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万見
- PDB-4hs5: Frataxin from Psychromonas ingrahamii as a model to study stabili... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hs5
タイトルFrataxin from Psychromonas ingrahamii as a model to study stability modulation within CyaY protein family
要素Protein CyaY
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / pFXN / frataxin / CyaY / Psychromonas ingrahamii / Frataxin-like domain / CyaY protein family (pfam ID PF01491) / Iron homeostasis-redox balance
機能・相同性
機能・相同性情報


iron chaperone activity / iron-sulfur cluster assembly / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Frataxin/CyaY / Metal Transport, Frataxin; Chain A / Frataxin/CyaY / Frataxin conserved site / Frataxin-like domain / Frataxin family signature. / Frataxin family profile. / Frataxin-like domain / Frataxin/CyaY superfamily ...: / Frataxin/CyaY / Metal Transport, Frataxin; Chain A / Frataxin/CyaY / Frataxin conserved site / Frataxin-like domain / Frataxin family signature. / Frataxin family profile. / Frataxin-like domain / Frataxin/CyaY superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron-sulfur cluster assembly protein CyaY
類似検索 - 構成要素
生物種Psychromonas ingrahamii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Roman, E.A. / Cousido-siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / Santos, J.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Frataxin from Psychromonas ingrahamii as a model to study stability modulation within the CyaY protein family
著者: Roman, E.A. / Faraj, S.E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / Santos, J.
履歴
登録2012年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein CyaY
B: Protein CyaY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5912
ポリマ－24,5912
非ポリマー00
水4,954275
1
A: Protein CyaY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2951
ポリマ－12,2951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein CyaY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2951
ポリマ－12,2951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.841, 50.133, 45.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein CyaY


分子量: 12295.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Kanamycin resistance, IPTG inducible
由来: (組換発現) Psychromonas ingrahamii (バクテリア)
株: 37 / 遺伝子: cyaY, Ping_0042 / プラスミド: pJexpress411:56977 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: A1SR01
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.78 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 20mM sodium acetate, 200mM MgCl2, 29.5% PEG 4000, pH 4.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 177 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9191 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月2日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9191 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 31292 / Num. obs: 31292 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1EW4

1ew4


解像度: 1.45→31.186 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8479 / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.53 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2016 1581 5.05 %random 5%
Rwork0.1864 ---
all0.1872 31292 --
obs0.1872 31285 96.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 58.38 Å2 / Biso mean: 15.7965 Å2 / Biso min: 2.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→31.186 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1736 0 0 275 2011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1282435
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.461657
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004323
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4466-1.49330.28471330.24712541267492
1.4933-1.54670.27321830.23592620280396
1.5467-1.60860.23971440.21362688283297
1.6086-1.68180.2581420.21312704284697
1.6818-1.77050.24811140.21492736285097
1.7705-1.88140.23811440.21492722286698
1.8814-2.02660.21711470.19282706285398
2.0266-2.23050.19791430.18152753289699
2.2305-2.55320.21941270.18692780290799
2.5532-3.21620.17531490.18442766291599
3.2162-31.19290.16811550.15812688284394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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