+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zat | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of 5-carboxylcytosine containing decamer dsDNA | ||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / Cytosine Modification | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.06 Å | データ登録者 | Fu, T.R. / Zhang, L. | 引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2019 | タイトル: Thymine DNA glycosylase recognizes the geometry alteration of minor grooves induced by 5-formylcytosine and 5-carboxylcytosine. 著者: Fu, T. / Liu, L. / Yang, Q.L. / Wang, Y. / Xu, P. / Zhang, L. / Liu, S. / Dai, Q. / Ji, Q. / Xu, G.L. / He, C. / Luo, C. / Zhang, L. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zat.cif.gz | 39.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5zat.ent.gz | 27.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zat.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5zat_validation.pdf.gz | 389.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5zat_full_validation.pdf.gz | 389.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5zat_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5zat_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/5zat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/5zat | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3090.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.37 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 50mM sodium succinat pH 5.5, 20mM MgCl2, 0.5mM spermine, 3.0 ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 180 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9676 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9676 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.06→50 Å / Num. obs: 21838 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 26.12 |
反射 シェル | 解像度: 1.06→1.1 Å |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.06→29.74 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.6
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.06→29.74 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|