PDB-5yyc: Crystal structure of alanine racemase from Bacillus pseudofirmus (OF4)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yyc

タイトル

Crystal structure of alanine racemase from Bacillus pseudofirmus (OF4)

要素

Alanine racemase

キーワード

ISOMERASE / Alanine racemase / Bacillus pseudofirmus (OF4)

機能・相同性

機能・相同性情報

alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus pseudofirmus

手法

X線回折 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Dong, H. / Hu, T.T. / He, G.Z. / Lu, D.R. / Qi, J.X. / Dou, Y.S. / Long, W. / He, X. / Su, D. / Ju, J.S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Structural features and kinetic characterization of alanine racemase from Bacillus pseudofirmus OF4.
著者: Dong, H. / Hu, T. / He, G. / Lu, D. / Qi, J. / Dou, Y. / Long, W. / He, X. / Ju, J. / Su, D.

履歴

登録	2017年12月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yyc.cif.gz	323 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yyc.ent.gz	263.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yyc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/5yyc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/5yyc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3e6e-1 5ost-d 4lut-d 5bx2-d 1nsd-d 4y2w-d 4luy-d 4l1x-d 4xo6-d 4fs9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alanine racemase

C: Alanine racemase

ヘテロ分子

81.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.301, 97.314, 112.569
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Alanine racemase 分子量: 40369.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus pseudofirmus (strain OF4) (バクテリア) 株: OF4 / 遺伝子: alr, BpOF4_09770 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: D3FSP1, alanine racemase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 893 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.4M sodium/potassium phosphate pH 8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 99024 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.413 / Net I/σ(I): 35.796
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / R_merge(I) obs: 0.586 / Χ²: 1.278

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

解像度: 1.801→21.766 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1742	5003	5.06 %	5
R_work	0.1492	-	-	-
obs	0.1505	98915	99.67 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→21.766 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5642	0	30	893	6565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5780
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.067	7828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.739	2116
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	904
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8007-1.8212	0.2612	163	0.2323	2867	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8212-1.8426	0.2749	159	0.2139	3166	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8426-1.8651	0.2176	149	0.1927	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8651-1.8886	0.2203	134	0.1811	3132	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8886-1.9135	0.2065	180	0.1646	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9135-1.9397	0.1855	182	0.165	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9397-1.9674	0.1835	158	0.1579	3086	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9674-1.9967	0.1849	145	0.1556	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9967-2.0279	0.1619	171	0.1578	3106	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0279-2.0611	0.1678	179	0.1587	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0611-2.0966	0.155	144	0.1526	3124	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0966-2.1347	0.1551	146	0.1373	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1347-2.1758	0.1698	188	0.148	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1758-2.2201	0.1554	162	0.1489	3201	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2201-2.2683	0.1884	217	0.1539	3038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2683-2.3211	0.1836	181	0.1444	3088	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3211-2.379	0.1747	155	0.1569	3129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.379-2.4433	0.1996	156	0.1523	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4433-2.5151	0.1747	177	0.1543	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5151-2.5961	0.1886	177	0.1496	3139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5961-2.6887	0.1386	187	0.1443	3135	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6887-2.7962	0.155	174	0.1367	3135	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7962-2.9232	0.186	144	0.1476	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9232-3.0769	0.1553	153	0.1423	3151	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0769-3.2691	0.1612	163	0.1347	3192	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2691-3.5205	0.1556	192	0.1264	3147	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5205-3.873	0.1438	175	0.1185	3177	X-RAY DIFFRACTION	100
3.873-4.4293	0.1485	162	0.127	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4293-5.565	0.1863	148	0.1504	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
5.565-21.7673	0.2348	182	0.204	3352	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -6.1296 Å / Origin y: 30.357 Å / Origin z: -14.1296 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1606 Å²	0.0172 Å²	0.0149 Å²	-	0.1604 Å²	0.0143 Å²	-	-	0.1715 Å²
L	0.3572 °²	0.168 °²	0.1891 °²	-	0.359 °²	0.1909 °²	-	-	0.49 °²
S	-0.0078 Å °	-0.0082 Å °	-0.0052 Å °	-0.0086 Å °	-0.0084 Å °	-0.0052 Å °	-0.0067 Å °	-0.0095 Å °	0.0213 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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