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- PDB-5z7l: Crystal structure of NDP52 SKICH region in complex with NAP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z7l
タイトルCrystal structure of NDP52 SKICH region in complex with NAP1
要素
  • 5-azacytidine-induced protein 2
  • Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / NDP52 / NAP1 / SKICH / Autophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


xenophagy / dendritic cell differentiation / dendritic cell proliferation / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of autophagosome maturation / type I interferon-mediated signaling pathway / autophagosome membrane / response to type II interferon / viral process / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction ...xenophagy / dendritic cell differentiation / dendritic cell proliferation / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of autophagosome maturation / type I interferon-mediated signaling pathway / autophagosome membrane / response to type II interferon / viral process / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / autophagosome / T cell activation / PML body / mitotic cell cycle / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / cytoskeleton / intracellular membrane-bounded organelle / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin-like - #2840 / Tbk1/Ikki binding domain / TBD domain / SKICH domain / : / SKICH domain / CALCOCO1/2, zinc finger UBZ1-type / Zinc finger UBZ1-type profile. / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin-like - #2840 / Tbk1/Ikki binding domain / TBD domain / SKICH domain / : / SKICH domain / CALCOCO1/2, zinc finger UBZ1-type / Zinc finger UBZ1-type profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2 / 5-azacytidine-induced protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Fu, T. / Pan, L.F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31470749 中国
National Natural Science Foundation of China21621002 中国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Mechanistic insights into the interactions of NAP1 with the SKICH domains of NDP52 and TAX1BP1
著者: Fu, T. / Liu, J. / Wang, Y. / Xie, X. / Hu, S. / Pan, L.
履歴
登録2018年1月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2
B: Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2
C: 5-azacytidine-induced protein 2
D: 5-azacytidine-induced protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5188
ポリマ－38,1494
非ポリマー3684
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.639, 45.026, 86.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2


分子量: 14015.854 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 10-126 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALCOCO2
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q13137
#2: タンパク質・ペプチド 5-azacytidine-induced protein 2


分子量: 5058.892 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-75 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AZI2
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q9H6S1
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350,sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: AGILENT EOS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→72.05 Å / Num. obs: 24065 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.02→2.07 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.02→40.645 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 1150 4.85 %
Rwork0.1703 --
obs0.1727 23688 97.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→40.645 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2577 0 24 272 2873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8523613
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6641669
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005456
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.1120.33041510.26392796X-RAY DIFFRACTION98
2.112-2.22330.27671570.22472773X-RAY DIFFRACTION98
2.2233-2.36260.24611600.19792809X-RAY DIFFRACTION99
2.3626-2.5450.23241300.18512837X-RAY DIFFRACTION99
2.545-2.80110.23651480.17312820X-RAY DIFFRACTION99
2.8011-3.20620.21291350.15242835X-RAY DIFFRACTION98
3.2062-4.03890.18681430.14172807X-RAY DIFFRACTION97
4.0389-40.6530.19741260.15942861X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9641-0.0457-1.39016.2351-1.3513.8371-0.176-0.0853-0.3061-0.185-0.12530.14560.2328-0.17120.2590.16350.0308-0.00320.2366-0.01660.2839206.7373-23.84492.6725
24.8316-0.6841-0.25096.32430.44645.5258-0.00820.4946-0.5066-0.27640.0756-0.34870.4092-0.1791-0.03220.1597-0.0262-0.02110.3041-0.07850.26205.0814-24.512382.2136
34.8549-1.1119-0.58224.72540.2285.11310.32180.1428-0.4352-0.4582-0.38470.23270.4237-0.1273-0.10450.2118-0.0277-0.02850.2112-0.06180.2565212.0026-25.237583.0449
44.6679-0.2811-0.63071.7924-0.70443.05890.0764-0.0372-0.05880.0363-0.15930.01770.0966-0.00430.05310.1499-0.0021-0.00240.1713-0.05220.2639208.1857-19.761189.093
51.69280.1220.47184.2691-1.8925.0505-0.0007-0.15440.14550.19970.0658-0.0502-0.13750.107-0.04480.1440.0336-0.01330.1323-0.03690.1263176.7507-4.024991.2166
64.90181.3336-1.37964.9406-0.4915.9521-0.04270.11920.525-0.36040.09210.6698-0.496-0.1486-0.07460.2090.0654-0.0080.16410.05350.1598171.9705-1.111276.6839
72.234-1.49961.6813.06421.77858.3252-0.0753-0.0611-0.3056-0.07720.22830.02020.24550.3105-0.11610.143-0.01690.02290.13020.03260.2001178.6081-15.769586.5969
85.556-2.12212.83876.4492-4.2174.69220.04120.2335-0.2597-0.1312-0.06810.24590.28-0.01890.08960.161-0.0218-0.04710.1649-0.00550.1511171.6035-16.481485.6524
97.2322-2.83982.8893.05911.7235.4357-0.35860.19650.6831-0.68780.1062-0.331-0.58880.37630.22370.3085-0.02830.02850.25920.0120.2504167.8015.44580.1511
102.9173-0.42810.92413.2463-1.13493.086-0.0751-0.165-0.19770.17150.07860.03350.05710.01530.02710.13230.02460.0150.1383-0.01750.1253174.8551-10.869791.3113
111.2040.10170.43410.81141.53633.17670.0690.1726-0.11030.1262-0.12710.01230.2791-0.77910.11770.20750.0030.00790.2118-0.01760.2296191.6983-14.2994107.3096
121.5320.71042.43380.62751.59918.3603-0.00510.1733-0.0372-0.05740.1892-0.0353-0.37750.2951-0.21250.20530.0183-0.01360.1858-0.02320.2402194.4992-7.2547105.8401
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 44 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 65 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 66 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 126 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 17 through 44 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 45 through 54 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 55 through 65 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 66 through 74 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 75 through 87 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 88 through 126 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 33 through 75 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 33 through 75 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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