PDB-5z8o: Structural of START superfamily protein MSMEG_0129 from Mycobacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z8o

タイトル

Structural of START superfamily protein MSMEG_0129 from Mycobacterium smegmatis

要素

Cyclase/dehydrase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / MSMEG_0129 / START domain / Mycobacterium smegmatis

機能・相同性

Coenzyme Q-binding protein COQ10, START domain / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / START-like domain superfamily / Cyclase/dehydrase

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Zheng, S. / Liu, W. / Bi, L.

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Structural and genetic analysis of START superfamily protein MSMEG_0129 from Mycobacterium smegmatis.
著者: Zheng, S. / Zhou, Y. / Fleming, J. / Zhou, Y. / Zhang, M. / Li, S. / Li, H. / Sun, B. / Liu, W. / Bi, L.

履歴

登録	2018年1月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z8o.cif.gz	140 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z8o.ent.gz	109.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z8o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/5z8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/5z8o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tfzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2z62-d 4etx-d 4cnm-d 3qr5-d 2bjc-d 2hd0-4 5e3p-d 1dde-d 2yyn-2 2hd0-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cyclase/dehydrase

B: Cyclase/dehydrase

32.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.760, 109.760, 56.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

#1: タンパク質	Cyclase/dehydrase / MSMEG_0129 分子量: 16341.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 株: mc(2)155 / 遺伝子: MSMEI_0126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7FVL6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.08 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2.0 M sodium formate, 0.1 M MES, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 55131 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.6 % / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 19.12
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / R_rim(I) all: 0.622 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Rosetta		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TFZ

3tfz

解像度: 1.95→50 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2359	2781	-
R_work	0.2102	-	-
obs	-	55053	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2277	0	0	486	2763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2328
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.785	3166
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.137	1412
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	362
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	412

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9501-1.9836	0.5565	138	0.5003	2488	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9836-2.0197	0.2746	153	0.2713	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0197-2.0585	0.3054	148	0.2789	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0585-2.1005	0.3474	146	0.2966	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1005-2.1461	0.1979	114	0.2267	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1461-2.1959	0.2651	149	0.2535	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1959-2.2508	0.5245	132	0.4408	2511	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2508-2.3115	0.3591	113	0.3019	2519	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3115-2.3794	0.236	158	0.2284	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3794-2.4561	0.223	178	0.1945	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4561-2.5437	0.2799	117	0.2116	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5437-2.6453	0.2924	136	0.2227	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6453-2.7654	0.2549	139	0.2089	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7654-2.9108	0.2072	139	0.2033	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9108-3.0925	0.2474	122	0.1998	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0925-3.3302	0.241	125	0.1875	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3302-3.6634	0.1767	136	0.1637	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6634-4.1891	0.1896	145	0.1597	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1891-5.2611	0.1495	143	0.1423	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2611-19.6841	0.1726	150	0.1814	2614	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0207	0.0181	0.0299	0.072	-0.0307	0.0534	-0.0475	0.1337	0.1945	0.1409	0.0488	-0.1681	0.1236	-0.089	-0.0104	0.3604	-0.0293	-0.0324	0.2647	0.0353	0.22	11.211	61.0081	29.9068
2	0.0338	0.1625	-0.1479	0.0831	-0.3514	0.1494	-0.1967	0.0854	-0.1527	-0.2337	0.0631	-0.0837	0.1355	-0.0633	-0.0003	0.2175	-0.0358	0.0259	0.1664	0.0088	0.1705	8.0403	44.4539	27.4071
3	1.0264	0.058	-0.1187	0.7829	0.1428	0.4895	0.0404	0.0709	-0.2268	-0.2078	-0.1001	-0.0957	-0.0492	-0.0499	-0.2323	0.1372	-0.0269	0.0345	0.1236	-0.0085	0.1101	2.019	45.9701	35.9651
4	0.2174	0.0366	-0.0475	0.326	0.1646	0.1814	-0.1997	-0.0569	-0.0067	0.3094	-0.2237	0.0799	-0.0786	-0.0715	-0.2007	0.1817	-0.0407	0.0195	0.1353	0.0321	0.1328	3.2177	51.478	40.0831
5	0.2061	0.3927	-0.031	0.4661	-0.1439	0.2572	-0.149	0.0342	0.0841	0.1376	-0.0503	0.0709	-0.5515	0.0379	-0.0198	0.2418	-0.0475	0.011	0.1884	0.012	0.1424	6.3246	57.3641	30.0721
6	0.076	0.0151	0.0456	0.1821	0.2375	0.3267	-0.1398	0.0136	0.1423	0.0333	-0.2639	-0.1119	-0.1272	-0.0025	-0.1016	0.9746	-0.3342	-0.4142	0.4227	-0.0406	0.2058	14.6049	58.2288	51.3327
7	0.3043	0.0571	-0.154	0.3217	-0.0005	0.0947	-0.0049	0.1948	-0.1516	-0.1144	-0.1036	-0.3288	-0.2427	0.3405	-0.2486	0.1878	-0.084	0.0107	0.0976	0.0657	0.199	16.3794	53.4588	29.6547
8	0.4066	-0.126	0.2962	0.0737	-0.1331	0.2599	-0.1991	-0.3507	-0.2478	-0.151	-0.006	-0.2348	0.1181	-0.3215	-0.078	0.2175	-0.0065	0.1035	0.2856	0.1407	0.4676	-4.1801	20.6244	60.909
9	0.0604	-0.0225	0.02	0.2334	0.119	0.1861	-0.0466	-0.1451	-0.0101	0.1273	0.0363	0.0261	0.0129	0.2041	0	0.1696	0.0046	0.0431	0.1999	0.0255	0.132	-1.1651	38.373	62.1753
10	0.1677	-0.1669	-0.0319	0.8018	0.0075	0.4341	-0.0092	-0.1213	0.0136	0.0393	0.0202	0.1761	0.0588	0.0626	-0.0121	0.134	0.0169	0.0449	0.0993	0.0109	0.14	-2.9289	36.4742	50.779
11	0.402	0.249	0.1176	0.1716	-0.1049	0.0681	-0.1169	-0.0854	-0.2198	0.0698	0.0687	0.0073	0.184	-0.1103	-0.0001	0.1851	0.0072	0.0635	0.1585	0.0354	0.2792	-4.1566	25.325	56.4227
12	0.664	0.2253	-0.2035	1.2978	-0.8291	0.6889	-0.0111	-0.7338	-0.6919	0.8935	-0.4357	-0.5474	-0.125	0.7072	-0.7487	-0.0083	0.0951	0.0758	0.2994	0.1226	0.3248	3.0763	27.0629	64.0553

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -3 through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 8 through 36 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 37 through 71 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 72 through 82 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 83 through 110 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 111 through 115 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 116 through 142 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid -3 through 7 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 8 through 36 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 37 through 82 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 83 through 115 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 116 through 143 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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