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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5z6f | |||||||||
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タイトル | High-pressure Crystal Structure Analysis of DHFR(0.1 MPa) | |||||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / M20 loop closed form | |||||||||
機能・相同性 | ![]() methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Watanabe, N. / Nagae, T. / Yamada, H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-pressure protein crystal structure analysis of Escherichia coli dihydrofolate reductase complexed with folate and NADP. 著者: Nagae, T. / Yamada, H. / Watanabe, N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18377.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: folA, tmrA, b0048, JW0047 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FOL / |
#3: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.19 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 400, CaCl, imidazole buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.75 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→41.66 Å / Num. obs: 15050 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.717 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1RX2 解像度: 1.801→41.658 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.28
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.801→41.658 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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