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- PDB-5z6h: Structure of periplasmic trehalase from Diamondback moth gut bact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z6h
タイトルStructure of periplasmic trehalase from Diamondback moth gut bacteria in the apo form
要素Periplasmic trehalase
キーワードHYDROLASE / Trehalase from insect gut bacterium / apo structure
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha,alpha-trehalase / trehalose catabolic process / alpha,alpha-trehalase activity / cellular hyperosmotic response / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Trehalase, periplasmic / Trehalase signature 1. / Glycoside hydrolase, family 37, conserved site / Trehalase signature 2. / Glycoside hydrolase, family 37 / Trehalase / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase ...Trehalase, periplasmic / Trehalase signature 1. / Glycoside hydrolase, family 37, conserved site / Trehalase signature 2. / Glycoside hydrolase, family 37 / Trehalase / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Periplasmic trehalase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Harne, S.R. / Adhav, A.S. / Joshi, R.S. / Gayathri, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
ECR/2015/000502 インド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Mechanistic insights into enzymatic catalysis by trehalase from the insect gut endosymbiont Enterobacter cloacae.
著者: Adhav, A. / Harne, S. / Bhide, A. / Giri, A. / Gayathri, P. / Joshi, R.
履歴
登録2018年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic trehalase
B: Periplasmic trehalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,48014
ポリマ－126,3352
非ポリマー1,14512
水13,998777
1
A: Periplasmic trehalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8368
ポリマ－63,1681
非ポリマー6687
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Periplasmic trehalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6446
ポリマ－63,1681
非ポリマー4765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.250, 127.909, 156.139
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic trehalase / Alpha / alpha-trehalase / alpha-trehalose glucohydrolase


分子量: 63167.527 Da / 分子数: 2 / 変異: S32N, A35T, A553V / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cDNA extracted from larvae of Diamond black moth
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: treA, SAMEA2273171_02252 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR DE3 / 参照: UniProt: A0A156C5X3, alpha,alpha-trehalase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The authors state that the difference with the sequence database might arise from the natural ...The authors state that the difference with the sequence database might arise from the natural variation in the population or errors in genome sequences.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 % / 解説: Plate-like
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.5M Ammonium sulphate, 25% PEG 4000, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→33.32 Å / Num. obs: 48818 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4363 / CC1/2: 0.685 / Rpim(I) all: 0.421 / Rrim(I) all: 0.678 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JG0

2jg0


解像度: 2.3→33.319 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2292 2422 4.97 %
Rwork0.1684 --
obs0.1715 48768 97.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.319 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7984 0 62 777 8823
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92611262
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1965855
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061462
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.34690.31071250.22022625X-RAY DIFFRACTION96
2.3469-2.3980.28141440.21432719X-RAY DIFFRACTION97
2.398-2.45370.30361480.20842632X-RAY DIFFRACTION97
2.4537-2.51510.25861310.20942714X-RAY DIFFRACTION97
2.5151-2.5830.27711550.19082648X-RAY DIFFRACTION97
2.583-2.6590.29811610.19332665X-RAY DIFFRACTION97
2.659-2.74480.25361230.18952721X-RAY DIFFRACTION97
2.7448-2.84290.27351030.1882693X-RAY DIFFRACTION96
2.8429-2.95660.28711370.19092708X-RAY DIFFRACTION97
2.9566-3.09110.26411470.18132727X-RAY DIFFRACTION98
3.0911-3.25390.21941400.17432749X-RAY DIFFRACTION98
3.2539-3.45760.2391530.15472703X-RAY DIFFRACTION98
3.4576-3.72420.19751350.14412745X-RAY DIFFRACTION98
3.7242-4.09840.20361450.13232734X-RAY DIFFRACTION98
4.0984-4.69010.17811730.12452786X-RAY DIFFRACTION98
4.6901-5.90360.17921620.15312797X-RAY DIFFRACTION98
5.9036-33.32240.21651400.18782980X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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