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- PDB-5z8k: Crystal structure of an aminotransferase in complex with product-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z8k
タイトルCrystal structure of an aminotransferase in complex with product-1
要素C-6' aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / aminotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Chem-XXX / C-6' aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora echinospora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.759 Å
データ登録者Hong, S.K. / Cha, S.S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Oceans and Fisheries20170305 韓国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Complete reconstitution of the diverse pathways of gentamicin B biosynthesis.
著者: Ban, Y.H. / Song, M.C. / Hwang, J.Y. / Shin, H.L. / Kim, H.J. / Hong, S.K. / Lee, N.J. / Park, J.W. / Cha, S.S. / Liu, H.W. / Yoon, Y.J.
履歴
登録2018年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-6' aminotransferase
B: C-6' aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4886
ポリマ－94,3492
非ポリマー1,1394
水11,277626
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9250 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area28870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.847, 89.157, 117.364
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 C-6' aminotransferase / Gentamicin (Hexosaminyl-6-) aminotransferase I / GntW / Putative glutamate-1-semialdehyde aminotransferase


分子量: 47174.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア)
遺伝子: gacK, genB1, gntW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70KD9
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-XXX / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranoside / (2R,3S,4R,5R,6R)-6-((1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-DIAMINO-2,3-DIHYDROXYCYCLOHEXYLOXY)-5-AMINO-2-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRA N-3,4-DIOL / NEOMYCIN A / NEAMINE / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucoside / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-D-glucoside / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-glucoside / ネアミン


タイプ: D-saccharide / 分子量: 322.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: magnesium formate, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.759→50 Å / Num. obs: 74626 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.299 / Num. unique obs: 2380 / Rpim(I) all: 0.143

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2474精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Z83

5z83


解像度: 1.759→32.298 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 21.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 2000 2.68 %
Rwork0.1807 --
obs0.1819 74626 91.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 60.13 Å2 / Biso mean: 20.3714 Å2 / Biso min: 6.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.759→32.298 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6212 0 74 626 6912
Biso mean--21.03 26.04 -
残基数----816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076430
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8618772
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055978
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061160
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0793740
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7587-1.80270.2833830.20263019310254
1.8027-1.85140.23511050.19543813391868
1.8514-1.90590.24151230.19684463458680
1.9059-1.96740.23651390.20735050518990
1.9674-2.03770.2581510.18965490564197
2.0377-2.11930.22171550.188356155770100
2.1193-2.21570.22191560.188756345790100
2.2157-2.33250.23811500.19455479562997
2.3325-2.47860.25821560.190656795835100
2.4786-2.66990.23891570.188756675824100
2.6699-2.93840.23971560.188457025858100
2.9384-3.36320.23251580.181257175875100
3.3632-4.23570.21561570.15955676583398
4.2357-32.30360.18731540.16315622577694

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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