+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yze | ||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the [Co2+-(chromomycin A3)2]-d(CCG)3 complex | ||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() ANTIBIOTICS/DNA / Drug-DNA complex / Chromomycin A3 / CCG repeats / i-motif / flipout / DNA / ANTIBIOTICS-DNA complex | 機能・相同性 | : / Chem-CPH / DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Hou, M.H. / Chen, Y.W. / Wu, P.C. / Satange, R.B. | ![]() ![]() タイトル: CoII(Chromomycin)2 Complex Induces a Conformational Change of CCG Repeats from i-Motif to Base-Extruded DNA Duplex 著者: Chen, Y.W. / Satange, R. / Wu, P.C. / Jhan, C.R. / Chang, C.K. / Chung, K.R. / Waring, M.J. / Lin, S.W. / Hsieh, L.C. / Hou, M.H. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 33.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-DNA鎖 , 1種, 2分子 AB
#1: DNA鎖 | 分子量: 3295.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|
-糖 , 2種, 4分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | |
---|
-非ポリマー , 3種, 82分子 ![](data/chem/img/CPH.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.22 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.75mM DNA, 1.5mM Chro, 3mM Cobalt, 50mM Sodium Cacodylate (pH= 6.0), 1mM MgCl2, 1% MPD eqillibriated against 30% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月18日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.56418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→27.2 Å / Num. obs: 7726 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 31.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 44.55 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.171 / Num. unique obs: 775 / Rsym value: 0.171 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→27.18 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|