PDB-5z08: The crystal structure of kinetochore subunits Cenp-H/I/K triple c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z08

タイトル

The crystal structure of kinetochore subunits Cenp-H/I/K triple complex

要素

Cenp-H
Cenp-I
Cenp-K

キーワード

CELL CYCLE / protein complex / kinetochore / centromere

機能・相同性

機能・相同性情報

CENP-A containing chromatin assembly / kinetochore assembly / inner kinetochore / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / kinetochore / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

Thielavia terrestris (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.199 Å

データ登録者

Tian, W. / Hu, L.Q. / He, X.

資金援助

中国, 3件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of fungal CENP-H/I/K homologs reveals a conserved assembly mechanism underlying proper chromosome alignment.
著者: Hu, L. / Huang, H. / Hei, M. / Yang, Y. / Li, S. / Liu, Y. / Dou, Z. / Wu, M. / Li, J. / Wang, G.Z. / Yao, X. / Liu, H. / He, X. / Tian, W.

履歴

登録	2017年12月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z08.cif.gz	246.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z08.ent.gz	200.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5z08_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z08_full_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示
XML形式データ	5z08_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	5z08_validation.cif.gz	31.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/5z08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/5z08	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z07C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pfq-d 5wtd-d 6mcq-2 4d8m-d 4yqx-d 6ejd-d 3h8l-d 2x8g-d 6rtm-d 4hn0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cenp-I

B: Cenp-I

C: Cenp-K

D: Cenp-H

75.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.847, 67.847, 186.269
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Cenp-I 分子量: 25791.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0061880 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SFF7
#2: タンパク質	Cenp-K 分子量: 18868.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thielavia terrestris (strain ATCC 38088 / NRRL 8126) (菌類) 株: ATCC 38088 / NRRL 8126 / 遺伝子: THITE_2065850 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2R3T1
#3: タンパク質・ペプチド	Cenp-H 分子量: 5200.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thielavia terrestris (strain ATCC 38088 / NRRL 8126) (菌類) 株: ATCC 38088 / NRRL 8126 / 遺伝子: THITE_2113209 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2R207
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.986 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.986 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.199→50 Å / Num. obs: 42600 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / Net I/σ(I): 29.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2463)	精密化
PHASER		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.199→47.975 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2298	2143	5.04 %
R_work	0.1877	-	-
obs	0.1898	42479	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.199→47.975 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4579	0	0	120	4699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4669
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.901	6325
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.28	1720
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	728
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	809

