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- PDB-1wcl: NMR structure of the carboxyterminal domains of Escherichia coli NusA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wcl
タイトルNMR structure of the carboxyterminal domains of Escherichia coli NusA
要素TRANSCRIPTION ELONGATION PROTEIN NUSA
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN / ESCHERICHIA COLI NUSA / TRANSCRIPTION REGULATION / REGULATION OF RNA BINDING / TRANSCRIPTION ANTITERMINATION AND TERMINATION / C-TERMINAL REPEAT UNITS
機能・相同性
機能・相同性情報


protein complex oligomerization / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribosome biogenesis / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / nucleotide binding ...protein complex oligomerization / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribosome biogenesis / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / nucleotide binding / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription termination factor NusA, C-terminal duplication / Transcription termination factor NusA / Transcription factor NusA, N-terminal / KH domain, NusA-like / NusA, N-terminal domain superfamily / NusA N-terminal domain / NusA-like KH domain / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / RNA-binding domain, S1 / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical ...Transcription termination factor NusA, C-terminal duplication / Transcription termination factor NusA / Transcription factor NusA, N-terminal / KH domain, NusA-like / NusA, N-terminal domain superfamily / NusA N-terminal domain / NusA-like KH domain / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / RNA-binding domain, S1 / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Type-1 KH domain profile. / Helix-hairpin-helix domain / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / K homology domain superfamily, prokaryotic type / K homology domain-like, alpha/beta / Nucleic acid-binding, OB-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription termination/antitermination protein NusA / Transcription termination/antitermination protein NusA
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / MANUAL
データ登録者Eisenmann, A. / Schwarz, S. / Schweimer, K. / Roesch, P.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: The E. Coli Nusa Carboxy-Terminal Domains are Structurally Similar and Show Specific Rnap- and Lambdan Interactions
著者: Eisenmann, A. / Schwarz, S. / Prasch, S. / Schweimer, K. / Roesch, P.
履歴
登録2004年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Atomic model / Other
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION ELONGATION PROTEIN NUSA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4191
ポリマ－8,4191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 90LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTION ELONGATION PROTEIN NUSA / N UTILIZATION SUBSTANCE PROTEIN A / L FACTOR


分子量: 8419.293 Da / 分子数: 1 / 断片: ACIDIC REPEAT 1, RESIDUES 351-426 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PTKK19 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03003, UniProt: P0AFF6*PLUS
構成要素の詳細PARTICIPATES IN BOTH THE TERMINATION AND ANTITERMINATION OF TRANSCRIPTION. NUSA BINDS DIRECTLY TO ...PARTICIPATES IN BOTH THE TERMINATION AND ANTITERMINATION OF TRANSCRIPTION. NUSA BINDS DIRECTLY TO THE CORE ENZYME OF THE DNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: SEE PUBLICATION
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C,15N LABELED GP-NUSA(339-495)

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM / pH: 6.8 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE4001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003
Bruker DRXBrukerDRX6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Xplor-NIH1.2.1SCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJ精密化
NMRView構造決定
精密化手法: MANUAL / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 90 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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