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万見
- PDB-5z55: NMR Solution Structure of the Kringle domain of human receptor ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z55
タイトルNMR Solution Structure of the Kringle domain of human receptor tyrosine kinase-like orphan receptor 1 (ROR1)
要素Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1
キーワードONCOPROTEIN / ROR1 / Kringle
機能・相同性
機能・相同性情報


WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Wnt receptor activity / Wnt-protein binding / astrocyte development / inner ear development / coreceptor activity / stress fiber / axon terminus / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway ...WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Wnt receptor activity / Wnt-protein binding / astrocyte development / inner ear development / coreceptor activity / stress fiber / axon terminus / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / sensory perception of sound / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / signaling receptor activity / cell population proliferation / receptor complex / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / axon / cell surface / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor ROR / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site ...Tyrosine-protein kinase, receptor ROR / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Kringle-like fold / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Ma, X. / Hu, K.F.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Key Research and Development Program of China2017YFC0906900 中国
National Natural Science Foundation of China21573258 中国
National Natural Science Foundation of China81401904 中国
Yunnan Provincial Science and Technology Department2015FA028 中国
Yunnan Provincial Science and Technology Department2015FB170 中国
引用ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2018
タイトル: Backbone and side-chain chemical shift assignments of the kringle domain of human receptor tyrosine kinase-like orphan receptor 1 (ROR1).
著者: Ma, X. / Zhang, Y. / Liu, B. / Yang, J. / Hu, K.
履歴
登録2018年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5631
ポリマ－9,5631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5220 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 96structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1 / tyrosine kinase-like orphan receptor 1 / Neurotrophic tyrosine kinase / receptor-related 1


分子量: 9562.522 Da / 分子数: 1 / 断片: Kringle domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROR1, NTRKR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01973
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic1HBHA(CO)NH
121isotropic1H(CCO)NH
131isotropic1C(CO)NH
141isotropic1CBCA (CO) NH
151isotropic1(Hali)CaliCaroHaro-TOCSY
161isotropic2HNCA
1151isotropic23D HN(CA)CB
1141isotropic23D HNCO
1131isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic23D CCH-TOCSY
1111isotropic22D 1H-15N HSQC
1101isotropic22D 1H-13C CT-HSQC
191isotropic23D 1H-15N NOESY
181isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
171isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.8 mM 99%U-13C, U-15N ROR1Kr, 94% H2O/6% D2O
詳細: Kringle domain of human receptor tyrosine kinase-like orphan receptor 1 (ROR1)
Label: 13C_15N_ROR1Kr / 溶媒系: 94% H2O/6% D2O
試料濃度: 0.8 mM / 構成要素: ROR1Kr / Isotopic labeling: 99%U-13C, U-15N
試料状態詳細: buffer: 25 mM Tris, 150 mM NaCl, 6% D2O and 0.02% NaN3 (w/v) at pH 8.0 and 298 K
イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 96 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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