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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5z1i | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the protozoal cytoplasmic ribosomal decoding site in complex with 6'-fluoro sisomicin | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(P*![]() RNA / rRNA / aminoglycoside | 機能・相同性 | Chem-FSJ / RNA / RNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() Kanazawa, H. / Hanessian, S. / Kondo, J. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Structure-Based Design of a Eukaryote-Selective Antiprotozoal Fluorinated Aminoglycoside. 著者: Kanazawa, H. / Saavedra, O.M. / Maianti, J.P. / Young, S.A. / Izquierdo, L. / Smith, T.K. / Hanessian, S. / Kondo, J. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 26.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 15.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 723.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 724.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 6774.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-FSJ / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2-Methyl-2,4-pentanediol, LiCl, spermine tetrahydrochloride, sodium cacodylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→42.862 Å / Num. obs: 5236 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.955 % / Biso Wilson estimate: 20.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 1.044 / Net I/σ(I): 23.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.903→42.862 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.82
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 198.25 Å2 / Biso mean: 25.48 Å2 / Biso min: 12.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.903→42.862 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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