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- PDB-5zap: Atomic structure of the herpes simplex virus type 2 B-capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zap
タイトルAtomic structure of the herpes simplex virus type 2 B-capsid
要素
  • Major capsid protein
  • Small capsomere-interacting protein
  • Triplex capsid protein 1
  • Triplex capsid protein 2
キーワードVIRUS / herpesvirus / capsid / cryo-em / atomic structure
機能・相同性
機能・相同性情報


T=16 icosahedral viral capsid / viral capsid assembly / viral process / viral capsid / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid triplex subunit 1 / Capsid triplex subunit 2 / Major capsid protein / Small capsomere-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yuan, S. / Wang, J.L. / Zhu, D.J. / Wang, N. / Gao, Q. / Chen, W.Y. / Tang, H. / Wang, J.Z. / Zhang, X.Z. / Liu, H.R. ...Yuan, S. / Wang, J.L. / Zhu, D.J. / Wang, N. / Gao, Q. / Chen, W.Y. / Tang, H. / Wang, J.Z. / Zhang, X.Z. / Liu, H.R. / Rao, Z.H. / Wang, X.X.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of a herpesvirus capsid at 3.1 Å.
著者: Shuai Yuan / Jialing Wang / Dongjie Zhu / Nan Wang / Qiang Gao / Wenyuan Chen / Hao Tang / Junzhi Wang / Xinzheng Zhang / Hongrong Liu / Zihe Rao / Xiangxi Wang /
要旨: Structurally and genetically, human herpesviruses are among the largest and most complex of viruses. Using cryo-electron microscopy (cryo-EM) with an optimized image reconstruction strategy, we ...Structurally and genetically, human herpesviruses are among the largest and most complex of viruses. Using cryo-electron microscopy (cryo-EM) with an optimized image reconstruction strategy, we report the herpes simplex virus type 2 (HSV-2) capsid structure at 3.1 angstroms, which is built up of about 3000 proteins organized into three types of hexons (central, peripentonal, and edge), pentons, and triplexes. Both hexons and pentons contain the major capsid protein, VP5; hexons also contain a small capsid protein, VP26; and triplexes comprise VP23 and VP19C. Acting as core organizers, VP5 proteins form extensive intermolecular networks, involving multiple disulfide bonds (about 1500 in total) and noncovalent interactions, with VP26 proteins and triplexes that underpin capsid stability and assembly. Conformational adaptations of these proteins induced by their microenvironments lead to 46 different conformers that assemble into a massive quasisymmetric shell, exemplifying the structural and functional complexity of HSV.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Pushing the resolution limit by correcting the Ewald sphere effect in single-particle Cryo-EM reconstructions.
著者: Dongjie Zhu / Xiangxi Wang / Qianglin Fang / James L Van Etten / Michael G Rossmann / Zihe Rao / Xinzheng Zhang /
要旨: The Ewald sphere effect is generally neglected when using the Central Projection Theorem for cryo electron microscopy single-particle reconstructions. This can reduce the resolution of a ...The Ewald sphere effect is generally neglected when using the Central Projection Theorem for cryo electron microscopy single-particle reconstructions. This can reduce the resolution of a reconstruction. Here we estimate the attainable resolution and report a "block-based" reconstruction method for extending the resolution limit. We find the Ewald sphere effect limits the resolution of large objects, especially large viruses. After processing two real datasets of large viruses, we show that our procedure can extend the resolution for both datasets and can accommodate the flexibility associated with large protein complexes.
履歴
登録2018年2月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
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  • 登録構造単位
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6907
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  • マップデータ: EMDB-6907
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
G: Major capsid protein
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Major capsid protein
Q: Triplex capsid protein 2
R: Triplex capsid protein 2
S: Triplex capsid protein 1
T: Triplex capsid protein 2
U: Triplex capsid protein 2
V: Triplex capsid protein 1
W: Triplex capsid protein 2
X: Triplex capsid protein 2
Y: Triplex capsid protein 1
Z: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 1
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2
e: Triplex capsid protein 1
f: Small capsomere-interacting protein
g: Small capsomere-interacting protein
h: Small capsomere-interacting protein
i: Small capsomere-interacting protein
j: Small capsomere-interacting protein
k: Small capsomere-interacting protein
l: Small capsomere-interacting protein
m: Small capsomere-interacting protein
n: Small capsomere-interacting protein
o: Small capsomere-interacting protein
p: Small capsomere-interacting protein
