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- PDB-5z79: Crystal Structure Analysis of the HPPK-DHPS in complex with substrates -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z79
タイトルCrystal Structure Analysis of the HPPK-DHPS in complex with substrates
要素Hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase, putative
キーワードTRANSFERASE / Trasnferase / Bifunctional / Malaria Pterin / Substrates
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK superfamily / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase signature 2. / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / 6-HYDROXYMETHYLPTERIN-DIPHOSPHATE / 4-AMINOBENZOIC ACID / PTERINE / : / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Manickam, Y. / Karl, H. / Sharma, A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure of 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase fromPlasmodium vivaxsheds light on drug resistance
著者: Yogavel, M. / Nettleship, J.E. / Sharma, A. / Harlos, K. / Jamwal, A. / Chaturvedi, R. / Sharma, M. / Jain, V. / Chhibber-Goel, J. / Sharma, A.
履歴
登録2018年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.22019年12月18日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / reflns / reflns_shell
Item: _entity.formula_weight / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.32019年12月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rpim_I_all ..._reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase, putative
B: Hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase, putative
C: Hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase, putative
D: Hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase, putative
E: Hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase, putative
F: Hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)500,11030
ポリマ－494,9056
非ポリマー5,20424
水3,909217
1
A: Hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase, putative
B: Hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,89310
ポリマ－164,9682
非ポリマー1,9248
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area49430 Å2
手法PISA
2
C: Hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase, putative
D: Hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,08012
ポリマ－164,9682
非ポリマー2,11210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7560 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area50110 Å2
手法PISA
3
E: Hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase, putative
F: Hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,1368
ポリマ－164,9682
非ポリマー1,1686
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area49060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.049, 113.892, 172.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase, putative


分子量: 82484.242 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
参照: UniProt: A0A1K9YMY7, UniProt: A5JZS1*PLUS, dihydropteroate synthase, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase

-
非ポリマー , 7種, 241分子

#2: 化合物
ChemComp-HH2 / 6-HYDROXYMETHYLPTERIN-DIPHOSPHATE / [PTERIN-6-YL METHANYL]-PHOSPHONOPHOSPHATE


分子量: 353.123 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O8P2
#3: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-PAB / 4-AMINOBENZOIC ACID / 4-アミノ安息香酸


分子量: 137.136 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-PE0 / PTERINE / プテリン


分子量: 163.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5N5O
#7: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細The used cloned protein sequence has Ala383.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG3350, 0.2M Potassium citrate tribasic monohydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月10日
放射モノクロメーター: SINGLE WAVELENGTH / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→49.82 Å / Num. obs: 129475 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.79→2.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 5799 / CC1/2: 0.2 / % possible all: 90.41

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EYE

1eye


解像度: 2.9→49.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / SU B: 41.744 / SU ML: 0.371 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.423 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28542 2006 1.7 %RANDOM
Rwork0.24186 ---
obs0.24263 114185 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.362 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.79 Å20 Å2-1.17 Å2
2--2.35 Å2-0 Å2
3---4.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→49.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28365 0 342 217 28924
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01929743
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0228791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6431.98140171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.837366227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.77553460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.02324.1581426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.032155557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.18915179
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.24488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0232598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026813
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 144 -
Rwork0.354 8347 -
obs--99.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.69370.58450.50631.20710.31580.9137-0.01380.09110.0245-0.01670.0718-0.06520.01980.0197-0.05790.5970.0435-0.12680.26430.02160.0402-8.575-12.226-15.254
22.1281-0.62461.00891.3883-0.53621.77590.1670.0938-0.1884-0.1431-0.02870.23290.0082-0.2061-0.13820.7637-0.0428-0.1590.5586-0.01630.0674-47.642-12.64-58.909
31.4367-0.18560.60820.8258-0.43671.48890.0537-0.0982-0.03070.0848-0.04110.0323-0.01780.0166-0.01250.58130.0033-0.15590.1890.00790.0463-37.8925.9960.584
42.69980.5214-0.20630.6666-0.09770.3941-0.00990.1588-0.0978-0.039-0.01280.0620.1101-0.00210.02270.67820.0426-0.16750.2412-0.01360.0609-89.51736.152-25.58
52.5638-0.19720.21970.63310.06010.9403-0.09350.1102-0.0066-0.1240.0884-0.0328-0.03140.13480.00510.8346-0.0781-0.21980.39710.00350.066220.41534.205-70.643
61.10460.22680.40161.18030.58571.53960.02530.10680.0354-0.0155-0.10710.0388-0.0154-0.22510.08180.6984-0.0432-0.19060.54150.0180.0569-31.03521.131-95.36
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 716
2X-RAY DIFFRACTION2B11 - 717
3X-RAY DIFFRACTION3C10 - 716
4X-RAY DIFFRACTION4D12 - 716
5X-RAY DIFFRACTION5E10 - 716
6X-RAY DIFFRACTION6F11 - 716

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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