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1988-2.2499	0.3843	148	0.3172	2611	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2499-2.3062	0.3265	158	0.2906	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3062-2.3685	0.3111	139	0.252	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3685-2.4382	0.3032	127	0.2507	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4382-2.5169	0.2705	158	0.2366	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5169-2.6069	0.2756	133	0.2082	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6069-2.7112	0.3067	163	0.2174	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7112-2.8346	0.241	159	0.2082	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8346-2.9841	0.2812	157	0.2198	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9841-3.171	0.2969	134	0.2131	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.171-3.4158	0.2472	143	0.2009	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4158-3.7594	0.223	150	0.1775	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7594-4.3031	0.1929	122	0.1611	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3031-5.4202	0.1673	113	0.1538	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4202-47.9865	0.1819	139	0.1632	2739	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5665	-1.0038	2.7986	3.4348	0.629	4.8797	0.042	0.6161	0.2278	-0.5875	0.0457	-0.0351	-0.8432	0.4239	-0.0463	0.7878	-0.0594	-0.0003	0.3896	0.0293	0.322	63.9626	59.7477	-41.6722
2	7.4521	-4.1078	5.9952	3.0919	-2.1546	9.0863	0.2597	0.512	-0.1746	-0.7059	0.1817	-0.1619	-0.0114	0.576	-0.4732	0.4999	-0.0429	0.0238	0.421	-0.0339	0.3054	71.6973	49.7959	-35.0033
3	3.0854	-0.0655	0.2984	1.6289	0.4479	3.8187	-0.0071	-0.2414	0.1521	-0.1177	0.1087	-0.0326	-0.5429	-0.0827	-0.1129	0.3713	-0.0261	0.0061	0.4409	-0.0017	0.2595	64.9862	59.7587	-21.1349
4	3.0563	-0.2115	-1.119	1.639	0.0545	2.5054	-0.0545	-1.1561	0.0208	0.2816	-0.0244	-0.017	-0.1204	-0.2656	0.059	0.4724	0.0227	-0.0177	1.0581	0.0173	0.3413	57.1885	56.579	-2.0378
5	3.4653	-0.4753	-1.1241	2.6232	2.3636	3.134	-0.1809	-1.0657	-0.2993	1.4879	-0.184	0.1073	0.1344	-0.1834	0.3564	1.1349	-0.0181	0.0565	0.8988	0.0112	0.3774	61.7172	50.6141	0.1043
6	3.8116	5.1057	-0.5938	6.9311	-0.2544	3.4266	-0.1249	-0.0736	-1.0368	0.1236	0.3271	-0.9104	0.2212	0.8078	-0.2198	0.3946	0.0705	-0.0509	0.6394	-0.0866	0.4318	79.6804	47.3849	-20.4414
7	2.3945	1.2036	1.8638	4.4645	0.4301	2.1939	0.3546	-3.0816	0.3678	0.858	-1.0219	0.0379	-0.2861	1.3357	0.548	0.7176	-0.139	0.0653	1.1724	0.0197	0.4243	91.5024	50.2537	12.6595
8	4.6025	0.7849	2.9655	2.3311	0.6716	4.1666	0.0514	-1.3509	-0.6642	0.5089	-0.5044	-0.4541	0.0849	0.0557	0.3456	0.6546	-0.0761	0.0334	0.9474	0.2543	0.4746	94.9296	42.9264	9.9627
9	3.0719	0.8112	-0.2944	2.1652	0.1245	2.1709	0.0638	-1.0845	-0.1443	0.2369	-0.2677	-0.0708	-0.073	0.5676	0.1686	0.4694	0.0177	0.0062	0.8496	0.0411	0.3235	95.9081	51.5841	3.2004
10	2.4755	0.0441	-0.6387	1.1281	-0.3038	1.9267	-0.0474	-0.088	0.1178	-0.0289	-0.0667	-0.0501	-0.2118	0.1455	0.0894	0.404	0.0026	0.01	0.6289	-0.0304	0.2907	96.0279	58.363	-7.7772
11	8.1878	-0.7125	0.4056	3.6265	-0.8776	4.8721	-0.3981	-0.1434	-0.0202	-0.2804	0.0954	-0.2318	-0.1695	-0.1779	0.3027	0.3719	0.0162	0.0406	0.6316	0.0114	0.2848	102.9399	56.5238	-16.6302
12	5.8172	-0.436	-1.534	1.5957	0.3994	2.0546	-0.0162	1.1027	0.2109	-0.2611	0.0972	0.1244	-0.2217	-0.0906	-0.0806	0.5316	0.0194	0.0063	0.7838	0.0731	0.3151	103.8858	62.877	-25.6031
13	2.9728	1.1093	-2.4377	1.8708	-2.8677	4.7961	-0.1873	1.0415	-0.1437	-1.7014	0.1149	0.1433	0.002	-0.3112	0.3187	1.0664	0.0642	0.0619	1.0204	-0.1338	0.3957	98.5598	56.2873	-27.051
14	4.9669	-3.4729	-4.4425	5.5114	1.5768	6.2912	-0.2762	0.816	-1.6065	-0.4719	-0.0188	0.5267	0.4953	-0.2972	0.152	0.381	-0.0029	-0.0237	0.6165	-0.0709	0.4125	81.2851	45.0577	-9.5576
15	3.9717	-1.2369	-0.7025	5.4792	-0.6658	3.2608	0.1632	-0.2059	1.2056	0.2857	-0.0254	0.4066	-1.2516	0.0448	-0.1757	0.9401	0.0278	0.1264	0.6917	-0.1776	0.9453	98.5652	85.7247	-8.2978
16	4.3103	-0.0308	-0.6515	4.3672	0.6174	5.4749	0.3535	-0.0706	1.0419	-0.4709	-0.0049	-0.2979	-0.4581	0.6234	-0.3659	1.0031	-0.2091	0.1302	0.7212	-0.0607	0.9953	116.0356	82.5883	-10.7214
17	4.3799	-0.2378	0.6208	5.0441	0.2749	6.8998	0.3578	0.134	0.8968	-0.4744	-0.1988	-0.2572	-0.2878	0.8119	-0.008	0.837	-0.1527	0.196	0.7842	-0.0306	0.7312	114.2659	75.8732	-17.8743
18	4.9415	-2.7959	1.7652	9.2442	-5.0663	4.8726	0.3304	0.1702	0.9296	-1.0567	-0.0184	0.1729	0.0624	-0.058	-0.2703	0.8017	-0.0686	0.0273	0.7243	-0.0389	0.621	100.133	82.609	-16.9421
19	5.3027	-1.3007	1.2356	7.2731	-3.1843	2.7467	0.4287	-0.8666	0.558	0.7136	-0.3104	0.1295	-0.4399	0.0604	-0.1497	0.5433	-0.0151	0.0898	0.7189	-0.0829	0.361	97.6018	72.1111	-2.9593

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 45 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 137 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 138 through 191 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 192 through 212 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 213 through 229 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 8 through 21 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 22 through 45 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 46 through 76 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 77 through 137 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 138 through 154 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 155 through 191 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 192 through 212 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 213 through 229 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 161 through 183 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 184 through 295 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 296 through 328 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 184 through 209 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 210 through 227 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)