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- PDB-5zcw: Structure of the Methanosarcina mazei class II CPD-photolyase in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zcw
タイトルStructure of the Methanosarcina mazei class II CPD-photolyase in complex with intact, phosphodiester linked, CPD-lesion
要素
  • 5'-D(*AP*TP*CP*GP*GP*CP*(TTD)P*CP*GP*CP*GP*CP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*T)-3'
  • Deoxyribodipyrimidine photolyase
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA repair / photorepair / CPD / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreactive repair / deoxyribodipyrimidine photo-lyase / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA photolyase class 2 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs ...DNA photolyase class 2 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DNA / DNA (> 10) / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Maestre-Reyna, M. / Bessho, Y.
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2018
タイトル: Twist and turn: a revised structural view on the unpaired bubble of class II CPD photolyase in complex with damaged DNA.
著者: Maestre-Reyna, M. / Yamamoto, J. / Huang, W.C. / Tsai, M.D. / Essen, L.O. / Bessho, Y.
履歴
登録2018年2月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Deoxyribodipyrimidine photolyase
B: Deoxyribodipyrimidine photolyase
C: 5'-D(*AP*TP*CP*GP*GP*CP*(TTD)P*CP*GP*CP*GP*CP*AP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*T)-3'
E: 5'-D(*AP*TP*CP*GP*GP*CP*(TTD)P*CP*GP*CP*GP*CP*AP*A)-3'
F: 5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,72510
ポリマ－127,9996
非ポリマー1,7264
水6,089338
1
A: Deoxyribodipyrimidine photolyase
C: 5'-D(*AP*TP*CP*GP*GP*CP*(TTD)P*CP*GP*CP*GP*CP*AP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9406
ポリマ－63,9993
非ポリマー9413
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
2
B: Deoxyribodipyrimidine photolyase
E: 5'-D(*AP*TP*CP*GP*GP*CP*(TTD)P*CP*GP*CP*GP*CP*AP*A)-3'
F: 5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7854
ポリマ－63,9993
非ポリマー7861
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.100, 114.420, 166.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 462 / Label seq-ID: 21 - 480

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Deoxyribodipyrimidine photolyase


分子量: 55123.480 Da / 分子数: 2 / 変異: M377T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0F8I5V2, UniProt: Q8PYK9*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*CP*GP*GP*CP*(TTD)P*CP*GP*CP*GP*CP*AP*A)-3'


分子量: 4569.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*T)-3'


分子量: 4305.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 342分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M NaOAc pH 4.6, 0.25 M (NH4)2SO4, 4% PEG 4000

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSRRC TPS 05A11
シンクロトロンSPring-8 BL32XU21
検出器
タイプID検出器日付詳細
RAYONIX MX300-HS1CCD2017年8月16日
RAYONIX MX-2252CCD2017年7月19日K-B mirrors fabricated with EEM (Elastic Emission Machining) technique (Osaka mirror)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2liquid nitrogen cooled double crystal Si (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21
反射解像度: 2.7→94.29 Å / Num. obs: 38064 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.857 / Rmerge(I) obs: 0.5437 / Rpim(I) all: 0.2219 / Net I/σ(I): 10.67
反射 シェル解像度: 2.7→2.796 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.929 / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 3734 / CC1/2: 0.522 / Rpim(I) all: 0.5563 / % possible all: 99.87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSJune 1, 2017データ削減
XSCALEJune 1, 2017データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XRZ

2xrz


解像度: 2.7→94.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 28.858 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.997 / ESU R Free: 0.339 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25726 1883 4.9 %RANDOM
Rwork0.21397 ---
obs0.2161 36183 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 71.107 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å20 Å2
2--1.92 Å2-0 Å2
3----2.78 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→94.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6855 979 115 342 8291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0188308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6821.86911518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.064315635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6865892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.43523.611324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.751151063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7291541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.663.2413560
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6593.2383558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1524.8534445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1524.8544446
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6413.3394748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6413.344749
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.0525.0117067
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.92962.85217560
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.89762.81817527
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 26566 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 140 -
Rwork0.33 2628 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.42750.49270.14922.0998-0.02081.9756-0.00940.6647-0.5558-0.55970.1058-0.00550.2011-0.1229-0.09650.2956-0.0119-0.00720.2049-0.10150.400916.291-27.782-20.345
21.9301-0.13860.0372.3173-0.03071.89370.04630.0074-0.09260.08260.018-0.1737-0.2597-0.0278-0.06440.1497-0.00370.0190.00350.01670.181222.08-12.098-1.34
33.14852.38780.8743.44351.35333.29070.26810.0040.23390.46510.02320.1027-0.71350.2608-0.29121.3291-0.09950.15790.18950.05910.511732.42728.31-9.782
41.96931.7378-0.5063.74710.29652.4347-0.13460.63530.1821-0.36630.4712-0.1797-0.6570.1161-0.33650.7405-0.07230.06360.48280.10420.26226.60612.435-30.11
54.9507-0.1921.07213.55660.77823.65520.0444-0.791-0.3250.78110.11720.7080.0256-0.6861-0.16160.42910.00740.09440.5690.05290.4903-0.035-5.17210.085
65.8071-2.3433-2.62083.41343.512310.88240.33910.51240.6476-0.0705-0.24920.3799-0.5688-1.1551-0.08990.83250.0304-0.04780.82940.1460.58439.3211.284-45.316
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 186
2X-RAY DIFFRACTION2A198 - 462
3X-RAY DIFFRACTION2A502
4X-RAY DIFFRACTION3B3 - 187
5X-RAY DIFFRACTION4B221 - 462
6X-RAY DIFFRACTION4B501
7X-RAY DIFFRACTION5C1 - 13
8X-RAY DIFFRACTION5D1 - 14
9X-RAY DIFFRACTION6E5 - 13
10X-RAY DIFFRACTION6F1 - 11

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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