PDB-5yy8: Crystal structure of the Kelch domain of human NS1-BP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yy8

タイトル

Crystal structure of the Kelch domain of human NS1-BP

要素

Influenza virus NS1A-binding protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Host-virus interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

Cul3-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / transcription by RNA polymerase III / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation of protein ubiquitination / intrinsic apoptotic signaling pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / response to virus / mRNA processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.979 Å

データ登録者

Guo, L. / Liu, Y. / Liang, H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the Kelch domain of human NS1-binding protein at 1.98 angstrom resolution.
著者: Guo, L. / Liu, Y.

履歴

登録	2017年12月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yy8.cif.gz	172.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yy8.ent.gz	140.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yy8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yy8_validation.pdf.gz	411.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yy8_full_validation.pdf.gz	411.7 KB	表示
XML形式データ	5yy8_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	5yy8_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/5yy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/5yy8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6n3h-2 5whl-1 1mh0-2 2hnt-d 1rwi-1 5yq4-d 3po1-d 5fyp-3 4c6h-d 1uvu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Influenza virus NS1A-binding protein

37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.556, 61.556, 140.572
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Influenza virus NS1A-binding protein / NS1-binding protein / Aryl hydrocarbon receptor-associated protein 3 分子量: 37030.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: IVNS1ABP, ARA3, FLARA3, KIAA0850, NS1, NS1BP, HSPC068 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6Y0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.91 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.979→50 Å / Num. obs: 41146 / % possible obs: 98.93 % / 冗長度: 20.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.68 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08406 / R_pim(I) all: 0.0191 / R_rim(I) all: 0.08628 / Net I/σ(I): 20.64
反射シェル	解像度: 1.979→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.4192 / Mean I/σ(I) obs: 7.74 / Num. unique obs: 2037 / CC_1/2: 0.974 / R_pim(I) all: 0.09841 / R_rim(I) all: 0.4311 / % possible all: 93.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.979→28.193 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2315	3743	9.1 %
R_work	0.1886	-	-
obs	0.1924	41146	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.979→28.193 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2180	0	0	134	2314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2231
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.775	3029
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.352	1310
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	321
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	399

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.979-2.0041	0.3395	122	0.2484	1212	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0041-2.0304	0.2821	134	0.2294	1302	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0304-2.0582	0.2592	142	0.2202	1421	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0582-2.0876	0.2614	134	0.2176	1391	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0876-2.1188	0.2109	148	0.2073	1414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1188-2.1519	0.2469	142	0.2064	1356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1519-2.1872	0.2318	136	0.206	1403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1872-2.2249	0.3153	146	0.2071	1397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2249-2.2653	0.2426	140	0.204	1404	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2653-2.3088	0.2487	138	0.2029	1343	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3088-2.356	0.2395	144	0.1935	1441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.356-2.4072	0.2487	127	0.2008	1360	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4072-2.4631	0.251	140	0.2144	1472	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4631-2.5247	0.284	138	0.206	1353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5247-2.5929	0.3031	148	0.2089	1405	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5929-2.6691	0.2525	140	0.2032	1425	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6691-2.7552	0.2935	142	0.2046	1356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7552-2.8536	0.2404	136	0.1907	1393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8536-2.9677	0.24	148	0.1969	1403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9677-3.1026	0.2333	140	0.1976	1391	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1026-3.266	0.2581	142	0.1981	1412	X-RAY DIFFRACTION	100
3.266-3.4703	0.2334	120	0.1932	1411	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4703-3.7377	0.2193	148	0.1828	1372	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7377-4.1128	0.226	137	0.1671	1436	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1128-4.7055	0.1461	130	0.1399	1366	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7055-5.9194	0.206	144	0.1638	1397	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9194-28.1962	0.224	137	0.21	1367	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 24.7083 Å / Origin y: -17.3827 Å / Origin z: -14.4538 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1895 Å²	-0.0536 Å²	0.0356 Å²	-	0.1477 Å²	-0.0352 Å²	-	-	0.1688 Å²
L	0.5374 °²	-0.0626 °²	-0.0148 °²	-	0.4748 °²	-0.0822 °²	-	-	0.5967 °²
S	0.0332 Å °	0.0448 Å °	-0.0382 Å °	0.0165 Å °	0.0115 Å °	0.0179 Å °	-0.0014 Å °	0.0707 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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