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- PDB-5z3w: Malate dehydrogenase binds silver at C113 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z3w
タイトルMalate dehydrogenase binds silver at C113
要素Malate dehydrogenase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Silver / MDH / inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase activity / fermentation / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / anaerobic respiration / extrinsic component of membrane / tricarboxylic acid cycle / glycolytic process / oxidoreductase activity ...malate dehydrogenase activity / fermentation / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / anaerobic respiration / extrinsic component of membrane / tricarboxylic acid cycle / glycolytic process / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, type 1, bacterial / Malate dehydrogenase, type 1 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain ...Malate dehydrogenase, type 1, bacterial / Malate dehydrogenase, type 1 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SILVER ION / Malate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Wang, H. / Wang, M. / Sun, H.
資金援助 香港, 中国, 5件
組織認可番号国
University Grants Committee704612P 香港
University Grants Committee17305415P 香港
University Grants Committee703913P 香港
University Grants Committee1733616P 香港
National Science Foundation (China)21671203 中国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Atomic differentiation of silver binding preference in protein targets: Escherichia coli malate dehydrogenase as a paradigm
著者: Wang, H. / Yang, X. / Wang, M. / Hu, M. / Xu, X. / Yan, A. / Hao, Q. / Li, H. / Sun, H.
履歴
登録2018年1月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Malate dehydrogenase
B: Malate dehydrogenase
C: Malate dehydrogenase
D: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,3848
ポリマ－128,9524
非ポリマー4314
水73941
1
A: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3462
ポリマ－32,2381
非ポリマー1081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12550 Å2
手法PISA
2
B: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3462
ポリマ－32,2381
非ポリマー1081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12800 Å2
手法PISA
3
C: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3462
ポリマ－32,2381
非ポリマー1081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12690 Å2
手法PISA
4
D: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3462
ポリマ－32,2381
非ポリマー1081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.648, 124.564, 85.503
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Malate dehydrogenase


分子量: 32238.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: mdh, b3236, JW3205 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61889, malate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris-HCl 0.1M pH 8.5, MgCl2 0.1M, PEG3350 22% / PH範囲: 8.0-8.5 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen flow
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月22日
放射モノクロメーター: Graphite Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→124.56 Å / Num. obs: 50974 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 24.39 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.29-2.45.90.16561860.9860.1010.17997.6
7.81-124.566.50.05513510.9970.0230.0699.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.12-2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDS2017-11データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IB6

1ib6


解像度: 2.29→53.565 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.53
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2292 2573 5.05 %
Rwork0.1955 --
obs0.1973 50960 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.99 Å2 / Biso mean: 28.3116 Å2 / Biso min: 10.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→53.565 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8704 0 4 41 8749
Biso mean--52.36 29.99 -
残基数----1200
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57612010
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431472
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.0887300
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.29-2.33410.27661590.23162671283099
2.3341-2.38170.28541490.22972710285999
2.3817-2.43350.32161160.22832683279998
2.4335-2.49010.30431380.2242624276296
2.4901-2.55240.25981340.21892633276797
2.5524-2.62140.2761210.225527612882100
2.6214-2.69850.23841480.22582708285699
2.6985-2.78560.29351450.21852692283799
2.7856-2.88520.29211640.232527182882100
2.8852-3.00070.26181250.22362729285499
3.0007-3.13720.26681310.21892740287199
3.1372-3.30260.22821400.21392677281798
3.3026-3.50950.24511520.19542676282898
