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- PDB-5zbh: The Crystal Structure of Human Neuropeptide Y Y1 Receptor with BM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zbh
タイトルThe Crystal Structure of Human Neuropeptide Y Y1 Receptor with BMS-193885
要素Neuropeptide Y receptor type 1,T4 Lysozyme,Neuropeptide Y receptor type 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / G Protein-Coupled Receptor Neuropeptide Y Y1 Receptor Inhibitor Complex structure
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic polypeptide receptor activity / peptide YY receptor activity / neuropeptide Y receptor activity / neuropeptide receptor activity / neuropeptide binding / feeding behavior / outflow tract morphogenesis / regulation of multicellular organism growth / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / viral release from host cell by cytolysis ...pancreatic polypeptide receptor activity / peptide YY receptor activity / neuropeptide Y receptor activity / neuropeptide receptor activity / neuropeptide binding / feeding behavior / outflow tract morphogenesis / regulation of multicellular organism growth / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / sensory perception of pain / Peptide ligand-binding receptors / locomotory behavior / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of blood pressure / glucose metabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / G alpha (i) signalling events / host cell cytoplasm / neuron projection / defense response to bacterium / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neuropeptide Y1 receptor / Neuropeptide Y receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily ...Neuropeptide Y1 receptor / Neuropeptide Y receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9AF / Endolysin / Neuropeptide Y receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4T (T4ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yang, Z. / Han, S. / Zhao, Q. / Wu, B.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structural basis of ligand binding modes at the neuropeptide Y Y1receptor
著者: Yang, Z. / Han, S. / Keller, M. / Kaiser, A. / Bender, B.J. / Bosse, M. / Burkert, K. / Kogler, L.M. / Wifling, D. / Bernhardt, G. / Plank, N. / Littmann, T. / Schmidt, P. / Yi, C. / Li, B. / ...著者: Yang, Z. / Han, S. / Keller, M. / Kaiser, A. / Bender, B.J. / Bosse, M. / Burkert, K. / Kogler, L.M. / Wifling, D. / Bernhardt, G. / Plank, N. / Littmann, T. / Schmidt, P. / Yi, C. / Li, B. / Ye, S. / Zhang, R. / Xu, B. / Larhammar, D. / Stevens, R.C. / Huster, D. / Meiler, J. / Zhao, Q. / Beck-Sickinger, A.G. / Buschauer, A. / Wu, B.
履歴
登録2018年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuropeptide Y receptor type 1,T4 Lysozyme,Neuropeptide Y receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2562
ポリマ－60,6651
非ポリマー5911
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.580, 126.240, 169.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Neuropeptide Y receptor type 1,T4 Lysozyme,Neuropeptide Y receptor type 1 / NPY1-R / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / NPY1-R


分子量: 60665.020 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 2-241,UNP residues 2-161,UNP residues 250-358
変異: F129W,C1053T, C1096A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4T (T4ファージ)
遺伝子: NPY1R, NPYR, NPYY1, e, T4Tp126
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P25929, UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-9AF / dimethyl 4-{3-[({3-[4-(3-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]propyl}carbamoyl)amino]phenyl}-2,6-dimethyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate / 2,6-ジメチル-4-[3-[3-[3-[4-(3-メトキシフェニル)ピペリジノ]プロピル]ウレイド]フェニル]-1,(以下略)


分子量: 590.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H42N4O6
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.1M HEPES, pH 7.2-7.6, 20% PEG400 / PH範囲: 7.2-7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 15601 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 117.93 Å2 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 3→3.17 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→42.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.454 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.258 / SU Rfree Blow DPI: 0.366 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.375
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 797 5.11 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.224 15600 92.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 109.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.4455 Å20 Å20 Å2
2---20.7782 Å20 Å2
3---13.3327 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.52 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→42.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3654 0 43 0 3697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093785HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.015154HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1291SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes77HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes575HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3785HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.17
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion509SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4443SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.21 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 109 4.43 %
Rwork0.271 2349 -
all0.272 2458 -
obs--80.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.445 Å / Origin y: 29.2797 Å / Origin z: -27.7696 Å
111213212223313233
T-0.1576 Å2-0.0165 Å2-0.0325 Å2-0.1686 Å20.0191 Å2---0.2744 Å2
L0 °20.0027 °20.0512 °2-1.4362 °21.34 °2--2.1889 °2
S-0.0516 Å °-0.0527 Å °0.0061 Å °0.1753 Å °0.0239 Å °0.0281 Å °0.1989 Å °0.3511 Å °0.0277 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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