PDB-5zc4: Crystal Structure of RNF13 RING domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zc4

タイトル

Crystal Structure of RNF13 RING domain

要素

E3 ubiquitin-protein ligase RNF13

キーワード

ENDOCYTOSIS / Ubiquitin RING E3 ligase / PA-TM-RING protein / RNF13

機能・相同性

機能・相同性情報

organelle localization / JUN kinase binding / nuclear inner membrane / protein autoubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / late endosome membrane / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.906 Å

データ登録者

Datta, A.B. / Sarkar, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of RNF13 RING domain
著者: Sarkar, S. / Datta, A.B.

履歴

登録	2018年2月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zc4.cif.gz	79.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zc4.ent.gz	60.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zc4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zc4_validation.pdf.gz	431.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zc4_full_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示
XML形式データ	5zc4_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	5zc4_validation.cif.gz	11.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/5zc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/5zc4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3eun-d 5xj3-5 3t7l-d 1j5d-d 3qdp-d 3lkl-3 1xbd-d 2d56-d 2k47-d 3s8w-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase RNF13

D: E3 ubiquitin-protein ligase RNF13

ヘテロ分子

17.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E3 ubiquitin-protein ligase RNF13

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer
8.97 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: E3 ubiquitin-protein ligase RNF13

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.97 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.338, 90.338, 45.445
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1142- HOH

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase RNF13 / RING finger protein 13 / RING-type E3 ubiquitin transferase RNF13 分子量: 8840.479 Da / 分子数: 2 / 断片: truncated RING domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF13, RZF / プラスミド: pETSUMO2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: O43567, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100% Tacsimate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月18日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.906→45.17 Å / Num. obs: 16628 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 36.12 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 24.6
反射シェル	解像度: 1.906→1.95 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.813 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1071 / CC_1/2: 0.793 / R_pim(I) all: 0.298 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.906→22.619 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1858	795	4.79 %	Random
R_work	0.1662	-	-	-
obs	0.1671	16599	99.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.906→22.619 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1180	0	0	78	1258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	1242
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.431	1672
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.098	790
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	181
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	213

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9055-2.0248	0.2699	143	0.2388	2569	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0248-2.181	0.2077	117	0.2012	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.181-2.4003	0.2379	126	0.1823	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4003-2.7471	0.2025	142	0.1837	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7471-3.4591	0.209	132	0.1827	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4591-22.6203	0.1546	135	0.1419	2654	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5112	1.525	-2.2746	6.6032	1.5869	1.3557	-0.3167	0.4042	1.011	-1.4603	0.0741	-0.3024	-0.2398	1.2299	-0.016	1.1434	0.449	0.0767	1.4445	0.0752	0.6122	34.1659	36.7741	-9.9287
2	9.7398	3.7399	-3.8602	2.8194	-4.4896	8.3718	-0.5128	1.6911	-1.9076	-1.4531	-0.3216	-0.7702	2.112	0.6066	0.5784	1.0409	0.3459	0.0402	0.8711	-0.2558	0.8366	27.0776	24.8521	-6.6127
3	5.926	-3.2924	4.2063	4.0094	-0.2741	4.9482	-0.4755	-0.7383	-2.8403	0.6241	-0.3497	2.1469	2.7372	-0.9162	0.8596	0.9767	-0.068	0.1117	0.4576	0.0139	1.3626	17.1078	18.991	8.1946
4	7.6362	-0.3633	-1.7534	9.5925	4.6083	2.8387	0.2986	0.4427	-2.0127	-0.3544	-0.6663	1.3591	0.7944	-0.4206	0.3945	0.4932	0.0888	-0.1097	0.4553	-0.1201	0.7238	18.3815	28.0321	5.2272
5	6.3201	0.4371	-1.4959	6.6276	1.5568	4.6275	0.6317	1.0726	-0.2893	-1.1068	-0.5397	-0.2299	0.2296	0.3769	-0.0294	0.5405	0.2996	0.0267	0.5493	-0.0166	0.3388	29.0787	33.2286	-0.0488
6	6.9491	1.0403	-0.5478	2.0556	-3.4383	9.1285	0.3201	-0.069	0.9974	-0.0572	0.7534	-0.3624	-0.8338	0.0629	-1.1657	0.4026	-0.0764	0.0286	0.9276	-0.0577	1.0427	41.9904	45.1954	16.1117
7	4.6359	6.1037	-1.541	9.8933	-2.1014	5.7555	-0.6148	-1.3556	-0.4671	0.3525	0.6306	-1.2999	0.0732	0.7397	-0.0536	0.3871	0.1784	-0.0723	1.079	-0.0564	0.7932	41.0294	33.628	22.3279
8	0.2041	-1.0835	0.1906	7.6351	-2.6997	1.6908	-0.0645	-2.9781	-2.8224	2.049	0.6235	1.379	1.6642	-0.4079	-0.5588	0.9623	-0.0466	-0.0656	1.1507	0.6009	1.1201	27.1072	21.4114	24.988
9	2.6677	-2.2327	3.9756	8.1242	-1.5358	8.5092	0.3976	-1.9835	-1.74	0.5632	0.2009	0.3984	1.5755	-0.2724	-0.5739	0.5265	0.1178	0.0039	0.7967	0.2744	0.632	27.1524	28.2451	18.9469
10	9.162	1.4877	2.0662	7.5087	-2.125	7.0958	-0.1346	-1.6173	1.0928	0.5721	-0.0877	-0.4244	-0.309	0.7186	0.1942	0.2784	0.1025	-0.0235	0.8188	-0.1458	0.5311	32.7727	39.9927	19.305

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 215:219 )	A	215 - 219
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 220:230 )	A	220 - 230
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 231:235 )	A	231 - 235
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 236:255 )	A	236 - 255
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND ( RESID 256:287 OR RESID 1001:1002 ) )	A	256 - 287
6	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND ( RESID 256:287 OR RESID 1001:1002 ) )	A	1001 - 1002
7	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN D AND RESID 216:219 )	D	216 - 219
8	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN D AND RESID 220:230 )	D	220 - 230
9	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 231:235 )	D	231 - 235
10	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN D AND RESID 236:255 )	D	236 - 255
11	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN D AND ( RESID 256:287 OR RESID 1001:1002 ) )	D	256 - 287
12	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN D AND ( RESID 256:287 OR RESID 1001:1002 ) )	D	1001 - 1002

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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