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万見
- PDB-5yzh: Crystal Structure of Mouse Cytosolic Isocitrate Dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yzh
タイトルCrystal Structure of Mouse Cytosolic Isocitrate Dehydrogenase
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
キーワードOXIDOREDUCTASE / IDH
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / Peroxisomal protein import / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process / glyoxylate cycle ...NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / Peroxisomal protein import / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process / glyoxylate cycle / response to steroid hormone / female gonad development / tricarboxylic acid cycle / glutathione metabolic process / Neutrophil degranulation / response to organic cyclic compound / NAD binding / peroxisome / NADP binding / response to oxidative stress / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.994 Å
データ登録者Cho, H.J. / Kang, B.S.
引用ジャーナル: J. Biol. Inorg. Chem. / 年: 2018
タイトル: NADP+-dependent cytosolic isocitrate dehydrogenase provides NADPH in the presence of cadmium due to the moderate chelating effect of glutathione.
著者: Cho, H.J. / Cho, H.Y. / Park, J.W. / Kwon, O.S. / Lee, H.S. / Huh, T.L. / Kang, B.S.
履歴
登録2017年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2018年7月4日ID: 2CMJ
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0525
ポリマ－93,4732
非ポリマー1,5793
水11,079615
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10470 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area30460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.372, 91.289, 109.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-867-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase


分子量: 46736.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Idh1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O88844, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.5,16% PEG 4000 , 20% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1.12714 Å
検出器タイプ: Bruker AXIOM 200 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→30 Å / Num. obs: 57456 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 44.7
反射 シェル解像度: 1.99→2.07 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1690精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.994→24.308 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 2883 5.05 %
Rwork0.1823 --
obs0.1843 57131 95.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.994→24.308 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6487 0 102 615 7204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046736
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9059094
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1782533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034982
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041153
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.994-2.02650.3945123215480
2.0265-2.06150.3722120233587
2.0615-2.09890.3293113241289
2.0989-2.13930.3213134242691
2.1393-2.18290.2875120246391
2.1829-2.23030.2656138250792
2.2303-2.28220.2794116254793
2.2822-2.33920.2743126249394
2.3392-2.40240.2917140257295
2.4024-2.4730.287158260396
2.473-2.55280.289140262798
2.5528-2.64390.2307151265299
2.6439-2.74960.2509129268299
2.7496-2.87460.23981412723100
2.8746-3.02590.22691442705100
3.0259-3.21510.21621320.17832705100
3.2151-3.46260.21271590.17262712100
3.4626-3.80990.21251530.15332708100
3.8099-4.35850.15191440.13782718100
4.3585-5.48080.16521610.12852728100
5.48080.1571412776100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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