490.25450.020.2385-2.617614.364311.4523
23.9269-1.05990.23014.0347-0.79962.93720.041-0.4054-0.67430.42330.0673-0.12950.8384-0.1113-0.08570.5059-0.0759-0.08520.24610.02130.3794-6.3398-36.791827.7404
30.86950.0540.09341.5490.24020.929-0.4398-0.19180.13240.46820.7325-0.791-0.04280.6629-0.3180.69470.1838-0.17481.2416-0.65980.90183.716911.382945.5556
41.80650.8438-0.21483.46690.00042.7362-0.1007-0.05380.06650.50040.40780.1572-0.36670.0255-0.29590.46210.16660.06530.4882-0.03190.2356-21.177715.541942.6999
51.369-0.16220.10371.5335-1.07070.978-0.08680.16180.03730.92790.4393-0.8162-0.44470.6568-0.33660.72120.071-0.19081.1207-0.54880.7436-1.089920.610749.9723
61.26930.1349-0.09392.5139-0.41441.5322-0.3373-0.1783-0.11620.52470.6039-0.4115-0.01260.1818-0.24740.46350.1983-0.02330.5881-0.12870.3432-14.89313.295746.1291
73.33810.7878-0.01266.81794.71236.60860.1226-0.1723-0.18460.20340.2224-0.36310.74130.1403-0.35160.29610.016-0.07640.18290.02120.25373.9003-28.829831.8719
84.21620.8782-0.83813.9736-1.53441.974-0.08790.4268-1.1556-0.4190.08720.1841.3115-0.4303-0.01230.9183-0.1634-0.11670.3437-0.04190.6096-7.8001-43.944519.6311
91.5322-0.08841.10343.1246-1.92234.85870.2755-0.2755-0.06280.56320.0990.08580.5354-0.5944-0.34150.3144-0.122-0.03970.30850.01630.2544-5.965-23.82528.6696
102.18850.0773-0.42453.64031.32939.86230.2165-0.1973-0.13210.1210.1525-0.33260.20840.4002-0.34740.2452-0.0442-0.04640.2067-0.01280.2484-2.9254-23.76524.8273
113.65710.3264-0.87411.0047-0.32811.5620.1229-0.39170.010.0989-0.138-0.098-0.00720.54610.01530.27180.0082-0.02410.4239-0.00720.141639.7605-13.315243.8613
120.5568-0.4854-0.00853.7122-2.54191.9539-0.1162-0.00040.0866-0.30140.2460.23530.0208-0.646-0.16890.6703-0.0962-0.06650.7578-0.09920.391745.700929.473230.0119
133.8518-0.3114-0.52511.3747-0.24582.0912-0.01820.16080.0643-0.03490.06580.1193-0.0081-0.4395-0.03730.2271-0.0152-0.01830.23110.00750.147553.2029-15.182110.9428
140.62150.99010.26945.91573.01381.6614-0.0388-0.09-0.03460.68680.3137-0.33670.03120.5846-0.24850.75290.1222-0.10850.76760.11080.473346.814328.886225.5576
150.0858-0.2416-0.71640.70152.13047.11250.0297-0.4368-0.07840.28480.17440.1151.41310.1134-0.19990.70340.0759-0.03640.82540.04710.347546.800423.56129.9336
160.13850.1741-1.10290.2249-1.4559.31990.0564-0.4001-0.18120.02820.2898-0.00931.7130.0708-0.33220.73660.0476-0.07420.83590.05740.36645.270623.523525.6985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid -367 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 27 through 88 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid -360 through -263 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid -262 through -123 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid -122 through -54 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid -53 through 26 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 27 through 54 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 55 through 88 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G' and (resid -3 through 11 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid -3 through 11 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid -367 through -17 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid -16 through 88 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid -366 through -17 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid -16 through 88 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid -3 through 11 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid -3 through 11 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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