PDB-5yzo: Crystal structure of S9 peptidase mutant (S514A) from Deinococcus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yzo

タイトル

Crystal structure of S9 peptidase mutant (S514A) from Deinococcus radiodurans R1

要素

Acyl-peptide hydrolase, putative

キーワード

HYDROLASE / Serine peptidase / Merops S9 / POP family

機能・相同性

WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Alpha/Beta hydrolase fold / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / Acyl-peptide hydrolase, putative

機能・相同性情報

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Yadav, P. / Jamdar, S.N. / Kumar, A. / Ghosh, B. / Makde, R.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Carboxypeptidase in prolyl oligopeptidase family: Unique enzyme activation and substrate-screening mechanisms.
著者: Yadav, P. / Goyal, V.D. / Gaur, N.K. / Kumar, A. / Gokhale, S.M. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D.

履歴

登録	2017年12月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yzo.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yzo.ent.gz	908.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yzo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yzo_validation.pdf.gz	485.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yzo_full_validation.pdf.gz	497.5 KB	表示
XML形式データ	5yzo_validation.xml.gz	118.9 KB	表示
CIF形式データ	5yzo_validation.cif.gz	182.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/5yzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/5yzo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yzmC 5yznSC 6igpC 6igqC 6igrC 6ikgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ikg-d 5yzn-d 6igr-d 5i92-d 6igq-d 4bur-d 3otr-d 20786 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (2)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-peptide hydrolase, putative

B: Acyl-peptide hydrolase, putative

C: Acyl-peptide hydrolase, putative

D: Acyl-peptide hydrolase, putative

ヘテロ分子

292 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Tetramer

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.195, 190.015, 119.548
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Acyl-peptide hydrolase, putative / S9 Prolyl Oligopeptidase 分子量: 72712.797 Da / 分子数: 4 / 変異: S514A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 遺伝子: DR_0165 / プラスミド: pST50Tr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) plysS / 参照: UniProt: Q9RXY9
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.98 % / 解説: parallelepiped, size 200-300 microns
結晶化	温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.3 詳細: 40mM potassium phosphate, 20% PEG 8000, 20% glycerol PH範囲: 4.5-5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月13日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→47.9 Å / Num. obs: 356745 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 17 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.914 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 17647 / CC_1/2: 0.738 / R_pim(I) all: 0.409 / R_rim(I) all: 1.004 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MAR345dtb		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YZN

5yzn

解像度: 1.7→37.798 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.98

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1941	17744	4.98 %	Random selection
R_work	0.1683	-	-	-
obs	0.1696	356416	99.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.798 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20163	0	72	3216	23451

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	20908
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.892	28512
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.19	12130
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	2937
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3812

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.3129	602	0.2657	11279	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7193-1.7395	0.3116	621	0.2581	11254	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7395-1.7608	0.278	551	0.2422	11313	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7608-1.7831	0.2648	590	0.2319	11260	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7831-1.8065	0.2667	571	0.2336	11289	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8313	0.2584	566	0.2204	11314	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8313-1.8574	0.2472	583	0.2165	11245	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8574-1.8851	0.2531	595	0.2201	11349	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8851-1.9146	0.246	612	0.22	11187	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9146-1.946	0.2689	597	0.2243	11271	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9795	0.2474	583	0.212	11343	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9795-2.0155	0.2467	574	0.1991	11242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0155-2.0543	0.2351	598	0.1941	11271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0543-2.0962	0.2163	580	0.1901	11386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0962-2.1418	0.2171	621	0.1854	11262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.1916	0.1982	591	0.1782	11186	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1916-2.2464	0.2121	609	0.1817	11294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2464-2.3072	0.2187	604	0.1854	11289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3072-2.375	0.2123	589	0.1751	11246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.375-2.4517	0.2054	616	0.1708	11275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4517-2.5393	0.2007	558	0.1649	11307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5393-2.6409	0.211	613	0.1685	11274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6409-2.7611	0.1811	577	0.1608	11320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7611-2.9066	0.1824	583	0.1565	11303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9066-3.0886	0.1765	594	0.1508	11309	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0886-3.327	0.1677	587	0.1499	11294	X-RAY DIFFRACTION	100
3.327-3.6615	0.1675	585	0.1445	11307	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6615-4.1908	0.1524	619	0.1355	11227	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1908-5.2777	0.1386	589	0.1245	11375	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2777-37.8076	0.1642	586	0.1555	11401	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -1.1189 Å / Origin y: -46.8818 Å / Origin z: -32.1251 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1602 Å²	0.005 Å²	-0.0126 Å²	-	0.182 Å²	-0.004 Å²	-	-	0.1606 Å²
L	0.0232 °²	0.0177 °²	-0.0218 °²	-	0.2267 °²	-0.0498 °²	-	-	0.0837 °²
S	0.0064 Å °	-0.0125 Å °	0.0057 Å °	0.0289 Å °	0.0042 Å °	0.0275 Å °	-0.0077 Å °	-0.0034 Å °	-0.0115 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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