3.5095-3.78040.19081830.18142655283898
3.7804-4.16070.17861510.16742657280897
4.1607-4.76250.18921410.15222559270093
4.7625-5.99890.20061410.18412699284098
5.9989-53.57980.18791350.1562795293099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.571-0.314-0.54782.4376-1.2561.49730.0611-0.04790.097-0.1549-0.06570.13370.01590.0928-0.02650.1632-0.0295-0.02380.1447-0.00290.134754.230434.140623.8496
20.6260.9249-0.94982.8072-1.73272.0222-0.02650.27690.1226-0.29470.10380.41610.0561-0.3217-0.08980.1635-0.0082-0.03280.15-0.00720.198649.161930.25124.7892
34.15910.75922.04524.44880.5556.30740.0019-0.4858-0.01310.3518-0.07410.4151-0.2349-0.67140.16180.20090.0140.08250.15870.0470.22446.856622.780337.9459
43.51480.97711.20012.7735-0.13634.4311-0.0269-0.1668-0.0543-0.0781-0.10610.00380.02880.0520.15840.1936-0.00340.03870.130.00020.196152.134417.139834.8311
52.43380.05160.02860.4923-0.13010.67640.0024-0.0910.0382-0.0242-0.051-0.12170.0340.16430.05250.1961-0.01710.00770.17360.01790.163166.729419.185731.1613
61.71650.8860.9643.1086-0.77491.9384-0.04250.0894-0.123-0.1774-0.1342-0.38140.08920.19020.12990.17950.02440.05350.28140.08490.346478.104917.516232.1754
72.525-1.7782-1.39015.9571-0.28232.12-0.3191-0.9463-0.06160.72820.4313-0.2148-0.1088-0.0643-0.15840.2789-0.0446-0.04520.47750.01610.240975.72626.953242.0697
82.8682.47492.1956.75784.66734.9314-0.004-0.3166-0.2980.2547-0.0999-0.25050.2885-0.0965-0.00890.1697-0.01230.02130.19380.02320.181863.414624.332924.0561
91.6526-0.19570.53023.1658-1.05477.0656-0.045-0.0066-0.36-0.0879-0.1346-0.20970.12080.38310.18350.12160.01840.05610.15890.01410.290863.369110.732728.3906
104.4623-1.58415.32542.3998-1.62736.46540.62650.7513-0.5103-0.2012-0.4287-0.21350.86050.5549-0.27170.3005-0.02960.01830.282-0.00370.439666.49737.147325.9833
112.3042-0.1766-1.08811.4277-0.07710.98440.2184-0.6407-0.80520.2783-0.2101-0.1192-0.04240.32140.10720.288-0.0121-0.06550.33430.12410.250163.935810.242744.6104
124.8918-1.11190.5344.13440.34232.15390.14060.2698-0.3839-0.1536-0.29350.2682-0.0751-0.1780.0460.0813-0.01380.0090.11330.03830.090486.353236.1005-9.6026
131.0069-1.09721.00331.1889-1.01172.57520.04310.12680.2642-0.0655-0.267-0.2608-0.17060.40550.0360.0973-0.00590.02180.20420.05460.213592.040440.2887-11.83
143.8775-1.229-0.18752.5804-0.56363.13720.16550.0436-0.1426-0.2299-0.5057-0.59940.51990.80310.12890.26590.13510.07810.39780.14680.2405103.784328.1728-8.8125
154.37090.22520.42024.4317-0.55322.08380.0317-0.02190.0485-0.044-0.1952-0.29870.15250.42110.15770.1750.06870.03640.25280.04380.1769100.41526.4245-1.4626
163.07311.3179-0.4330.9291-0.49730.27230.0523-0.2811-0.13620.0988-0.056-0.09930.0991-0.05950.03690.22640.005-0.0070.20620.02550.214785.091822.33971.0468
172.0977-0.56360.49172.0497-1.33323.09270.0611-0.1485-0.2249-0.06510.01980.03720.4362-0.1617-0.04350.3024-0.048-0.00840.1510.0140.221678.153113.4197-1.8138
181.41421.67392.31534.20243.86356.680.2535-0.072-0.06480.35320.11370.11340.4869-0.294-0.3670.1858-0.0065-0.01690.1650.04990.211183.736531.3565-1.4048
191.9598-0.196-0.01536.3366-0.42291.712-0.1034-0.2475-0.17420.45480.16240.42070.0343-0.3038-0.04750.21870.00080.02350.20910.02930.103990.634324.04018.8946
204.83215.00450.03085.8987-0.45120.28730.6114-0.77220.26351.2689-0.70340.2724-0.2141-0.1650.12510.3962-0.0039-0.01550.41360.02830.191988.289923.537213.6031
218.953.8835-2.39012.8005-2.04882.08030.3252-0.1916-0.65450.0043-0.3369-0.43930.32920.24340.14740.37780.1239-0.01540.24560.03310.249196.685710.32812.5243
224.19361.28230.97335.7066-0.54422.8164-0.1735-0.2749-0.1286-0.014-0.1110.02310.23310.07990.21120.1754-0.0047-0.00020.1559-0.01270.085671.393343.092826.6574
230.6492-0.56010.62445.331-0.38751.7621-0.1241-0.05410.01030.27970.1674-0.0959-0.2038-0.1485-0.04430.1304-0.01520.02150.2255-0.01330.168974.516641.455833.0808
241.67610.1513-0.89033.9519-0.4561.45850.1866-0.17210.17050.299-0.157-0.5796-0.0630.2861-0.0130.2048-0.0539-0.01030.3027-0.02660.160176.858547.413531.6933
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271.3574-0.1672-0.11692.3614-0.72893.9624-0.07550.03880.0555-0.0537-0.04180.1607-0.2716-0.42640.13460.17630.0068-0.00630.2276-0.01990.249153.83950.949110.1993
288.19252.0878-2.46211.5026-0.78612.2981-0.11340.2590.0601-0.19340.10610.03950.194-0.0391-0.02630.21920.0017-0.00640.17610.01070.205370.585845.777117.3277
295.5377-1.761-0.02335.7205-0.47342.30870.05810.24470.1486-0.51240.06310.3802-0.19870.2685-0.16080.2669-0.0475-0.00340.1682-0.00250.193272.156657.83649.8805
303.89791.19580.62361.0816-0.31741.44140.12120.46310.6108-0.37290.06550.2335-0.11360.1818-0.07170.3721-0.0418-0.07250.19610.02770.293465.535660.45984.3251
