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万見
- PDB-5z7d: p204HINab-dsDNA complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z7d
タイトルp204HINab-dsDNA complex structure
要素
  • (DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3')) x 2
  • Interferon-activable protein 204
キーワードIMMUNE SYSTEM / DNA sensor / PYHIN family / HIN200 superfamily / innate immune receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to interferon-alpha / nuclear inclusion body / inner ear development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / cellular response to interferon-beta / positive regulation of osteoblast differentiation / activation of innate immune response / Neutrophil degranulation / transcription coregulator activity / response to bacterium ...cellular response to interferon-alpha / nuclear inclusion body / inner ear development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / cellular response to interferon-beta / positive regulation of osteoblast differentiation / activation of innate immune response / Neutrophil degranulation / transcription coregulator activity / response to bacterium / double-stranded DNA binding / nuclear speck / innate immune response / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Interferon-activable protein 204
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Jin, T. / Jiang, J. / Xiao, T.S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural mechanism of DNA recognition by the p204 HIN domain.
著者: Fan, X. / Jiang, J. / Zhao, D. / Chen, F. / Ma, H. / Smith, P. / Unterholzner, L. / Xiao, T.S. / Jin, T.
履歴
登録2018年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年3月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / citation / citation_author / diffrn / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / symmetry
Item: _cell.volume / _citation.country ..._cell.volume / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_starting_model / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.type / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _software.version / _struct_sheet_order.range_id_1 / _struct_sheet_order.range_id_2 / _struct_sheet_order.sheet_id / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Atomic clashes
詳細: We improved some obvious geometry errors in the loop region 414-426 in the coordinates.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-activable protein 204
B: Interferon-activable protein 204
C: Interferon-activable protein 204
I: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3')
J: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3')
K: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,4907
ポリマ－159,4907
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9400 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area70410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)101.390, 101.390, 783.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "I"
d_2ens_1chain "K"
d_1ens_2chain "J"
d_2ens_2chain "L"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-ID
d_11ens_1DCDCD
d_21ens_1DCDCF
d_11ens_2DGDGE
d_21ens_2DGDGG

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

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要素

#1: タンパク質 Interferon-activable protein 204 / Ifi-204 / Interferon-inducible protein p204


分子量: 46632.355 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 216-619 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ifi204 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DOV2
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4925.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4871.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.93 % / 解説: rod
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 4% PEG8000, 100mM KCl, 100mM MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→50 Å / Num. obs: 14163 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 112.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 4.5→4.66 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 15350 / CC1/2: 0.477 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YZW, 5YZP

5yzw

5yzp


解像度: 4.5→47.26 Å / SU ML: 0.7316 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 31.6036
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2971 708 5 %
Rwork0.2597 13455 -
obs0.2617 14163 91.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 162.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→47.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9312 1312 0 0 10624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003610979
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.708415116
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04991708
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00481708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.12414115
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.54051218886
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.41147917363
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.5-4.850.33551260.30152406X-RAY DIFFRACTION85.14
4.85-5.340.38971330.28752509X-RAY DIFFRACTION88.45
5.34-6.110.29951360.3012593X-RAY DIFFRACTION90.97
6.11-7.690.3131470.28642784X-RAY DIFFRACTION94.82
7.69-47.260.24921660.21373163X-RAY DIFFRACTION99.17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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