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- PDB-5z5h: Crystal structure of a thermostable glycoside hydrolase family 43... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z5h
タイトルCrystal structure of a thermostable glycoside hydrolase family 43 {beta}-1,4-xylosidase from Geobacillus thermoleovorans IT-08 in complex with D-xylose
要素Beta-xylosidase
キーワードHYDROLASE / Xylanolytic / GH43 / oligosaccharide / saccharification
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Beta-xylosidase, C-terminal Concanavalin A-like domain / Beta xylosidase C-terminal Concanavalin A-like domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Jelly Rolls - #200 ...: / Beta-xylosidase, C-terminal Concanavalin A-like domain / Beta xylosidase C-terminal Concanavalin A-like domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-xylopyranose / Beta-xylosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus thermoleovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rohman, A. / van Oosterwijk, N. / Puspaningsih, N.N.T. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Structural basis of product inhibition by arabinose and xylose of the thermostable GH43 beta-1,4-xylosidase from Geobacillus thermoleovorans IT-08.
著者: Rohman, A. / van Oosterwijk, N. / Puspaningsih, N.N.T. / Dijkstra, B.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2007
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of a thermostable glycoside hydrolase family 43 beta-xylosidase from Geobacillus thermoleovorans IT-08.
著者: Rohman, A. / van Oosterwijk, N. / Kralj, S. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W. / Puspaningsih, N.N.
履歴
登録2018年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-xylosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7943
ポリマ－61,6031
非ポリマー1902
水9,566531
1
A: Beta-xylosidase
ヘテロ分子

A: Beta-xylosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,5876
ポリマ－123,2072
非ポリマー3804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area36570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.453, 62.453, 276.672
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Beta-xylosidase / {beta}-1 / 4-xylosidase


分子量: 61603.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermoleovorans (バクテリア)
遺伝子: xyl / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2I2N4, xylan 1,4-beta-xylosidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-XYS / alpha-D-xylopyranose / alpha-D-xylose / D-xylose / xylose / XYLOPYRANOSE / α-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.17 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES (N-(2-hydroxyethyl)piperazine-N-(2-ethanesulfonic acid)) buffer, pH 7.0, 5% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.825→46.354 Å / Num. obs: 44217 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.102 / Rsym value: 0.086 / Net I/av σ(I): 5.7 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.9-23.10.2971.761520.1990.3610.29796.7
2-2.123.30.2312.260410.1520.280.23199.9
2.12-2.273.40.2621.856850.1740.3180.26299.9
2.27-2.453.40.1256.153380.0780.1480.125100
2.45-2.693.50.0917.649340.0560.1070.091100
2.69-33.50.05912.844900.0350.0690.05999.9
3-3.473.50.05112.239960.030.060.05199.7
3.47-4.253.50.0648.733850.0380.0750.06499.3
4.25-6.013.50.03418.426450.020.040.03498
6.01-46.3543.20.0339.615510.0210.0390.03395.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
COMBATデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1yif

1yif


解像度: 1.9→46.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 4.648 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.17
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2591 2186 5.1 %RANDOM
Rwork0.2161 ---
obs0.2183 40994 96.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 63.23 Å2 / Biso mean: 19.91 Å2 / Biso min: 6.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å2-0 Å2-
2--0.19 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→46.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4053 0 11 531 4595
Biso mean--24.73 29.97 -
残基数----504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.9365714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.165506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.49324.05200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.90915659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9691517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213241
LS精密化 シェル解像度: 1.899→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.476 131 -
Rwork0.521 2704 -
all-2835 -
obs--88.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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