313.45430.18223.48941.84570.737.5747-0.62980.05850.85390.0168-0.09570.3079-0.90620.32290.57940.43410.02220.00250.1845-0.05060.508463.434470.820720.7465
321.4634-0.97490.48353.8583-0.40492.2656-0.0086-0.0098-0.1245-0.0244-0.02260.04630.05420.0350.04360.1473-0.0309-0.01040.17-0.00020.159171.158626.5786-17.5357
332.0951-0.59750.08091.2215-0.9753.18360.10120.0424-0.38130.15440.01170.27230.544-0.244-0.11430.18760.0059-0.03810.1572-0.00240.225566.350624.9387-21.5452
342.9027-0.16210.5914.0575-0.85564.9118-0.31690.3372-0.5153-0.8260.07010.12040.6966-0.29650.19930.25570.0111-0.03580.1584-0.05790.189465.194930.4973-35.7545
351.55760.39080.54912.11770.7172.1980.0110.0358-0.0654-0.11420.0639-0.042-0.1083-0.2092-0.0740.12240.03640.00760.14860.00990.125964.964342.2711-26.8139
361.9706-1.75841.66432.2789-1.21911.6658-0.06540.00790.3846-0.0198-0.1059-0.4001-0.2101-0.00370.13640.2156-0.0036-0.00260.1812-0.00360.254777.34154.5967-21.9336
378.67410.7379-2.51781.7488-0.35691.4867-0.2423-0.28440.0082-0.02210.04810.18250.2396-0.09840.12570.1980.0301-0.00880.22060.0090.164867.548339.4765-16.1682
382.65150.5829-0.83153.5559-2.82395.38770.0489-0.0955-0.01630.394-0.0770.0951-0.353-0.38010.03860.13160.02940.00010.1639-0.05630.188758.806248.1918-23.4265
391.19290.39070.67443.1215-0.0430.4320.08570.12950.0743-0.28160.0150.061-0.1309-0.0903-0.08660.17720.032-0.02280.21830.01160.147562.713252.4189-31.8624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 48 )A1 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 90 )A49 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 91 through 108 )A91 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 109 through 134 )A109 - 134
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 135 through 162 )A135 - 162
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 163 through 195 )A163 - 195
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 196 through 224 )A196 - 224
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 225 through 242 )A225 - 242
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 243 through 271 )A243 - 271
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 272 through 285 )A272 - 285
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 286 through 311 )A286 - 311
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1 through 23 )B1 - 23
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 24 through 90 )B24 - 90
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 91 through 108 )B91 - 108
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 109 through 135 )B109 - 135
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 136 through 162 )B136 - 162
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 163 through 224 )B163 - 224
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 225 through 242 )B225 - 242
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 243 through 271 )B243 - 271
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 272 through 285 )B272 - 285
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 286 through 311 )B286 - 311
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 1 through 23 )C1 - 23
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 24 through 48 )C24 - 48
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 49 through 90 )C49 - 90
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 91 through 108 )C91 - 108
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 109 through 162 )C109 - 162
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 163 through 224 )C163 - 224
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 225 through 242 )C225 - 242
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 243 through 271 )C243 - 271
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 272 through 295 )C272 - 295
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 296 through 311 )C296 - 311
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 1 through 48 )D1 - 48
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 49 through 90 )D49 - 90
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 91 through 108 )D91 - 108
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 109 through 162 )D109 - 162
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 163 through 224 )D163 - 224
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 225 through 242 )D225 - 242
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 243 through 271 )D243 - 271
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'D' and (resid 272 through 311 )D272 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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