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- PDB-5z8t: Flavin-containing monooxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z8t
タイトルFlavin-containing monooxygenase
要素Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD complex / flavin-containing monooxygenase / acyl-CoA dehydrogenase.
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Choe, J. / Moon, H. / Shin, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of putative Flavin-dependent monooxgenase
著者: Choe, J. / Moon, H. / Shin, S.
履歴
登録2018年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2019年2月6日ID: 5GJ8
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein
B: Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein
C: Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,1806
ポリマ－131,8243
非ポリマー2,3573
水10,989610
1
A: Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein
ヘテロ分子

A: Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4534
ポリマ－87,8822
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_665-y+3/2,-x+3/2,-z+1/21
Buried area6420 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area30360 Å2
手法PISA
2
B: Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein
C: Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4534
ポリマ－87,8822
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area30430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.256, 177.256, 285.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein


分子量: 43941.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)
株: ATCC 27009 / DSM 446 / JCM 5260 / NBRC 15652 / NCIMB 11725 / NRRL B-14509 / 104-1A
遺伝子: Aaci_0955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C8WV06
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.93 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 200 mM FAD, 1.5% PEG 4000, 0.1M Sodium Acetate, HCl pH4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→150.57 Å / Num. obs: 95626 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.33→2.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GJ7

5gj7


解像度: 2.33→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 12.885 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2562 4717 4.9 %RANDOM
Rwork0.2222 ---
obs0.2238 91091 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 138.87 Å2 / Biso mean: 43.843 Å2 / Biso min: 3.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å2-0 Å20 Å2
2--0.16 Å2-0 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9183 0 106 610 9899
Biso mean--26.69 42.62 -
残基数----1186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0199565
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.029029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6051.99113024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.045320796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.13151184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.18322.571420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.793151544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0451599
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021997
LS精密化 シェル解像度: 2.334→2.394 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 365 -
Rwork0.302 6567 -
all-6932 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.42480.1636-0.30462.0386-0.13740.76280.0267-0.34160.01940.21690.02570.7421-0.0132-0.1052-0.05230.02450.00210.09790.07980.03360.536362.702177.35779.792
22.7698-0.1112-0.25962.13030.19190.8249-0.2220.42280.0071-0.21320.294-0.7281-0.040.0871-0.0720.0906-0.0790.08670.3086-0.12980.66925.916177.36759.905
32.1463-0.1321-0.0182.52120.24670.8749-0.2228-0.1950.81860.41860.2726-0.0266-0.1859-0.0286-0.04980.2240.0781-0.06080.2035-0.09880.72220.078203.26876.783
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 394
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 394
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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