PDB-5za3: Structure of a C-terminal S. mutans response regulator VicR domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5za3

タイトル

Structure of a C-terminal S. mutans response regulator VicR domain

要素

DNA-binding response regulator

キーワード

SIGNALING PROTEIN / dimer / two component system

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Cai, Y.F. / Hu, X.J. / San, J.Y. / Han, A.D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a C-terminal S. mutans response regulator VicR domain
著者: Cai, Y.F. / Hu, X.J. / San, J.Y. / Han, A.D.

履歴

登録	2018年2月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.unpublished_flag
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5za3.cif.gz	140.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5za3.ent.gz	111.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5za3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5za3_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5za3_full_validation.pdf.gz	426.5 KB	表示
XML形式データ	5za3_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	5za3_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/5za3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/5za3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2zxjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lk8-d 6pco-2 3va4-d 7cv0-d 4hs5-d 6nbt-2 4lp1-d 2uvl-d 4zqk-d 5e51-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (10) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-binding response regulator

B: DNA-binding response regulator

23.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.647, 83.984, 39.978
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DNA-binding response regulator / Responder protein CovR 分子量: 11908.535 Da / 分子数: 2 / 断片: C terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 遺伝子: covR, A6J86_03970 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93MY4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 9 詳細: 100 mM BICINE, pH 9.0, 20% polyethylene glycerol 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277.15 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→25 Å / Num. obs: 35819 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.0649 / R_sym value: 0.0649 / Net I/σ(I): 35.388
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000	v706	データ削減
HKL-2000	v706	データスケーリング
PHENIX	1.8.4	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZXJ

2zxj

解像度: 1.5→20.442 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.99

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2216	1782	4.98 %
R_work	0.1975	-	-
obs	0.1987	35793	89.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20.442 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1670	0	0	314	1984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1708
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.019	2311
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.964	643
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	257
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	292

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4971-1.5375	0.256	145	0.274	2792	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5375-1.5828	0.2898	152	0.253	2896	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5828-1.6338	0.2728	148	0.2375	2879	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6338-1.6922	0.2521	153	0.2303	2877	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6922-1.7599	0.2162	153	0.2229	2869	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7599-1.84	0.2172	156	0.2174	2866	X-RAY DIFFRACTION	99
1.84-1.9369	0.31	145	0.217	2823	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9369-2.0582	0.2313	152	0.1989	2823	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0582-2.2169	0.2148	151	0.1846	2838	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2169-2.4397	0.1977	136	0.1813	2655	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4397-2.7919	0.1902	133	0.1821	2610	X-RAY DIFFRACTION	89
2.7919-3.5146	0.2112	113	0.1814	2212	X-RAY DIFFRACTION	75
3.5146-20.4439	0.2411	45	0.2186	871	X-RAY DIFFRACTION	29

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8757	-4.0319	-0.6416	2.5768	1.1967	4.9798	0.1006	0.0158	-0.6245	0.1431	-0.2643	0.5398	0.2619	-0.2964	0.1518	0.2755	-0.0357	-0.0279	0.2198	0.0267	0.3358	-5.4202	-18.4378	-13.4165
2	3.0606	0.2263	-0.27	4.5839	-1.1726	2.3335	0.1646	0.1152	-0.1009	0.0449	0.0372	0.2356	0.05	-0.0541	-0.124	0.1784	-0.0205	-0.0083	0.2295	-0.0019	0.2276	1.0651	-13.2903	-16.9888
3	2.7042	-1.2539	1.4516	4.2455	-2.3787	6.4067	0.0184	0.1429	0.0983	-0.0388	-0.0324	-0.1369	-0.2844	0.0777	-0.0203	0.1889	-0.0306	0.006	0.2845	0.0111	0.2041	8.0826	-5.4076	-20.3716
4	7.2354	0.984	0.5972	5.5821	0.9114	6.952	0.1875	-0.2872	-0.5705	0.3791	-0.0904	-0.4537	0.6551	0.1688	-0.0178	0.2459	0.0234	-0.0354	0.1815	0.0199	0.312	11.4114	-19.9113	-16.0148
5	5.0928	-1.6096	-1.1737	2.4574	3.803	6.4214	0.2724	0.3293	0.3588	-0.1003	-0.1809	-0.3064	-0.4687	0.0564	-0.0962	0.3674	0.017	0.0651	0.2468	0.0444	0.3056	-4.9053	11.1011	-14.9068
6	3.3865	2.0826	0.471	8.7493	2.0517	3.7179	0.1095	-0.1045	0.0181	-0.0757	-0.2261	-0.2555	-0.4793	0.434	-0.0104	0.2541	-0.0447	0.0426	0.2469	-0.011	0.3012	0.8628	5.6067	-10.4472
7	2.9305	1.0059	-0.6082	3.8594	0.248	3.6045	-0.1273	0.2091	0.2449	-0.1824	-0	0.2521	-0.1686	-0.5489	0.0504	0.2208	-0.0034	-0.0122	0.3179	0.002	0.1901	-13.8324	4.3132	-9.4136
8	4.6325	2.2057	2.7051	3.564	2.0177	2.5952	0.1416	-0.2397	-0.1693	0.1538	-0.1138	0.1411	0.1861	-0.3552	-0.0678	0.2012	-0.0404	0.0195	0.3608	0.0244	0.196	-14.7165	-3.2964	-3.6275
9	5.6826	-0.1081	1.1757	5.5496	0.1411	9.1257	-0.0797	-0.1078	0.6642	0.1988	-0.0428	0.0862	-0.9294	-0.5689	0.1397	0.376	0.0412	0.0073	0.2585	-0.0537	0.2583	-11.6127	10.6067	1.2943

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 135 through 153 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 154 through 180 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 181 through 211 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 212 through 235 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 135 through 148 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 149 through 161 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 162 through 180 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 181 through 211 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 212 through 234 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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