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- PDB-5yxk: High resolution crystal structure of Human B7-2 IgV domain in P21... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yxk
タイトルHigh resolution crystal structure of Human B7-2 IgV domain in P21 space group
要素T-lymphocyte activation antigen CD86
キーワードIMMUNE SYSTEM / B7-2 / co-stimulatory molecule / Ig super family / CD86
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphotoxin A production / CD40 signaling pathway / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / activation of protein kinase C activity / CD28 co-stimulation / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of immunoglobulin production / CTLA4 inhibitory signaling / B cell activation / positive regulation of interleukin-4 production ...positive regulation of lymphotoxin A production / CD40 signaling pathway / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / activation of protein kinase C activity / CD28 co-stimulation / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of immunoglobulin production / CTLA4 inhibitory signaling / B cell activation / positive regulation of interleukin-4 production / Interleukin-10 signaling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / : / centriolar satellite / coreceptor activity / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / T cell activation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / virus receptor activity / signaling receptor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / receptor ligand activity / cell surface receptor signaling pathway / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD86, IgV domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...CD86, IgV domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-lymphocyte activation antigen CD86
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lankipalli, S. / Ramagopal, U.A.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Comparitive structural analysis of human B7-2: New insights on its possible dimeric state
著者: Lankipalli, S. / Ramagopal, U.A.
履歴
登録2017年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-lymphocyte activation antigen CD86
B: T-lymphocyte activation antigen CD86
C: T-lymphocyte activation antigen CD86
D: T-lymphocyte activation antigen CD86


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7474
ポリマ－51,7474
非ポリマー00
水1,45981
1
A: T-lymphocyte activation antigen CD86
B: T-lymphocyte activation antigen CD86


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8732
ポリマ－25,8732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: T-lymphocyte activation antigen CD86
D: T-lymphocyte activation antigen CD86


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8732
ポリマ－25,8732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.898, 81.640, 73.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細possible dimer

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要素

#1: 抗体
T-lymphocyte activation antigen CD86 / Activation B7-2 antigen / B70 / BU63 / CTLA-4 counter-receptor B7.2 / FUN-1


分子量: 12936.709 Da / 分子数: 4 / 断片: Ig-like V-type / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD86, CD28LG2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42081
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.94 % / Mosaicity: 0.378 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris HCl pH 8.5, 2.4M Ammonium phosphate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.843
11-h,-k,l20.157
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 30622 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.932.90.35115270.780.2430.4290.79297.8
1.93-1.973.20.32315330.8390.2120.3880.86598.8
1.97-2.013.40.29815150.8650.1870.3530.86698.9
2.01-2.053.60.2815480.9020.1690.3280.92599.2
2.05-2.093.70.25715090.9340.1520.30.9499.5
2.09-2.143.90.25615130.9210.1470.2960.91599.1
2.14-2.1940.22515490.9410.1250.2580.91799.1
2.19-2.254.20.21615630.9480.1180.2470.88399
2.25-2.324.40.21414880.9490.1130.2420.88999.2
2.32-2.394.50.19115570.960.0980.2160.84599
2.39-2.484.60.18215190.9610.0920.2050.83399.2
2.48-2.584.60.16415330.9680.0830.1840.84499.2
2.58-2.74.60.14515450.9760.0730.1630.84299.5
2.7-2.844.50.12615340.980.0650.1420.80599.7
2.84-3.024.40.10515690.9770.0540.1180.84299.3
3.02-3.254.20.08714820.9840.0470.10.82996.6
3.25-3.584.20.08114300.9880.0420.0920.99692.1
3.58-4.094.70.07715650.9870.040.0870.93899.3
4.09-5.164.40.07915390.9860.0420.091.04199.5
5.16-36.744.50.08816040.9860.0480.11.1599.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NCN

1ncn


解像度: 1.9→36.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 3.819 / SU ML: 0.117 / SU R Cruickshank DPI: 0.0426 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.037
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2483 1473 4.9 %RANDOM
Rwork0.1993 ---
obs0.2016 28723 96.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 55.91 Å2 / Biso mean: 18.863 Å2 / Biso min: 7.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å2-1.13 Å2
2---2.38 Å2-0 Å2
3---2.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→36.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3603 0 0 81 3684
Biso mean---18.96 -
残基数----440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193736
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.9355049
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.68637862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3885448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.27125.34191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.25515700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.1881512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02739
LS精密化 シェル解像度: 1.885→1.934 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 99 -
Rwork0.275 1556 -
all-1655 -
obs--70.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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