q: Small capsomere-interacting protein
r: Small capsomere-interacting protein
s: Small capsomere-interacting protein
t: Small capsomere-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,168,59246
ポリマ－3,168,59246
非ポリマー00
水00
1
G: Major capsid protein
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Major capsid protein
Q: Triplex capsid protein 2
R: Triplex capsid protein 2
S: Triplex capsid protein 1
T: Triplex capsid protein 2
U: Triplex capsid protein 2
V: Triplex capsid protein 1
W: Triplex capsid protein 2
X: Triplex capsid protein 2
Y: Triplex capsid protein 1
Z: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 1
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2
e: Triplex capsid protein 1
f: Small capsomere-interacting protein
g: Small capsomere-interacting protein
h: Small capsomere-interacting protein
i: Small capsomere-interacting protein
j: Small capsomere-interacting protein
k: Small capsomere-interacting protein
l: Small capsomere-interacting protein
m: Small capsomere-interacting protein
n: Small capsomere-interacting protein
o: Small capsomere-interacting protein
p: Small capsomere-interacting protein
q: Small capsomere-interacting protein
r: Small capsomere-interacting protein
s: Small capsomere-interacting protein
t: Small capsomere-interacting protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,115,5372760
ポリマ－190,115,5372760
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Major capsid protein
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Major capsid protein
Q: Triplex capsid protein 2
R: Triplex capsid protein 2
S: Triplex capsid protein 1
T: Triplex capsid protein 2
U: Triplex capsid protein 2
V: Triplex capsid protein 1
W: Triplex capsid protein 2
X: Triplex capsid protein 2
Y: Triplex capsid protein 1
Z: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 1
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2
e: Triplex capsid protein 1
f: Small capsomere-interacting protein
g: Small capsomere-interacting protein
h: Small capsomere-interacting protein
i: Small capsomere-interacting protein
j: Small capsomere-interacting protein
k: Small capsomere-interacting protein
l: Small capsomere-interacting protein
m: Small capsomere-interacting protein
n: Small capsomere-interacting protein
o: Small capsomere-interacting protein
p: Small capsomere-interacting protein
q: Small capsomere-interacting protein
r: Small capsomere-interacting protein
s: Small capsomere-interacting protein
t: Small capsomere-interacting protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 15.8 MDa, 230 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,842,961230
ポリマ－15,842,961230
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
G: Major capsid protein
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Major capsid protein
Q: Triplex capsid protein 2
R: Triplex capsid protein 2
S: Triplex capsid protein 1
T: Triplex capsid protein 2
U: Triplex capsid protein 2
V: Triplex capsid protein 1
W: Triplex capsid protein 2
X: Triplex capsid protein 2
Y: Triplex capsid protein 1
Z: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 1
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2
e: Triplex capsid protein 1
f: Small capsomere-interacting protein
g: Small capsomere-interacting protein
h: Small capsomere-interacting protein
i: Small capsomere-interacting protein
j: Small capsomere-interacting protein
k: Small capsomere-interacting protein
l: Small capsomere-interacting protein
m: Small capsomere-interacting protein
n: Small capsomere-interacting protein
o: Small capsomere-interacting protein
p: Small capsomere-interacting protein
q: Small capsomere-interacting protein
r: Small capsomere-interacting protein
s: Small capsomere-interacting protein
t: Small capsomere-interacting protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 19 MDa, 276 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,011,554276
ポリマ－19,011,554276
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
Major capsid protein / MCP


分子量: 149370.359 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: G9I240
#2: タンパク質
Triplex capsid protein 2


分子量: 34373.785 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: G9I239
#3: タンパク質
Triplex capsid protein 1


分子量: 50542.617 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: A0A1U9ZFW1
#4: タンパク質
Small capsomere-interacting protein


分子量: 12147.707 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: G9I257
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Human herpesvirus 2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1, #4, #2-#3 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Human herpesvirus 2
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45000 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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