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万見
- PDB-5z2q: Vgll1-TEAD4 core complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z2q
タイトルVgll1-TEAD4 core complex
要素
  • (Transcription cofactor vestigial-like protein ...) x 2
  • (Transcriptional enhancer factor TEF- ...) x 2
キーワードTRANSCRIPTION / TEAD / Transcription factor / co-regulator / Vgll1 / Vestigial
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / trophectodermal cell fate commitment / : / hippo signaling / blastocyst formation / cell fate specification / positive regulation of stem cell population maintenance / cell fate commitment / embryonic organ development ...RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / trophectodermal cell fate commitment / : / hippo signaling / blastocyst formation / cell fate specification / positive regulation of stem cell population maintenance / cell fate commitment / embryonic organ development / embryo implantation / protein-DNA complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / sequence-specific DNA binding / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vestigial family / Vestigial/Tondu family / Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. ...Vestigial family / Vestigial/Tondu family / Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Transcriptional enhancer factor TEF-3 / Transcription cofactor vestigial-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Pobbati, A.V. / Song, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structural and functional similarity between the Vgll1-TEAD and the YAP-TEAD complexes.
著者: Pobbati, A.V. / Chan, S.W. / Lee, I. / Song, H. / Hong, W.
履歴
登録2018年1月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2018年1月31日ID: 4EAZ
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Transcription cofactor vestigial-like protein 1
D: Transcription cofactor vestigial-like protein 1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
B: Transcriptional enhancer factor TEF-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6615
ポリマ－64,5664
非ポリマー951
水1629
1
C: Transcription cofactor vestigial-like protein 1
B: Transcriptional enhancer factor TEF-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4133
ポリマ－32,3182
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12730 Å2
手法PISA
2
D: Transcription cofactor vestigial-like protein 1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2472
ポリマ－32,2472
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.931, 113.931, 144.357
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21D
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLEULEUCA19 - 5214 - 47
21PROPROLEULEUDB19 - 5214 - 47
12ILEILELYSLYSAC207 - 4267 - 226
22ILEILELYSLYSBD207 - 4269 - 228

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Transcription cofactor vestigial-like protein ... , 2種, 2分子 CD

#1: タンパク質・ペプチド Transcription cofactor vestigial-like protein 1 / Vgl-1 / Vestigial-related factor


分子量: 5600.120 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-53 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vgll1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99NC0
#2: タンパク質・ペプチド Transcription cofactor vestigial-like protein 1 / Vgl-1 / Vestigial-related factor


分子量: 5757.314 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-54 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vgll1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99NC0

-
Transcriptional enhancer factor TEF- ... , 2種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-3 / ETF-related factor 2 / ETFR-2 / TEA domain family member 4 / TEAD-4 / TEF-1-related factor 1 / TEF- ...ETF-related factor 2 / ETFR-2 / TEA domain family member 4 / TEAD-4 / TEF-1-related factor 1 / TEF-1-related factor FR-19 / RTEF-1


分子量: 26490.045 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 210-426 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tead4, Tcf13r1, Tef3, Tefr1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62296
#4: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-3 / ETF-related factor 2 / ETFR-2 / TEA domain family member 4 / TEAD-4 / TEF-1-related factor 1 / TEF- ...ETF-related factor 2 / ETFR-2 / TEA domain family member 4 / TEAD-4 / TEF-1-related factor 1 / TEF-1-related factor FR-19 / RTEF-1


分子量: 26718.291 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 210-426 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tead4, Tcf13r1, Tef3, Tefr1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62296

-
非ポリマー , 2種, 10分子

#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 1M phosphate buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→98.67 Å / Num. obs: 28983 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル解像度: 2.74→2.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 1974 / % possible all: 98.87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TEAD4 in 3JUA

3jua


解像度: 2.74→98.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 23.465 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24617 1472 5.1 %RANDOM
Rwork0.20079 ---
obs0.20303 27472 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 84.267 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.74→98.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4134 0 5 9 4148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194267
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8541.9395755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04538898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9375496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39823.796216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.99515741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1431523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02932
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1015.742005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1015.742004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7578.6072494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7568.6072495
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7766.1022261
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6786.0742253
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6648.9663249
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.80863.1134411
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.80763.1214412
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C18340.1
12D18340.1
21A126140.13
22B126140.13
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.811 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 117 -
Rwork0.351 1974 -
obs--98.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.85414.5759-2.67532.6469-0.9621.342-0.56050.6702-0.6945-0.30550.3456-0.17040.3091-0.21290.21490.4668-0.1045-0.07790.19890.00730.1607-45.1746.0098.714
29.1319-0.7329-3.77471.79830.71533.68260.0752-0.53010.87390.22850.0308-0.4026-0.13760.3296-0.1060.18540.0065-0.04720.401-0.05290.2062-10.10740.88856.056
33.83111.0039-0.90372.5543-0.14112.87440.0003-0.5027-0.19680.322-0.09880.13040.388-0.12340.09850.18750.01860.03180.25580.00630.0276-21.69427.03955.942
42.87081.92580.79882.17470.36162.75280.0201-0.14060.0781-0.1663-0.04390.10740.2551-0.31640.02380.2603-0.0496-0.01810.11830.03270.0207-39.33316.41123.17
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C19 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2D19 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3A207 - 426
4X-RAY DIFFRACTION4B203 - 426

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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