PDB-5z21: The ternary structure of D-lactate dehydrogenase from Fusobacteri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z21

タイトル

The ternary structure of D-lactate dehydrogenase from Fusobacterium nucleatum with NADH and oxamate

要素

D-lactate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ternary complex / Rossmann Fold / Dehydrogenase / NADH binding

機能・相同性

機能・相同性情報

D-lactate dehydrogenase / D-lactate dehydrogenase activity / NAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Furukawa, N. / Miyanaga, A. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Sequential Allosteric Transitions in Tetrameric d-Lactate Dehydrogenases from Three Gram-Negative Bacteria.
著者: Furukawa, N. / Miyanaga, A. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

履歴

登録	2017年12月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z21.cif.gz	526.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z21.ent.gz	437.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z21.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5z21_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z21_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	5z21_validation.xml.gz	49.1 KB	表示
CIF形式データ	5z21_validation.cif.gz	65.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/5z21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/5z21	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z1zC 5z20C 6abiC 6abjC 1j49S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5z20-1 6abj-1 5l6s-4 5zqt-d 3wwz-1 3gtd-1 6g6w-d 7c7l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (2) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: D-lactate dehydrogenase

B: D-lactate dehydrogenase

C: D-lactate dehydrogenase

D: D-lactate dehydrogenase

ヘテロ分子

166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.230, 159.740, 90.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	5 - 333
2	1	B	5 - 333
1	2	A	8 - 333
2	2	C	8 - 333
1	3	A	5 - 333
2	3	D	5 - 333
1	4	B	8 - 333
2	4	C	8 - 333
1	5	B	4 - 334
2	5	D	4 - 334
1	6	C	8 - 333
2	6	D	8 - 333

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	D-lactate dehydrogenase 分子量: 40788.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum (strain ATCC 25586 / CIP 101130 / JCM 8532 / LMG 13131) (バクテリア) 株: ATCC 25586 / CIP 101130 / JCM 8532 / LMG 13131 / 遺伝子: FN0511 / プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q8RG11, D-lactate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸分子量: 89.050 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 2 mM NADH, 25 mM oxamate, 100 mM acetate buffer pH 5, 4% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.97911 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月17日
放射	モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→42.01 Å / Num. obs: 75787 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 10924 / CC_1/2: 0.738 / R_pim(I) all: 0.254 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
ADSC		データ収集
SCALA		データスケーリング
BUCCANEER		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1J49

1j49

解像度: 2.3→42.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 14.647 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.228 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25142	3810	5 %	RANDOM
R_work	0.22546	-	-	-
obs	0.22679	71921	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.925 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→42.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10490	0	200	98	10788

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.02	10866
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	10556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.629	1.993	14682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.332	3	24264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.21	5	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.99	25	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.069	15	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.522	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1681
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	12125
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.541	1.99	5272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.541	1.99	5271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.405	2.979	6583
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.405	2.979	6584
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.638	2.161	5594
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.638	2.161	5595
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.668	3.172	8100
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.963	15.503	12352
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.96	15.501	12343
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	20730	0.1
1	2	B	20730	0.1
2	1	A	20172	0.1
2	2	C	20172	0.1
3	1	A	20852	0.09
3	2	D	20852	0.09
4	1	B	20354	0.1
4	2	C	20354	0.1
5	1	B	21321	0.09
5	2	D	21321	0.09
6	1	C	20353	0.1
6	2	D	20353	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	254	-
R_work	0.259	5262	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2332	-0.0174	0.1497	0.3862	-0.222	0.2423	-0.0137	-0.0093	-0.0182	0.187	0.0373	0.0531	-0.0714	-0.0545	-0.0235	0.165	0.0229	0.0504	0.1232	0.0233	0.0468	-1.8504	37.7317	101.6025
2	0.2394	-0.0581	-0.0063	0.6179	-0.1837	0.2923	-0.0384	0.03	0.0789	0.1206	0.0048	-0.2801	-0.0187	-0.0002	0.0336	0.0411	-0.0232	-0.0891	0.1063	0.0185	0.2041	21.2899	58.4251	84.1393
3	0.1524	-0.4355	-0.0259	1.8642	0.2498	0.1758	0.171	-0.0092	-0.0727	-0.6463	-0.2421	0.2365	-0.122	-0.0371	0.0711	0.2791	0.0737	-0.1245	0.1489	-0.0087	0.0682	-6.5848	35.2037	56.7514
4	0.2091	0.0145	0.0375	1.4935	-0.056	0.1169	0.0611	-0.0564	-0.0979	-0.2265	-0.0439	-0.4577	-0.0344	-0.0837	-0.0171	0.082	0.0238	0.0644	0.0755	0.0391	0.2211	20.3926	15.5593	68.3281

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 333
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 333
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401 - 402
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	7 - 333
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	401 - 402
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 333
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	401 - 402

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)