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- PDB-5z7z: Crystal structure of Striga hermonthica Dwarf14 (ShD14) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z7z
タイトルCrystal structure of Striga hermonthica Dwarf14 (ShD14)
要素Dwarf 14
キーワードHYDROLASE / Hydrolase Activity / putative receptor of strigolactone
機能・相同性
機能・相同性情報


Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Dwarf 14 / D14
類似検索 - 構成要素
生物種Striga hermonthica (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.978 Å
データ登録者Xu, Y. / Miyakawa, T. / Nakamura, A. / Tanokura, M.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Platform for Drug Discovery, Informatics, and Structural Life Science from the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology of Japan 日本
Core Research for Evolutional Science and Technology Program of Japan Science and Technology Agency 日本
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas from the Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP17H05835 日本
JSPS KAKENHIJP15H05621 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural analysis of HTL and D14 proteins reveals the basis for ligand selectivity in Striga.
著者: Xu, Y. / Miyakawa, T. / Nosaki, S. / Nakamura, A. / Lyu, Y. / Nakamura, H. / Ohto, U. / Ishida, H. / Shimizu, T. / Asami, T. / Tanokura, M.
履歴
登録2018年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dwarf 14
B: Dwarf 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,49512
ポリマ－59,6382
非ポリマー85710
水8,269459
1
A: Dwarf 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2486
ポリマ－29,8191
非ポリマー4285
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10730 Å2
手法PISA
2
B: Dwarf 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2486
ポリマ－29,8191
非ポリマー4285
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area11190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.662, 70.316, 84.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Dwarf 14 / Hydrolase / alpha/beta fold family protein


分子量: 29819.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Striga hermonthica (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0M5I7R9, UniProt: A0A2U8XQ45*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUE 202 IS LEU ACCORDING TO THE SEQUENCE OF GENBANK ALB07155.1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10
詳細: 100mM CAPS (pH 10.0), 200mM NaCl, 20% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.978→50 Å / Num. obs: 36505 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.978→2.03 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2707 / CC1/2: 0.872 / Rrim(I) all: 0.582 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VXK

3vxk


解像度: 1.978→38.313 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 1775 4.86 %
Rwork0.208 --
obs0.2103 36501 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.978→38.313 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4083 0 56 459 4598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044243
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6485753
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9012519
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004742
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.978-2.03150.38271430.30852668X-RAY DIFFRACTION100
2.0315-2.09130.31371390.28232617X-RAY DIFFRACTION100
2.0913-2.15880.27931410.25752683X-RAY DIFFRACTION100
2.1588-2.23590.3021030.25432711X-RAY DIFFRACTION100
2.2359-2.32540.28141300.25082642X-RAY DIFFRACTION100
2.3254-2.43120.30611500.23412654X-RAY DIFFRACTION100
2.4312-2.55940.27181400.22542668X-RAY DIFFRACTION100
2.5594-2.71970.25711420.22732660X-RAY DIFFRACTION100
2.7197-2.92960.28541010.21632725X-RAY DIFFRACTION100
2.9296-3.22430.24261420.20952677X-RAY DIFFRACTION100
3.2243-3.69050.21621600.18412654X-RAY DIFFRACTION100
3.6905-4.64840.24251450.16762688X-RAY DIFFRACTION99
4.6484-38.32030.22031390.17972679X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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