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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zas | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of 5-formylcytosine containing decamer dsDNA | ||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Cytosine modification | 機能・相同性 | BICARBONATE ION / DNA | ![]() 生物種 | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Fu, T.R. / Zhang, L. | ![]() ![]() タイトル: Thymine DNA glycosylase recognizes the geometry alteration of minor grooves induced by 5-formylcytosine and 5-carboxylcytosine. 著者: Fu, T. / Liu, L. / Yang, Q.L. / Wang, Y. / Xu, P. / Zhang, L. / Liu, S. / Dai, Q. / Ji, Q. / Xu, G.L. / He, C. / Luo, C. / Zhang, L. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 387.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 387.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3074.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.57 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 50mM cacodylate pH 6.0, 20mM magnesium acetate, 0.5mM spermine, 100mM NaCl, 25% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 180 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9676 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.56→50 Å / Num. obs: 11176 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.8 % / Net I/σ(I): 37.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.56→1.62 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.583 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.56→47.24 Å
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拘束条件 |
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